• Forum - Protéine, Domaine, Acides aminés, Anticorps

[Biologie Moléculaire] Lyse cellulaire

Je voudrais savoir s'il est possible de lyser des cellules pour récupérer par co-IP une protéine liée à un lipide. Parce que forcément la lyse cellulaire va entraîner une rupture des interaction lipides-protéines et donc du complexe que je cherche à récupérer.  [...] J'ai trouvé une solution en fait. créer un mutant de notre protéine avec uniquement le domaine qui m'intéresse plus quelques acides aminés pour le lier à un anticorps sur une colonne. Reste à faire passer les lipides dans la colonne et récupérer le complexe. Je pense que ça peut le faire.  [...]

[Biologie Moléculaire] Domaine / module des protéines

Initialement je pensais qu'un domaine était une séquence d'acides aminés apportant une fonction à la protéine, et que le module était plutôt une structure qui pouvait être constitué d'acides aminé éloignée lorsque l'on regarde la seule séquence primaire de la protéine.  [...] Mais j'ai l'impression que les 2 termes sont employés presque indifféremment selon les auteurs. Par exemple pour la fibronectine, doit-on parler de domaine ou de module RGD, héparine.  [...]

[Immunologie] VIH difficultées à trouver un vaccin

Pour cela il faut bien avoir en tête qu'une protéine est une structure en trois dimensions. Ce que je connais l'anticorps c'est ce que j'oserais appeller une signature topologique sur la protéine formée par les acides aminés.  [...] Si vous produisez un anticorps dirigé contre la protéine native, la région hypervariable masquant le domaine de liaison, vous n'aurez que des anticorps dirigés contre cette région hypervariable. C'est un peu comme le fruit et son noyau. Si vous voulez toucher le coeur, il vous faut retirer la peau.  [...]

[Immunologie] Epitope (incompréhension)

J'ai une question à propos de l'antigène, il est dit que l'antigène possède plusieurs déterminants antigéniques (épitope), par exemple une bactérie est un pathogène celui ci possèdes des protéines membranaires donc les protéines membranaires seront les antigènes mais je comprends pas quelques choses c'est au niveau de l'épitope, la glycoprotéine transmembranaire de la bactérie aura par exemple des polysaccarides fixés a elle, ces polysaccarides pourrait être des épitopes Un Acide Aminée qui compose cette glycoprotéine pourrait être un épitope, enfaite je comprends pas tellement ce que pourrait être un épitopde au niveau d'une protéine par exemple, merci pour vos futures explications.  [...] Plus sérieusement, en prenant l'exemple d'une protéine antigénique. On ne va pas dire qu'un seul acide aminé est un épitope, c'est trop petit. Un domaine particulier, une partie de cette protéine peut être un épitope, donc plutôt un groupe d'acides aminés.  [...]

[Divers] [biologie du developpement] développement des membres

TBX. protéines portant le domaine T (T-Box). Il s'agit d'un domaine de 180 acides aminés se fixant sur la moitié d'un domaine palindromique.(5'-AATTTCACACCT AGGTGTGAAATT-3'). Le mode de fixation est original en plusieurs aspects. Le premier est qu'il intéresse le grand et le petit sillon de l'ADN.  [...] TBX. protéines portant le domaine T (T-Box). Il s'agit d'un domaine de 180 acides aminés se fixant sur la moitié d'un domaine palindromique.(5'-AATTTCACACCT AGGTGTGAAATT-3').  [...]

[Biochimie] Comment optimiser le transfert (en western blot) des protéines de haut poids moléculaire ?

Cependant, si tu arrives à transférer des bandes plus lourdes que ta protéine, ton problème ne vient probablement pas du transfert à moins que taprotéine ait une composition en acides aminés très atypique (c'est rare pour une protéine géante). Il faudrait donc être certain que la protéine que tu cherches est bien présente et que ton anticorps la reconnait efficacement dans les conditions ou tu l'utilises.  [...] Le dot blot marche donc c'est plutôt bon signe, même si ça n'exclue pas tous les artefacts possibles liés à ton anticorps. S'agit-il d'un anticorps polyclonal ou monoclonal directement dirigé contre ta protéine ou d'un anticorps dirigé contre une étiquette que tu as ajouté Quand tu utilises cet anticorps, tu ne vois pas ta protéine mais vois-tu d'autres bandes plus petites ailleurs sur le gel Si tu vois des bandes plus petites, s'agit-il d'une bande unique (dans ce cas, il s'agit probablement d'une reconnaissance non spécifique d'une protéine qui n'a rien à voir) ou de plusieurs bandes et en particulier de bandes proches les unes des autres (dans ce cas c'est sans doute une dégradation partielle).  [...]

[Biologie Cellulaire] Signalisation cellulaire

...). La phosphoryllation c'est l'ajout d'un groupement phosphate sur le groupe OH d'une Serine, d'une thréonine ou d'une tyrosine (qui sont les 3 seuls acides aminés à être pourvus d'un groupement OH). Cette phosphoryllation permet un changement de conformation de la protéine et l'active (ou l'inactive ) en exposant à la surface son domaine catalytique par exemple (je précise bien que ça n'est qu'un exemple ).  [...] J'ai beaucoup cherché sur Internet des schémas dans le but de comprendre au mieux les mécanismes émanant de la stimulation insulinique mais j'ai toujours beaucoup de mal. C'est pourquoi, j'aimerais savoir si quelqu'un pourrait m'expliquer de manière concise même si je me doute que la signalisation cellulaire est très complexe, quels sont les principaux mécanismes cellulaires après stimulation par IGF1 et si possible incluant les protéines comme PMA, PKC, PKB, Erk1/2, p90 RSK, PI 3 kinase et BID.  [...]

[Divers] Epissage

Je suis pas très bien informé dans le domaine mais je pense que à partir du moment où l'on connait la séquence nucléotidique d'un gène et la séquence en acides aminés de sa protéine,ça ne pose pas de problème. En effet à partir du moment où tu connais la séquence d'un gène tu peux en déduire la séquence de l'ARN messager immature correspondant (par complémentarité).  [...] Or, si tu connais le polypeptide correspondant à ce gène (supposons une protéine entière pour se faciliter la vie), tu remarques que si tu essayes de retrouver la séquence de l'ARN messager mature à partir de sa séquence en acides aminés, tu trouveras un ARN mature différent (plus court) que l'ARN messager immature dont on avait parlé plus haut.  [...]

[Biologie Cellulaire] Exo de bio cellulaire

Bonjour comment on fait à partir d'une sequence d'acides aminés pour savoir si l'extremité N/C-terminale est cytosolique/ extracellulaireon me donne le nombre d'acides aminés, le PM theorique, lePM de la proteine purifiée, les domaines transmembranairs, les sites de N-glycosylation.  [...] Ce pendant, une petite remarque pour quand même vous aider. Si il y a une précision quant à la nature des glycosylation (O ou N glycosylation) je vous conseille d'y faire très attention. Surtout aux O glycosylation.   [...]

Etude de la glycophorine A

En effet, la GPA il y a des acides aminés à radical hydrophobes mais ils ne sont pas répartis de manière aléatoire mais plutot regroupés dans un domaine restreint.Mais quelle est la caractéristique physico-chimique de ce domaine.  [...] De meme pour la situation des acides aminés à radical hydrophile. quelles est la caractéristique des domaines de la protéine dans lesquels ils sont concentrés La partie hydrophyle de la protéine.  [...]