• Forum - Rapport, Quantité, échantillon

dNTP dUTP et UNG

en fait le concept de l'UTP (si je me souviens bien), c'est qu'on fait nos PCR avec de l'uracile à la place. Ca ne change rien à la réaction, ni à la quantification.  [...] le concept du truc, c'est que le produit de PCR ne puisse pas servir de matrice dans une autre PCR, assurant que ce qu'on détecte, c'est bien l'ADN de l'échantillon, et pas une contamination par une autre réaction (parce qu'au bout d'une PCR, on a des kilos d'ADN, c'est donc très facile de faire des faux positifs quand le contaminant éventuel est en quantité écrasante par rapport à l'ADN échantillon).  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction d'ARN

J'ai juste remarqué qu'en travaillant sur des échantillons congelés dans le TRIzol, j'avais un meilleur rendement que si je les traitais de suite après le prélèvement. Le fait de chauffer les échantillons pour favoriser la dissolution des sels avant extraction augmenterai mon extraction d'ARN.  [...] Juste pour vous dire que j'ai retenté une extraction d'ARN en faisant un lavage supplémentaire au chloroforme et mon rapport DO 260/230 est passé de 0,4 à 1 donc nette amélioration. J'ai dû cependant compenser la perte de rendement d'ARN en partant d'une quantité d'échantillon de 30% supérieure.  [...]

différence entre la PCR quantitative relative et absolue?

Dans certains articles sur le web, ils parlent de PCR en temps réel semi quantitative Est ce la même chose que la PCR quantitative relative.  [...] Rapidement, je dirai que la PCR quantitative relative, c'est estime des variations d'un messager d'interet par rapport a un messager qui n'est pas cense varier au cours de l'experience (genre GAPDH). L'absolu, c'est faire une PCR sur une gamme de concentration connue de ton gene d'interet et de le comparer a la quantite que tu as dans ton echantillon a tester.  [...]

Gène de ménage (gène de référence...)

Tu peux par exemple en utilisant un nanodrop connaitre la quantité d'ARN que tu as dans ton échantillon. Si tu t'intéresses à un ARN en particulier par exemple la transcription du facteur de croissance TGFB par rapport à différent stimuli tu auras une quantité de cet ARN qui sera différentes en fonction de ton échantillon 1 et 2.  [...] Ce que tu vas donc faire c'est faire une qPCR pour quantifier le TGFB et un gène de ménage (ex. GAPDH) dans chaque échantillon. Ensuite tu vas faire le delta CT entre la Ct du TGFB et celle de la GAPDH. Etant donné que tu as la même quantité totale d'ARN dans tes échantillons la Ct de la GAPDH ne devrait pas beaucoup changer (puisque c'est ton gène de référence) par contre celle du TGFB oui.  [...]

Méthode Elisa

généralement, dans un test ELISA, plus la couleur est foncée, plus il y a d'antigène dans le puits et donc dans l'échantillon analysé.  [...] le seul rapport que je pourrais trouver est que la technique ELISa est une des techniques utilisées pour quantifier la quantité d'EPO présente dans l'échantillon analysé.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR quantitative

Car moi ce qui m'intéresserait si c'est possible c'est de savoir au final dans mon échantillon, quel est la quantité en ng de mon gène d'intérêt. Es ce que cela est possible et si oui comment on peut le faire.  [...] Une solution Utiliser ton échantillon pour faire une gamme standard pour vérifier l'efficacité d'amplification, mais dans ce cas tu n'auras bien évidement pas de quantification absolue, tu ne pourras faire que du relatif par rapport à un gène de ménage, sans compter l'augmentation des coûts due au fait que théoriquement il faudrait faire une gamme pour chaque échantillon.  [...]

[Biologie Moléculaire] rapport 260/280 et 260/230

après avoir quantifié de l'ADN par mesure de l'absorbance, il m'a été demandé d'analyser les rapport 260/280 et 260/230 pour vérifier la pureté de l'échantillon.  [...] Mais ton ration 260/230 est trop bas, et montre que tu as une contamination par des produits organiques (généralement des tampons) dans ton échantillons.  [...]

[Biologie Moléculaire] Q-CPCR encore !

Si tu as utilisé la même quantité d'ARN pour les 2 RT, alors c'est que tu as bien un différence. Par contre si tu avais pris x ul de chaque échantillon pour faire la RT, alors la il faudrait normaliser par la quantité d'ARN utilisé.  [...] edit. vu la différence de quantité d'ARN, as tu fait un gel d'ARN pour vérifier l'intégrité des ARN dans l'échantillon le moins concentré Y a t il un traitement à la DNase pour t'assurer que tu n'amplifies pas le génomique qui aurait pu cntaminer l'échantillon le plus concentré D'ailleurs les amorces chevauchent elles des jonctions exon/exon, pour éviter d'amplifier l'ADN As tu un controle sans RT (donc pour lequel il n'y a pas de cDNA et qui théoriquement ne doit rien donner en qPCR ).  [...]

[Biochimie] solubilité protéine, un beau SDS-PAGE

Non pas dans sa réalisation mais dans les quantités d'échantillon à mettre... D'après mes souvenirs d'anciens TP je pouvais faire en fonction d'un rapport DO600 avant/après pour que les dépôts soient comparables, et à mettre en relation avec le vecteur vide.  [...] Tout simplement tu lyses tes bactéries au sonicateur, tu doses les protéines du lysat et ainsi tu peux déposer à quantité égale en protéines.  [...]

[Biochimie] calcul d'activité de différents marqueurs cellulaire

Connaissant le volume de l'échantillon dont vous mesurez la DO, vous pouvez en déduite la quantité molaire de DPIP consommée en 1 minute, ce qui correspond à l'activité de votre échantillon.  [...] edit. D'après ce que je comprends on te demande l'activité dans la fraction de 1 mL, pas dans les 10 µL de l'échantillon, si j'ai mal compris il faut bien sûr tenir compte de la dilution de l'échantillon. Si je ne me suis pas trompé sur l'interprétation, c'est l'activité spécifique qui va tenir compte de la dilution (en ramenant l'activité à la quantité d'enzyme, et donc au volume de l'échantillon ajouté à ta fraction de 1 mL).  [...]