• Forum - Protéine, Dégradation, ARNm

[Biochimie] si RNA

Dans ce cas il ne faut que quelques heures pour que le siRNA pénètre dans la cellule. La transfection ne dure que 4-6 heures. En revanche, pour observer une extinction de la protéine ciblée, il faut attendre plus longtemps. Une fois le siRNA à l'intérieur de la cellule, celui-ci va activer le complexe RISC chargé de dégrader spécifiquement les ARNm porteur de la séquence ciblée par le siRNA.  [...] Le processus de dégradation des ARNm prend un certain temps, mais ce qui va déterminer réellement le temps au bout duquel l'extinction de la protéine sera la plus forte, c'est la demi-vie de la protéine. En effet, les protéines traduites juste avant la dégradation de l'ARNm ont une durée de vie plus ou moins longue qui déterminera le moment où l'on verra une bonne diminution de leur quantité.  [...]

[Biologie Moléculaire] ARN interference

L'ARNi est un acide nucléique qui peut être simple ou double brin et qui va aller interférer (de là son nom) avec un ARNm donné. Pour cela l'ARNi se fixe spécifiquement à l'ARNm et conduit à sa dégradation et de fait on assiste à une diminution de la traduction de l'ARNm en protéine.  [...] Ce serait peut-être un peu long de t'expliquer les détails du processus, mais je vais te le résumer. En fait une protéine DICER (un pacman si tu veux) génére de petits ARN doubles brins d'une 20aine de paires de bases. Quand tu introduis ces petites séquences dans une cellules, ils sont pris en charge par un complexe RISC qui va séparé les deux brins, en éliminer un (le brin passager) et diriger l'autre (brin guide) vers la séquence d'ARNm qui lui est complémentaire.  [...]

ARN traduction protéique

Les ARNm qui ont une durée de vie courte ont une région riche en A et en U dans la région 3'. Des protéines spécifiques peuvent s'y fixer pour réguler la vitesse de dégradation de l'ARNm. Cette vitesse de dégradation changera donc pour chaque l'ARNm différent selon l'importance de ses régions riches en A,U et la présence de protéines régulatrices.  [...] Exemple. La séquence IRE (riche en A et U, sensible à la dégradation) de l'ARNm de transferrine. La protéine qui s'y fixe, IRE-BP, permet de protéger l'ARNm de transferrine de la dégradation.  [...]

[Biochimie] ENZYMES question

La régénération protéique est donc plutôt marginale. D'autre part, en excluant la dégradation par les protéases, la renaturation spontanée d'une protéine n'est pas triviale. De nombreuses protéines nécessitent un repliement assisté par des chaperones qui conditionnent une conformation particulière en consommant de l'énergie, pour que la protéine soit fonctionnelle.  [...] Pour la plupart des gènes exprimés, on assiste à une synthèse permanente d'ARNm suivie de la synthèse de la protéine, puis de sa dégradation plus ou moins rapide selon sa demi-vie. Ainsi il y a un remplacement permanent d'une protéine. Donc je dirais que lorsqu'une protéine est dégradée accidentellement (par la chaleur puisque tu y tiens beaucoup ), il faut attendre le temps que l'ARNm (s'il a tenu le choc) soit traduit en cette protéine, ce qui peut être très variable suivant les protéines considérées.  [...]

[Biologie Cellulaire] Dégradation des ARNm par la voie du NMD

Car si la dégradation de l'ARNm par la voie du NMD est liée à la persistance de protéine EJC, la présence d'un codon stop situé, par exemple, un peu n'importe où avant les 50 nucléotides en amont de la dernière jonction exon/exon conduit à la persistance, au moins au niveau de cette dernière jonction, de protéine EJC et par conséquent à la dégradation de l'ARNm.  [...] En fait, il va y avoir dégradation de l'ARNm si le ribosome (pourquoi tu ne parles que de la petite sous-unité ) ne parvient pas à enlever tous les EJC (mon prof appelait ça les protéines de marque, je sais pas si tu as eu ce nom aussi en cours) qui sont aux jonctions otenues après épissage.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment savoir qu'un ARNm est entier ?

L'idée d'ARN tronqués me semble la plus compliquée, surtout qu'il est probable que tes bandes inférieures soient de la dégradation. L'as tu vérifié.  [...] Ceci etant dit, un ARNm tronqué à son extrémité 5' risque de ne pas etre traduit a cause de l'absence du codon AUG, et s'il est tronqué en 3' alors aucune protéine ne sera produite car l'absence du codon stop provoque la dégradation de l'ARNm et de la protéine traduite.  [...]

IRP et IRE

Lorsque la concentration de fer libre est basse, le 3'UTR va former des boucles. une protéine IRP va se fixer sur ces boucles et vont empêcher la dégradation du RNAm par des RNAses. Donc — de la durée de vie de l'ARNm. une protéine IRP va se fixer sur le 5'UTR et par conséquent le complexe de pré-initiation ne va pas se former.  [...] Seulement on parle aussi de IRE. Je me demandais si IRE était les boucles qui se formaient dans le 5'UTR ou bien si c'était de sprotéines qui se fixaient sur ces boucles et puis que IRp se fixait sur ces IRE.  [...]

[Génétique] Un mRNA réglé par différent miRNA sa existe?

On pourrait imaginer que l'un confère une protection à l'ARNm alors que l'autre tendrait à la dégradation de l'ARNm.  [...] rq. Il est clair que la dégradations des ARNm est l'activité principale des miRNA mais il à été montré quand dirigeant les ARNm dans les p bodies certain miRNA conférait ne protection un stockage des ARNm qui pouvait être mobilisé par la cellules lors de certains stimuli.  [...]

[Biologie Moléculaire] augmentation du taux d'ARN mais non celui de la protéine

Par rapport au paradoxe des résultats, ce ne serait pas la premiere fois qu'un ligand active la dégradation d'un messager ou de sa protéine alors que l'on note une légère augmentation de la trancription. En fait, concernant l'ARNm tout réside dans ce qu'elle appelle taux d'ARN (voir mon post précédent).  [...] Sinon, comme je l'écrivais, l'autre possibilité est que son ligand envoie sa proteine vers une dégradation. Traiter les cellules avec un inhibiteur du protéasome, c'est super rapide et c'est bien plus facile a mettre en place que des siRNA.  [...]

Transcription et traduction des gènes

Concernant le dernier point, j'ai pensé a la coiffe et au poly A car ils protégeaient l'ARNm des exonucléase, donc de la dégradation, forcément si on enlevait ces 2 parties l'ARNm sera dégradé, peut être que je me trompe, mais c'est ma propre déduction, si quelqu'un pouvait me confirmer, ça serait sympas.  [...] Et une dernière question svp, comment les ribosomes arrivent a différencier le codon qui correspond a la méthionine initiatrice et celle qui fait partie de la protéine Est ce que la méthionine initiatrice se retrouve dans la structure finale de la protéine ou est elle clivée a la fin de la traduction.  [...]