• Forum - Réaction, Liaison, Enzyme

catalyse enzymatique

Une enzyme stabilise les états de transition (ET) d'une réaction. C'est ce qui lui permet d'abaisser l'énergie d'activation nécessaire pour réaliser la réaction et donc d'accroitre sa vitesse. Elle y parvient car sa structure tridimensionnelle est telle qu'elle permet de stabiliser l'ET de facon idéale.  [...] Je ne comprends toujours pas comment une enzyme peut stabiliser un état de réaction la conformation est fort semblable a celle du site actif et ça ira dans le sens de formation des produits mais il ne faut pas que la liaison soit trop forte.Donc il faut une bonne affinité mais pas une trop forte liaison et on utilise pour ça des déstabilisants comme mentionné plus bas.  [...]

DNAses, pourquoi spécifique aux ADN?

Dernière modification par JPL. 11/04/2017 à 10h02. Motif. à la demande de jujusdefruit.   [...] Et dans la formation du complexe enzyme-substrat, il n'y a pas que la structure du site ou se déroule la réaction qui compte (ici la liaison PDE), dans notre exemple la seule présence du groupe hydroxy sur le ribose peut faire la différence.  [...]

[Biochimie] la lipogénèse

C'est juste une réaction de transfert de groupement carboxyle (carboxylation). Une enzyme transcarboxylase agence un groupement carboxyle sur une molécule, ici une molécule d'acétate ( activée par la coenzyme A, par une liaison thioester). l'enzyme transcarboxylase, pour pouvoir agencer le groupement carboxyle, doit alors être chargée par du CO2 - c'est à dire qu'elle doit disposer en réserve d'un CO2 qu'elle est prêt à céder à son substrat.  [...] Ici, biotine est un groupement prosthétique de l'enzyme. Ce groupement reste toujours associé à l'enzyme et lui confère son activitée de transcarboxylation, en agissant comme accepteur de CO2. Lorsque l'enzyme s'est déchargée de son CO2, elle n'en dispose plus (Enz-biotine), et doit alors se recharger pour pouvoir à nouveau effectuer une réaction de transcarboxylation.  [...]

Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ? - Page 8

avec G°r = + 9,9 kJ/mol (Eyzaguirre et al., 1982). La chimie pertinente de la réaction est la conversion d'une liaison phosphoanhydride en une liaison énolphosphoester. Bien que cette réaction soit énergétiquement défavorable, elle procède en avant dans le métabolisme moderne, pour produire du PEP.  [...] avec la chimie pertinente étant la conversion d'une liaison phosphate d'acyle en une liaison énolphosphoester, énergétiquement meilleure que la réaction PPDK, qui fonctionne (avec l'aide d'une enzyme).  [...]

[Biochimie] Question théorique sur clonage TOPO

Le plasmide pCR4 Blunt-TOPO vector (Figure11) nous est fourni sous forme linéaire, il possède en 3' une topoisomérase I du virus Vaccinia. Cette topoisomérase a la capacité de se fixer à des sites spécifiques de l'ADN et de cliver celui-ci au niveau des liaisons phosphodiesters, après le motif 5'-CCCTT.  [...] L'énergie libérée lors de cette réaction permet la formation d'une liaison covalente entre l'extrémité 3' du brin coupé et le résidu tyrosyl-274 de l'enzyme. Cette liaison est ensuite attaquée par l'extrémité 5' hydroxyl du brin d'ADN à insérer dans le vecteur, ce qui a pour résultats de libérer la topoisomérase I et de lier l'insert au vecteur (Figure12).  [...]

comment agit l ATP??

1) Une enzyme se lie à son substrat et de fait change de conformation. un deuxième site de liaison spécifique à l'ATP devient ainsi accessible.  [...] De fait l'ATP ne casse aucune liaison moléculaire. C'est l'enzyme. Par ailleurs les enzymes ne nécessitent pas toutes un supplément d'énergie via liaison + hydrolyse d'un ATP. Par exemple beaucoup d'enzyme digestives s'en passent car l'entalpie des réactions catalysées est (très) favorable.  [...]

[Biochimie] cycle de krebs (succinyl CoA--->succinate)

Pi+GDP -. GTP n'a rien a voir avec la réaction non c'est juste pour expliquer a quoi l'énergie produite par la libération du SCoA va servir (réaction éxérgonique puisqu'il y a une liaison HPE) a moins que j'ai mal compris le cours cela n'explique pas ou a lieux cette phosphorylation.  [...] Ces éléments sont des cofacteurs de la réaction, ils sont nécessaires et la phosphorylation du GDP est concomitante a la la transformation du succinyl-CoA. Donc ils entrent en jeu dans la réaction ET ils utilisent l'énergie libérée par l'hydrolyse de la liaison s-CoA.  [...]

[Biochimie] Site catalytique et site de reconnaissance d'une enzyme

En sachant que le site de reconnaissance de l'enzyme correspond à la région qui permet la liaison au substrat alors que le site actif correspond au site catalytique peut-on considérer que le site actif et le site de reconnaissance sont confondus Ou bien le site actif est-il une partie du site de reconnaissance comme j'ai pu le lire sur certains articles.  [...] le site actif est composé d'un site de liaison (ou reconnaissance) (reconnaissance de la complémentarité de forme avec un substrat spécifique à l'enzyme) et le site catalytique (transformation du substrat en produit).  [...]

[Biochimie] abzyme

D'après ce que j'ai compris, si on imagine la réaction de l'hydrolyse d'une liaison amide, cette réaction passe par un état de transition peu stable avant d'être hydrolysé.  [...] (B) La molécule à gauche est liée de façon covalente à une protéine et utilisée en tant qu'antigène afin de créer un anticorps lequel se lie fortement à la région de la molécule en jaune. Comme cet anticorps est lié fortement durant l'étape de transition en (A), il a été montré qu'il avait un rôle d'enzyme catalysant de manière efficace l'hydrolyse d'une liaison peptidique dans la molécule de droite.  [...]

Gène muté entrainant la modification du phénotype ?

..) alors il ne pourra plus, permettre la liaison (et potentiellement modifier le phenotype), ou s'il était dans un site catalytique, il ne pourra plus permettre la reaction enzymatique et donc potentiellement modifier le phenotype,  [...] Autre possibilité. la protéine modifiée a une activité différente, voire nulle, mais le locus est hétérozygote et l'autre allèle produit une protéine normale en quantité suffisante pour que la fonction soit remplie et le fonctionnement de la cellule ne soit pas affecté.   [...]