• Forum - Protéines, Banque, Data

[Biologie Cellulaire] Restitution de connaissances sur les protéines.

Une cellule est un enorme bouillont de protéines, nécessaire à sa survie mais aussi pour la communication avec son milieu extérieure ou avec d'autre cellule. On en sait pas combien de portéines compte une cellule mais beaucoup plus que de gènes.  [...] Pour des exemples de structures de protéines va voir la banque de donnée Protein Data Bank (toute structure nouvellement résolue voit ses coordonnées atomiques déposées dans cette banque).  [...]

[Biologie Moléculaire] Combien d'enzymes différentes dans le vivant ?

Protein Data Bank (banque de données sur les protéines) qui recense les structures secondaires des protéines et des acides nucléiques avec une résolution inférieure ou égale à 4 angströms.  [...] Sur le site de la Protein Data Bank, il existe plusieurs tableaux statistiques, par exemple, le nombre de structures de protéines déterminées en fonction de la technique utilisée.  [...]

homologie protéome entre les organismes

Je trouves sur internet un peu de data concernant l'homologie entre l'ADN génomique des espèces (nombre total de nucléotides), mais quelqu'un connaîtrait-il une banque qui donnerait directement les % d'homologie au niveau du transcriptôme et au niveau du protéome entre les organismes Par exemple une banque construite par des analyses de l'ADN génomique et des algorithmes de prévision de protéine ou d'ARNm.  [...] //www.nature.com/embor/journal/...l/7401117.html... J'aimerais aussi avoir des infos aussi du type ratio ''Total number of mRNA cluster/ number of nucléotides'' ''Total number protein cluster / number of nucleotide'', etc, à l'intérieur d'un organisme donné.  [...]

[Microbiologie] comment produire une toxine bactérienne sans bactérie?

existe t il un logiciel freeware de bio-informatique qui présente la structure de n'importe quel protéine il suffirait d'entrer le code amine (je veux dire le code en acide aminé de la protéine) et qui marche sous windows, je disais il suffirait d'entrer le code amine de la protéine pour qu'il la structure en 3d et même nous donne le code génétique correspondant, en plus chercherais dans les base de données mondiales des gènes ou des références qui possède le même code génétique si c'est pas encore fait ça, je donne gratuitement une idée à un bio-informaticien pour créer ce logiciel.  [...] C'est très généreux de donner votre idée gratuitement, mais ne vous en faites pas, il existe une flopée de logiciels permettant de visualiser la structure 3D des protéines. Je vous encourage à aller faire un tour sur la Protein Data Bank. Cette base de données est la plus complète en matière de structure de protéines.  [...]

[Biochimie] cours étrange d'histoire de la vie.

...la formation des acides aminés dits biologiques qui sont essentielles à la synthèse des protéines et qui conduisent à la formation de glucose.  [...] Toujours est-il que l'un des secteurs les plus productifs en terme de data générés c'est sur la structure des protéines et que c'est l'objet de nombreuses thèses chaque année.  [...]

[Biochimie] PDB et Cristallographie

Tout d'abord, j'ai remarqué que les structures de protéines (dans Protein Data Bank) déterminées par cristallographie n'ont pas d'atome d'hydrogène. Pourquoi Je trouve partout les hydrogènes ne sont pas visible en cristallo mais personne n'explique pourquoi.  [...] Il peut y avoir des zones dans la structure des protéines qui sont très dynamiques. Cela peut engendrer la formation d'un cristal de plusieurs conformères. La base de la résolution cristallographique étant la répétitivité de la même structure, s'il y a des variations à un endroit, la résolution sera donc impossible pour cette zone.  [...]

Articles importants dans Nature, Science ou Cell - Page 5

En très gros, les auteurs ont mis au point une technique (à base de micro-array et de FACS) permettant de cribler les protéines dégradées par le protéasome et comme ils sont joueurs, ils se sont amusé à tester cette technique sur une banque de 8000 ORFs.  [...] Mais j'avoue que ce détail n'en est en fait pas un et me perturbe pour l'analyse des data... Ajouter à cela des protéines très connues qui sont réellement dégradée par le protéasome (comme p53) et qui sont classées dans le papier comme étant non dégradées.  [...]

Nombre de résidus moyens des hélices, feuillet,...

- Quel est le nombre moyen de résidus d'une hélice alpha selon la PDB (Protein data bank).  [...] - Quel est le nombre moyen de résidus d'un brin beta selon la PDB (Protein data bank).  [...]

Protéines en format PDB

Je cherche un site internet où je puisse télécharger des structures de protéines en format PDB. Est ce que vous pouvez m'aidez.  [...] Tu devrais trouver ton bonheur...(enfin si parmis les 33 000 structures tu ne le trouves pas c'est que tu es vraiment difficile ).   [...]

Articles importants dans Nature, Science ou Cell - Page 3

In all these substrates, however, the internal lysines also played a role in modulating their stability. To better understand the physiological significance of this novel mode of modification, it was important to identify proteins in which degradation is completely dependent on N-terminal ubiquitination.  [...] Nuclear pore complexes (NPCs) are proteinaceous assemblies of approximately 50 MDa that selectively transport cargoes across the nuclear envelope. To determine the molecular architecture of the yeast NPC, we collected a diverse set of biophysical and proteomic data, and developed a method for using these data to localize the NPC's 456 constituent proteins (see the accompanying paper).  [...]