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[Biologie Moléculaire] PCR en temps réel (qPCR)

Théoriquement si tu crées une gamme étalon, le graphe indiquant la relation entre ta quantité d'ADN et le Ct sera de ce type.  [...] De plus on ne calcule pas l'augmentation de la quantité d'ADN dans le tube, on calcules le nombre de cycles théoriques qu'il faut pour avoir X quantité d'ADN, qui équivaut à une quantité Z d'ADN initiale, ce qui est légèrement différent.  [...]

Questions sur la PCR

Sinon oui on mets l'ADN total, les amorces sont normalements assez longues pour pouvoir s'hybrider que sur la séquence qu'on veut amplifier.  [...] Ton but si j'ai bien compris est de déterminer si une personne à 1 ou 2 copies du segment d'ADN génomique donné dans son génome. La PCR va amplifier ton segment. Si ton segment est représenté par deux alléles différentes tu auras deux produits de PCR.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR en temps réel

Déjà, il faut comprendre ce qu'on observe. le paramètre mesuré est un signal dont l'intensité dépend de la quantité d'intercalant intercalé dans l'ADN double brin. Ainsi, la différence de signal entre le début et la fin du run correspond à tout ce qui a été amplifié pendant le run.  [...] Enfin, courbe étalon. Elle permet de corréler la valeur du Ct que détecte la machine avec la quantité réelle d'ADN présente dans le tube au début du run. En théorie et comme vous le savez, la quantité d'ADN dans une PCR double à chaque cycle. En théorie oui mais ce n'est pas toujours vrai, et cela dépend de nombreux paramètres (qualité des amorces, quantité initiale, mix, paramètres de cycle, etc.  [...]

[Biologie Moléculaire] Courbes PCR en temps réel

Alors petit rappel. le principe de la PCR quantitative est qu'on est capable de suivre l'évolution de la quantité d'amplicon formée au fil des cycles. Pour cela, on a une matrice, une paire d'amorces ciblant la région que l'on veut amplifier, une enzyme, des nucléotides, et un colorant fluorescent de l'ADN.  [...] Cette PCR est dite quantitative, puisque vu qu'on est capables de savoir a tout moment combien on a synthétisé d'ADN dans le tube, on peut déterminer la quantité initiale de matrice. Cette quantité initiale est déterminée a partir du nombre de cycle nécessaire a ce que l'intensité de fluorescence atteigne un certain seuil.  [...]

adn et arn

formule qui permet à partir de la densité optique de trouver la quantité d adn ou d arn dans un tube. merci de me donner une idee que je vais suivre.  [...] - le coefficient reliant les deux (1 Unité d'absorbance = x g d'ADN/l).  [...]

Traitements des données en QPCR

Quelqu'un dans mon labo m'a dit de comparer les valeurs quantité d'ADN immunoprécipité sur quantité d'ADN non spécifique dans le tube sans anticorps (Ac/sans Ac) et de calculer des barres d'erreur là dessus. Par contre, cette personne ne normalisait pas par rapport au gène de référence.  [...] De plus quelles précautions dois-je prendre pour pouvoir comparer la quantité d'ADN entre mes deux lignées cellulaires, car j'imagine que je ne vais pas avoir les mêmes valeurs sur mon gène de référence. Dans ce cas, dois-je normaliser en plus sur le gène de référence Le problème est que si je fais deux rapports successifs (en divisant par sans Ac et par le gène de référence) mes barres d'erreur risquent de devenir tellement grandes que mes résultats ne voudront plus rien dire.  [...]

[Biochimie] Petite question sur la PCR

ET d'ailleur la formule qui nous donne la quantité théorique final 2^n - 2n, est fausse, car si on a l'allèle paternel et maternel dans notre tube, on a bien 4 brins différents, ce qui nous donnerait alors théoriquement 4^n-2*4*n quantité d'adn finale.  [...] Je pense qu'il parlait de l'établissement d'un profil génétique. En fait il s'agit de réaliser une PCR sur des marqueurs micro-satellites. Ces marqueurs sont des petites séquences (2 à 10 paires de bases) répétées en tandem. Ce qui varie n'est pas la qualité des nucléotides (bien qu'ils peuvent avoir quelques modifications) mais la quantité de répétitions.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment analyser les résultats de PCR quantitative???

J'arrive à la précision du facteur 2. La PCR marche par cycle de doublement de la quantité d'ADN-cible. Au cycle c, on a n copies de la cible, au cycle c+1, on a 2n copies dans le tube. La précision de la mesure par l'appareil est de +/- 1 cycle, donc plus ou moins un facteur 2.  [...] En quantité constante dans tous les échantillons, il normalisera les biais d'extraction ou de contamination et les variations d'efficacité éventuelles de la transcription inverse. Il donnera ainsi en quelque sorte une image de la quantité de matrice apporté (ADNc).  [...]

[Biologie Moléculaire] Déterminer la masse d'ADN dans une bande après électrophorèse

On peut alors dire combien il y a d'ADN dans la bande du puits 1 ou 3 de même intensité, et sachant quel volume on a déposé dans le puits, on peut alors savoir quelle concentration on avait dans le tube, et donc la quantité d'ADN qu'on avait à la sortie de la PCR.  [...] Pour la quantité c'est un peu plus compliqué. Tu sais la quantité d'ADN (marqueu) que tu as déposé sur ton gel (le prof a vous la donner). pour le reste ce que tu as expliqué est bon.  [...]

recherche d'un contact par mail avec un laborantin

Autrement, pour avoir assez d'ADN, il faut soit l'amplifier par PCR (cas de la salive sur le verre) seulement c'est coûteux et surtout pas disponible en superette, soit en disposer en grande quantité (ris de veau par exemple).  [...] Ce qui amène également un autre problème. Si on rajoute un échantillon F dans le tube Z, on ne pourra pas identifier son ADN au complet (tout les micro-satellites) à cause de ces bandes identiques. Mais je cherche la petite bête.  [...]