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Fabrication d'une puce à ADN

Les puces à ADN permettent d'étudier de façon globale et simultanément l'expression de plusieurs gènes.  [...] Non pas d'amplification car tu veux justement quantifier ton expression par l'intensité de révélation qui sera fonction du nombre d'ARNm présent dans ton échantillon.  [...]

[Biologie Moléculaire] Puces à ADN

Par exemple, tu veux étudier les gènes transcrits dans une pétale et dans une fleure(la même espèce). Tu prélèves les ARN du pétale et de la fleur, tu marques par exemples les ARN de pétale en vert, et la fleur en rouge. Ensuite tu fais une hybridation sur la puce, et ainsi tu peux faire une comparaison du profil d'expression.  [...] Dans mon cas, on veut tester l'effet d'un traitement. Donc, on marque en vert l'ADNc non traité (contrôle) et l'ADNc avec le traitement en rouge (test). Après hybridation avec la sonde, si expression contrôle=expression test. le traitement n'a rien changé, si expression contrôle.  [...]

Expression de gène

La technique de Puces à ADN permet par exemple d'identifier l'expression d'1 ensemble de gènes, mais à quoi cela correspond t il.  [...] Autre différence de taille. la puce à ADN est une technique a grande échelle, c'est à dire qu'lle permet de mesurer l'expression absolue ou différentielle d'une grande quantité de gènes en même temps (plusieurs milliers) alors que l'hybridation in situ est ciblée.  [...]

[Journal club] Extinction de l'expression de gènes par les siRNA : la découverte

Quand meme, je suis moyennement d'accord sur le fait qu'un siRNA est similaire a un KO. Pour avoir expérimenté cela au labo, il est clair qu'en expression transitoire le taux d'inhibition de la synthese protéique est loin d'etre maximale, et meme si on cree une lignée stable exprimant le siRNA on n'arrive pas non plus a 0.  [...] .. Je ne sais pas si des puces Affymetrix ont été faites sur des extraits de cellules transfectées avec un siRNA d'intérêt dans d'autres papiers. C'est sans doute trop fort comme approche pour s'assurer que le siRNA ne touche qu'à son gène cible mais c'est la seule que je vois pour avoir une vision globale de l'expression génique.  [...]

DNAchip

Je suis très impressionné par la technique des puces à ADN mais il y a une chose que je n'ai pas comprise dans les cas ou on veut comparer l'expression de gènes chez une personne saine et une personne malade.  [...] 2) Fabrication de la sonde à partir des ARN extraits de 2 cultures cellulaires de souris (deux souches de cellules différenciées et différentes ^^), dont on veut comparer l'expression des gènes.  [...]

[Génétique] puces à ADN

j'introduis l'utilisation des puces à ADN qui permettent de comparer les profils d'expression des ARNm de 2 cultures cellulaires (témoin et soumis à un toxique) mais je ne comprends pas bien la première étape de la formation d'une puce à ADN.  [...] D'où le fait que les puces à ADN vont progressivement être remplacées par le séquençage massif des ARNs (RNA seq), où là tu t'affranchies de ce problème et peut détecter tout (= des choses beaucoup plus faiblement exprimées, et qui jusqu'à présent n'étaient pas annotées).  [...]

variabilité microarray

La je parlais de puce pour du gene expression. Merci pour la réponse, mais y a-t-il des points que l'on connais particulièrement sensible.  [...] (j'avais oublié la qualité du spotting si la puce n'est pas commerciale et l'âge de la lame. Encore des étapes très importantes).  [...]

detection de germes pathogènes

En gros, est-ce que tu disposes du matériel pour pouvoir faire des PCR multiplex quantitatives en temps réel.. (ou encore mieux des puces à ADN ) ou bien alors si tu peux n'obtenir que de simples géloses (a couler toi-même bien sur ).  [...] Sinon, les puces à ADN ont un avenir certain en bactério de routine (que ce soit médical ou agroalimentaire). Il suffira simplement d'obtenir des puces sur lesquelles sont fixées des sondes spécifiques du génome de telle ou telle bactérie puis d'effectuer une hybridation à partir d'un extrait d'ADN du prélèvement à analyser.  [...]

[Génétique] Puce à ADN

Ce qui nous intéresse dans ce genre d'études, c'est bien d'avoir accès à l'expression différentielle de transcrits dans des conditions différentes à partir d'une information génétique génomique qui est toujours la même.  [...] Si tu hybrides de l'ADNgénomique, il est clair que tu ne verras aucune différence entre les différentes situation et que ça ne t'apportera aucune information sur l'expression de cet ADN.  [...]

[Génétique] Petite question sur la CGH

Autre petite question. toujours dans la CGH, on utilise de l'ADN contrôle avec l'ADN à analyser. Apparemment les deux vont s'hybrider ( de façon compétitive d'après Wikipédia... ) ensemble. Mais comment C'est un point que j'ai mal compris ^^.  [...] Si l'ADN du témoin et du patient s'hybrident à part égale, on obtient un puit orange (vert+rouge) et dans ce cas l'ADN du patient n'a ni délétion ni duplication visibles.  [...]