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[Biochimie] Plusieurs questions sur les chromatographies échangeuses d'ions et d'affinité

A la question Les protéines de l'échantillon P3 ont le même poids moléculaire que les protéines notées C nous avons répondu vrai car l'échantillon P3 proviennent de l'échantillon P2 filtrés sur gel donc par poids moléculaire.  [...] Cependant,à la question Les protéines de l'échantillon P3 ont un Point isoéléctrique différent des protéines C (graphe 3,filtration par affinité) j'ai répondu faux car je me suis dis. les protéines en P3 proviennent indirectement de l'échantillon P1,or en P1,on a certainement trié par gradient de pH sachant que les protéines attérissent toutes dans le même endroit cela implique qu'elles ont le même pI,car si elles avaient un pI différents j'ai réalisé un graphique que vous trouverez dans l'encadré vert qui montre distinctement qu'elles n'ont pas le même pI donc j'ai répondu faux, mais le prof a mis vrai.  [...]

[Biochimie] électrophorèse

en tout cas, le problème ne vient pas du gel puisque les échantillons que j'ai déposés dans les autres puits ont tous migrés correctement. il ne vient non plus d'une contamination par protéase puisque les autres échantillons qui ont migrés correctement provenait du même mélange (c'est en fait des lavages provenant d'une même colonne chromatographique).  [...] Question bête mais bon. concernant votre échantillon. êtes-vous sûr qu'il y avait des protéines Avez-vous fait un dosage Peut être que l'élution sur la colonne chromatographique n'a rien donnée.  [...]

[Biochimie] Duplicates selon les bonnes pratiques de laboratoire

J'ai une question basique. J'ai toujours dosé mes protéines en duplicates sur plaque. c'est à dire que je dépose en double chaque dilution d'échantillon.  [...] Est-ce quelqu'un considère l'erreur de dilution et fait donc 2 dilutions par échantillon déposées en double soit au total 4 dépôts pour doser un même échantillon. Je n'ai pas trouvé quelque chose d'établi à ce propos.  [...]

[Identification] Gel SDS PAGE

J'ai su répondre à toutes les questions du prof sauf à la dernière. Que pouvez-vous conclure pour chaque échantillon. Dans l'ordre, les protéines correspondent à.  [...] Etant donné que la structure tertiaire correspond à un repliement des protéines dans l'espace je ne pense pas que ce soit ça.  [...]

[Divers] Electrofocalisation

Les protéines vont migrer de toutes manières, jusqu'à que leur charge nette soit nulle. Dans un échantillon de plusieurs protéines, il vaut mieux le placer au centre, de cette manière les protéines migreront rapidement jusqu'à leur pHi respectif. Si tu mets l'échantillon à une extrêmité, alors il se peut que l'une de tes protéines aient à parcourire l'ensemble du gel avant de s'immobiliser... je ne sais pas si tu me suis.  [...] Non, ce n'est pas du tout la raison. Sinon, autant faire un gel deux fois plus petit. On dépose l'échantillon au centre car il y a des protéines chargées positivement et d'autres négativement, et donc il va y avoir des protéines qui vont migrer des deux côtés du gel, comme tu peux voir ici.  [...]

Pourquoi utliser un réactif de déprotéinisation ?

Bonjours, tout est dans la question, je réalise un tp qui consiste à doser le fer dans du serum par colorimétrie et je voudrais savoir pourquoi utiliser un réactifde déprotéinisation, et aussi comment connaître la quantité qui conviendra d'indicateur coloré pour le spectrophotomètre Pour le réactif de déprotéinisation j'ai penser au fait que les protéines pourrait être des molécules interférentes mais dans la plupart des cas elles.  [...] Oui mon échantillon sera du sang, je prendrais le sérum. Par contre je n'ai pas compris votre question sur le fer associé ou libre.  [...]

[Biologie Moléculaire] Causes d'échecs de la production de protéines recombinantes

c'est vrai que ma question était très vaste d'ailleurs moi-même je n'ai pas de précisions, néanmoins pour le dernier problème je pense qu'il s'agit des tests sur l'homme c'est à dire qu'une protéine qui est efficace sur un modèle murin ne l'ai pas ou l'ai moins sur l'homme donc comment peut-on mieux l'adapter Mais encore une fois le prof n'a pas précisé le type de protéine, le vecteur ou le système d'expression (j'espère que j'ai été un peu plus claire).  [...] Logiquement, la grosse bande n'est pas encore présente sur gel pour cet échantillon. Donc tu peux voir ainsi, en comparant les deux puits, à quelle taille apparaît ta protéine (à supposer que tu ne la connaissait pas, ce qui semblait être ta question, même si c'est bizarre ).  [...]

[Biochimie] Problème de taille

J'ai une petite question, en révisant mon cours de caractérisation protéique j'ai trouvé que la cristallographie n'est pas limitée par la taille de l'échantillon contrairement à la RMN qui se limite à des macromolécules de 30KDa, donc j'aimerai comprendre pourquoi l'une est limitée alors que l'autre ne l'est pas.  [...] En effet la cristallographie n'a théoriquement pas de limite taille. On arrive à cristalliser des petites molécules, des macromolécules biologiques (ARN, ADN, protéines), des complexes de macromolécules et même des virus. Cependant résoudre la structure de complexes ou de virus n'est pas chose facile et on est souvent limité par la limite de résolution du fait qu'avec de gros objets on a d'important volume de solvant et donc un empilement cristallin un peu moins périodique.  [...]

[Biologie Cellulaire] phosphorylation et congélation

je vous ai déjà envoyé qqs messages concernant la mise en évidence d'une phosphorylation sur une protéine d'intéret. J'ai pour vous une nouvelle petite question. pensez vous que la phosphorylation soit sensible à la congélation des échantillons. en d'autres termes, puis-je tester un traitement phosphatase après avoir immunoprécipité ma protéine à partir d un échantillon congelé à -80°C (et ayant donc subit un cycle de congélation/décongélation).  [...] Normalement pour l'étude que tu fais, un seul cycle de congélation/décongélation n'affectera pas ton expérience. Le paramètre qui est le plus affecté est la structure de la protéine, donc c'est surtout l'immunoprécipitation qui est concernée (dans le cas où l'anticorps reconnait un épitope conformationnel).  [...]

[Biochimie] electrophorese

je voudrais juste avoir un éclaircissement. la SDS page avec agent réducteur pont disulfure. est effectuer pour connaitre la masse molaire des protéine de mon échantillon, mais comme les protéines ne migrent pas intact à savoir qu'elles sont dénaturées ce sont les chaines polypeptidiques qui migrent selon leurs masses moléculaires.  [...] - soit tu fait migrer un échantillon complexe avec plusieurs protéines dedans auquel cas tu dois avoir des infos sur ta protéine puisque cette électrophorèse ne te permettra pas de savoir quel est son PM.  [...]