• Forum - Profil, Restriction, ADN, Enzymes

[Génétique] Rflp

1) -. sur le chromosome, un frgament de restriction est-ce bien un fragment entre deux sites de restrictions ( la ou les enzymes de restrictions peuvent couper l 'adn ).  [...] 3) Un profil de restriction est ce qu'on obtient apres avoir digéré de l'ADN par des enzymes de restriction et l'avoir fait migrer sur gel. On obtient des bandes qui correspondent a des fragments de restriction. pour détecter les différences alléliques par cette méthode, il faut bien sur que la différence cause une modification, une apparition ou une disparition d'un site de restriction.  [...]

[Biologie Moléculaire] choix des amorces

en fait, je suis face à une séquence d'ADN, pour laquelle on me demande d'établir le profil des amorces que je peux utiliser sans pour autant me donner les enzymes de restriction qu'on peut utiliser.  [...] Il faut éviter surtout les séquences formant des structures secondaires (genre des tiges boucles). Enfin il faut faire attention a ce que les deux amorces choisies ne s'apparient pas entre elles, ni ailleurs dans le génome/plasmide (donc eviter les longues répétitions monotones de A, ou de C, ou de G, ou de T).   [...]

[Biologie Moléculaire] electophorese des fragements d'ADN

apres electophorese des 2 genes A et B on obtient le profil 1 alors je vois que dans le profil 1 on a migration de 2 fragement de gene B ça veut dire on a déja subit l'ADN a une enzyme de restriction qui a coupé B mais pas A (alors que ça n'est pas indiqué dans l'exercice).  [...] dans le profil 1 on a migration de 2 fragement de gene B ça veut dire on a déja subit l'ADN a une enzyme de restriction qui a coupé B mais pas A (alors que ça n'est pas indiqué dans l'exercice).  [...]

[Biologie Moléculaire] marqueurs moleculaires

De l'ADN est coupé en fragments par une enzyme de restriction, cette dernière coupant l'ADN au niveau d'une séquence qui lui est spécifique (site de restriction). Les fragments d'ADN ainsi obtenus, nommés fragments de restriction, sont ensuite séparés selon leur longueur par électrophorèse sur gel d'agarose, on obtient un profil.  [...] Ce profil varie selon les individus ce qui traduit bien un polymorphisme. Ces différences entre profils sont causées par des variations dans les séquences de nucléotides, ce qui va créer ou faire disparaître des sites de restriction.  [...]

TPE sur l'ADN aide pour l'électrophorèse :)

pour couper l'adn je sait qu'on a l'habitude d'avoir recours a des enzymes de restriction qui sont spécifique a certaines séquence sur l'adn mais honnêtement ça me semble très compliquer de réaliser ça a votre niveau.  [...] Tu utilises des enzymes de restrictions (endo ou exonucléases) qui vont te faire pleins de petits bouts d'ADN. Tu vas faire migrer ces fragments d'adn sur membrane (électrophorèse) et tu vas avoir ce qu'on appelle un profil de migration électrophorétique.  [...]

[Biologie Moléculaire] pourquoi parle-t'on d'effet "star"

On nomme l'effet star le pourcentage de coupures non canoniques (erronées) réalisées par une enzyme de restriction (EcoR1, dont la séquence canonique est AATT) augmente linéairement avec la pression osmotique. Ceci est interprèté comme la nécessité de l'expulsion de l'eau interfaciale du domaine de liaison enzyme-ADN.  [...] Donc si j'ai bien compris le spectre de restriction d'une certaine étoile (de mer je suppose) donc un profil ressemblant au coupure aspécifique surement de l'enzyme de restriction avec laquel l'effet star é été observé en 1 er c'est bien sa.  [...]

[Microbiologie] Hybridation

Après, si l'expérience est un Southern-Blot (ou équivalent), la fréquence de coupure de l'ADN par l'enzyme doit être assez élevé pour que le profil de digestion soit lisse. Dans mon ancien labo, on utilisait des enzymes classique de type EcoRV, HindIII... Le point difficile étant que la zone de référence (pour toi le 16s) et la zone à tester (le gène de résistance) doivent toujours être détecté (et donc qu'il ne faut pas couper au niveau de la sonde - qui n'est généralement pas excessivement grande -500pb pour moi).  [...] Homing endonucleases do not have stringently-defined recognition sequences in the way that restriction enzymes do. That is, single base changes do not abolish cleavage but reduce its efficiency to variable extents. The precise boundary of required bases is generally not known.  [...]

[Microbiologie] hybridation moléculaire

je veux savoir également comment je pourrais discuté les résultats de cette hybridation moléculaire (ADN-ADN)afin de montrer la localisation chromosomique de gene de resistance bla lut.(la figure ci-joint).la premiere photo c'est un profil électrophorèse en champ pulsé (PFGE) de l'ADN de la souche Pseudomonas luteola digeré avec l'enzyme I-CeuI.  [...] la photo B,c'est l'hybridation des fragments avec une sonde spécifique d'un gène de résistance,et la photo C c'est l'hybridation avec une sonde 16s.les rèsultats de cette analyse a montrè que la sonde bla lut,specifique de gene a été hybridé avec un fragment de taille entre 700kb-800kb et il a hybridé aussi avec la sonde 16s,et pourcela les resultats suggere que le gene est chromosomique.   [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de ligation??

Je viens de repenser à un de mes sous-clonages qui avait eu du mal à marcher. J'étais arrivé à savoir que mes inserts était bien clivés, de part et d'autres par la même enzyme de restriction car après clivage et ligation, sur mon gel d'agarose j'avais un profil en échelle.  [...] une bande à 800 pb (insert), à 1600 (dimère d'insert), 2400 pb (trimère),...Cela montre que l'insert se ligue à lui-même grâce au fait qu'il soit clivé par la même enzyme de restriction à chacune de ses extrémités. Pour un clonage orienté, je doute que cette vérification soit aussi évidente.  [...]

[Biochimie] (licence/master) Question sur la pcr pour un rapport de stage, merci

C'est une PCR qui permet d'étudier la variabilité d'un gène. On utilise des amorces ciblant un gène homologue sur les différentes espèces puis on utilise une enzyme de restriction puis on compare le profil sur gel. C'est une méthode plus longue que les autres PCR.  [...] Pour la RFLT (une variante de RFLP restriction fragment length polymorphism) c'est un peu confus. Cette technique permet surtout de voir des différences de tailles dans l'ADN (et plus spécialement les VNTR).  [...]