• Forum - Produit, ARN, Extrait

aide pour un protocole (PCR, DGGE...)

Voila j ai mes echantillons de terre, j extrais l adn de la terre et là je fais quoi Je connais les bases dc et je fais la pcr sur quoi Cmt je fais pr voir qu une bacterie peut exploiter (je connais l ARNr 16S ms pourquoi l amplifier comme on connait deja les bacteries etudiées) On me donne les bacteries et je les introduits ds la terre pr voir si ca a changé de structure ou j etudie a part la terre et les bacteries et voit a partir de la les synergies possibles.  [...] On extrait donc l'ADN total du sol, on amplifie la région de l'ARN 16S avec des amorces universelles. Puis le produit PCR est analysé par électrophorèse. Pour identifier les bactéries on utilise l'ARN 16S parce que cette région est très conservée en raison de son rôle dans la synthèse des protéines.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design primers

J'ai absolument besoin de votre aide. Voilà, je souhaiterai amplifier par qPCR un produit de reverse transcription qui provient d'ARN extrait d'un tissu fixé en paraffine. Dans ces cas là, les ARNs sont très dégradés, donc plus courts, aux environs de 100 pb.  [...] Pour les primers, diminuer leur longueur diminue aussi la spécificité comme tu peux t'en douter. Je crains que si tu essaie d'amplifier en PCRq tes ARN tu n'aies pas un produit a taille unique.  [...]

Beljanski - Page 2

- Ensuite, Kinette a en effet mal interprété la phrase Mirko Beljanski a trouvé une façon naturelle d'extraire ces fragments d'ARN (extrait ribonucléique d'ARN).  [...] 2. Lors d'une extraction d'ARN de E. coli, plus de 90% des ARN extrait sont des ARN ribosomiques. Donc en effet ces extraits sont probablement en tres grandes majorité des ARN ribosomiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] pb dosage ARNtotal spectro

Après avoir prélevé un aliquot de la culture (5mL), plusieurs cycles de rincages/centrifugations, je broie la biomasse à l'azote liquide. Sur cette biomasse, j'extrais les ARNtotaux avec le kit GenElute Mammalian totalRNAkit (SIGMA). Quand ensuite je veux doser mon ARN extrait au spectro, j'ai des valeurs beaucoup trop faibles (0,004) voire négatives.  [...] Je me dis que peut-être le kit n'extrait pas l'ARN de façon optimale, ce qui expliquerait que je ne puisse pas le doser au spectro.  [...]

[Biologie Moléculaire] Transcription in vitro de sondes ARN marquées

J'ai extrait des ARN à partir du tissu cible, fait une RT puis une PCR avec des primers couplés à des promoteurs T3 ou T7. J'ai fait migrer les produits, extrait l'ADN sur gel, et fait une deuxième PCR sur cet ADN.  [...] Jusque là tout va bien, à part peut-être de légères bandes trop hautes sur ma deuxième PCR. Ce qui est assez étrange vu que j'ai extrait l'ADN sur gel (j'ai isolé ma bande d'intérêt), et qu'elles n'apparaissaient même pas sur la première PCR avec des cDNA totaux.  [...]

[Biochimie] Extraction ARN

Je suis actuellement en train d'extraire des ARN viraux par méthode double extraction trizol-trizol LS et lorsque j'ai effectué la migration sur gel, je n'observe que très rarement les deux bandes caractéristiques à 18s et 28s. Normalement, je devrais observer deux belles bandes pour chaque échantillons puisqu'après quantification, j'ai pu voir que mes ARN étaient en concentration satisfaisante ( entre 0.5 et 1.8 µg/µL).  [...] Je pense donc, qu'il faut que je refasse migrer tous mes ARN que j'ai extrait en faisant au préalable une nouvelles solubilisation car il faut que mes ARN soient ok pour que je continue ma manip.  [...]

problème d'analyse de gel de migration

j'expose mon probleme. apres une rt pcr, je fais migrer mes adn. un couple d'amorce par puits, donc normalement un seul trait visible sur le gel si la rt pcr a marché ou alors rien... mais là, j'obtiens plusieur bandes distinctes pour el meme puit. les amorces ne pouvant s'hybrider qu'a un seul endroit sur le genome, je ne comprend pas comment on peut obtenir plusieurs produits pcr avec un seul couple d'amorce.  [...] SI ton ARN initial est extrait d'un tissu, ne peux-tu pas avoir des variants d'épissage, tout bêtement Dans ce cas tu aurais plusieurs ADNc suite à la RT.  [...]

[Biochimie] qPCR :

Sachant que je sais que cette proteine est exprimée dans l'organe d'où j'ai extrait l'ARN, et que mon ARN (et mon ADNc) est de bonne qualité, je ne comprends pas pourquoi au bout de la 3eme paire de primers designées j'arrive toujours pas a amplifier mon gene d'interet.  [...] Il se peut que le problème vienne de l'age de la souris, j'ai regardé dans des papiers, et c'est vrai qu'ils ne precisent pas l'age des souris d'ou ils ont extraits l'ARNm, à part dans un des articles où ils prelevent les testicules dans des souris de moins d'un mois alors que moi je l'ai fait chez une souris qui devait avoir 2mois et demi.  [...]

[Biologie Moléculaire] RT-PCR à partir d'ARNtot possible ?

Ca n'a d'intérêt que si les messagers que vous ciblez sont en très faible concentration devant les autres ARNs. A ce moment là, le fait de passer en ARN polyA (ARNm en fait) permet d'enrichir votre extrait devant les autres ARN. C'est tout.  [...] Dans mon labo (où je ne suis qu'une stagiaire M2) on extrait les ARN sur colonne avec les kit quiagen. kit mini pour moins de 10 millions de cellules et kit micro en dessous de 500 000 cellules. Ca marche bien. je fais des PCR quantitatives à partir de l'ARN de 160 cellules de souris.  [...]

[Génétique] Génome humain: 22000, 24000, 25000 gènes ?

Là de cet extrait, ce nombre doit représenter la part d'ARNm produit par l'épissage alternatif, d'où vient il je ne sais pas, et donc 33552 = 1.54 * 21787.  [...] D, la réponse D. Honnêtement je ne suis pas assez calé dans ce domaine pour choisir un des ces 3 réponses (j'ai déjà du mal à voir comment ils arrivent au nombre de 42000 d'après l'extrait). Et je ne suis pas sur que quelqu'un puisse en être sur du moins au moment de l'article.  [...]