• Forum - Protéine, Site, Liaison

[Biochimie] Compréhension cours - Interactions Protéines-Ligands

Voila, je suis étudiant en L3 Microbiologie et nous faisons en Biochimie un cours sur les interactions protéines-ligands.  [...] Concernant Hill, il me semble que c'est une régression linéaire. On l'utilise pour la coopérativité des ligations (par exemple en fonction des gaz se liant à l'hémoglobine).   [...]

[Biologie Cellulaire] technique de retard sur gel et immunoprécipitation de chromatine

Alors haha je vais t'aider a y voir plus clair donc comme tu l'as comprise pour le retard sur gel on obtient plus ou moins un retard c'est a dire on peut obtenir seulement un retard resultant de l'interaction avec une protéine mais on peut aussi obtenir aussi un super retard resultant de l'interaction avec une protéine et son anticorps spécifique donc en soit la technique de retard sur gel permet en effet de démontrer une interaction prot/adn mais aussi dans certains cas avec l'utilisation du bon anticorps elle permet de detecter la proteine specifique qui était lié (dans le cas du super retard).  [...] Je peux te detailler le protocole mais ce que tu dois retenir c'est qu'a la fin avec la chip on obtient carrément le fragment d'adn sur lequel la protéine s'est fixé. donc non seulement il y a eu interaction mais on peut aller plus loin en t'informant précisément du site de liaison de la protéine a l'ADN.  [...]

Immunoprécipitation de la chromatine

La ChIP permet d'identifier le site de fixation d'une protéine sur l'ADN. Il faut posséder l'anticorps spécifique de la protéine qui t'intéresse (ou alors exprimer une protéine taggée dans ta cellule et avoir un anticorps anti-tag). Donc tu extrais les complexes ADN/protéines des cellules, tu les découpes en courts fragments (qq centaines de paires de bases par exemple pour commencer) tu incubes avec ton anticorps.  [...] Tu isoles les complexes formés Ac/protéine/ADN. Séquençage de l'ADN = tu peux identifier le site de liaison de ta protéine dans le génome.  [...]

[Biologie Moléculaire] Code génétique et mutations conservatives

2) Est-il vrai que si un aa est à l'ext. cela est moins grave que si cet aa muté se retrouve orienté vers l'int. de la protéine(donc qu'en advient-il de mon raisonnement).  [...] Distinguer mutation silencieuse et neutre (ou conservatrice) me semble difficile. En effet, il faut prendre en compte les propriétés physico-chimiques de l'acide aminé, mais aussi son rôle dans la protéine. si cet aa participe par exemple à la structure tridimentionnelle de la protéine en étant engagé une liaison avec un aa à distance, ou s'il se situe au niveau du site actif d'une enzyme, son remplacement peut être particulièrement problématique.  [...]

[Biochimie] exercices sur l'interaction proteine ligand

on obtient une droite qui coupe l'axe des abscisses en un point qui correspond au nombre de site de liaison fixant la protéine et la pente correspont à (-1/Kd(constante de dissociation à l'équilibre révélateur de l'affinité) si mes souvenirs sont bon). Si tu fais la même manip avec un inhibiteur, en scatchard, tu peux déterminer si c'est compétitif (pas de variation du nombre de site mais variations du Kd) ou non compétitif.  [...] A mon avis, il faut savoir à partir de données (par exemple, valeur de radioactivité aprés séparation libre lié avec ou sans inhibiteur).tracez un scatchard, déterminer le Bmax et le Kd, savoir si ily a un ou plusieurs sites de liaisons, caractériser l'inhibition compétitif ou pas de l'inhibiteur.  [...]

[Biologie Cellulaire] Mitochondrie

Bax) ), ce qui permet de Bax en se démirisant de percer la membrane mitochondriale (formation des pores) et la libération de cytochrome C contenue dans l'espace intermembranaire (ainsi la mitochondrie libere la protéine Diable qui empêche IAP d'inhiber la caspase 3).  [...] Le cytochrome c se lie avec la protéine adaptatrice Apaf1 qui présente un autre site de liaison avec la procaspase 9 (caspase initiatrice inactive) qui va devenir active ( apres clivage des prodomaines -. caspase active). Ce procaspase 9 active la caspase 3 (caspase effectrice) qui degrade les proteines.  [...]

[Biologie Moléculaire] kinase - Page 2

Car j'ai un soucis, le 2AP semble inhiber les kinases en bloquant le site ATP, or je me demande dans quel mesure le fait que je vois un effet du 2AP prouve qu'il y a une kinase d'implique, et pas seulement une proteine ayant un domaine de liaison a l'ATP.  [...] Apparament la staurosporine n'est pas vraiment un analogue non hydrolysable de l'ATP, mais en revanchhe elle agit bien en bloquant le site ATP. donc il n'y a en effet pas de raison pour qu'elle soit specifique.  [...]

[Physiologie] operon lactose

alors que si on ajoute de l iptg,el pourra etre synthétisé car l IPTG va se fixer sur le répresseur lac I,le répresseur change de conformation,et son site de liaison a l'opérateur se trouve modifié,l ARN polymerase va donc transcrire l'ARN M et le protéine CI sera donc synthétisée,est ce ca.  [...] je pense qu' il est introduit dans la bactérie qui a intégrer le prophage contenant la variante B car sur le graphique,on voit que l'activité de la bétagalactosidase augmente avec l IPTG,puis commence a chuter quand la quantité d iptg devient trop importante,donc il y a une régulation qui se produit et qui s'explique par la présence de la proteine CI,est ce ca.  [...]

[Biologie Moléculaire] Liaison spécifique d'un protéine à l'ADN

Imaginons maintenant deux sites de liaison identiques en séquence pour une DNA binding proteines Y sauf qu'un site est enrichie en histone X crutant éfficacement la proteine Z.  [...] Conclusion. Oui, la proteine pouvait potentiellement lier les deux sequences mais l'éfficacité de liaison est ici régulé. La proteine se fixe donc là et pas là.  [...]

Liaisons H et ponts disulfure.

Les liaisons H interviennent un peu partout, autant dans le repliement de la protéine, que dans la reconnaissance du substrat (site de liaison) et le mécanisme réactionnel de catalyse (site catalytique), ces liaisons étant très fréquentes.  [...] Pour les liaisons hydrogènes elle participent aussi à la stabilisation de la protéine mais aussi à la liaison entre l'enzyme et son substrat. Voit plutot les liaisons hydrogène comme une bande Velcro, si on à une liaisons hydrogène ca ne tient pas longtemps, mais si on multiplie les liaisons hydrogène ca devient de plus en plus stable.  [...]