• Forum - Précipitation, ARN, éthanol, Acétate de sodium

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN

protocole Trizol marche bien en veg, sinon CTAB pour les récalcitrantes (genre riches en phenols) et si malgré ca tes ratios sont toujours mauvais, après l'extraction passe par une purification phenol-chloroforme et précipitation a l'ethanol.  [...] sinon faire un mélange avec methanol-chloroforme (récupérer la phase supérieur) suivi d'un mélange chloroforme (récuperer la phase supérieur) suivi d'une précipitation à l'acetate de sodium et ethanol (0.3M finaux d'acetate de Na, avec 2.5V de ethanol 99%, une heure a -20°, centrifuger récupérer le culot et le laver avec 250 microlitres ethanol 70%, centrifuger evacuer l'ethanol et resuspendre en eau-DEPC ) permet normalement d'avoir une bonne qualité d'ARN sans trop de pertes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Isolation d'ARN et élimination de DNase

Par contre, vu que je n'ai plus de colonnes, je ne pourrai pas faire un clean-up. Dois-je laisser la DNase ou puis m'en débarrasser autrement comme par la précipitation de l'arn avec de l éthanol et de l'acétate de sodium. Sachant enfin que je perds en rendement à chaque précipitation et que certains de mes organes sont très petits.  [...] oui il faut s'en débarrasser. la DNase s'inactive 15min a 75°, mais ce n'est peut être pas l'idéal. Précipiter a l'isopropanol ça peut le faire, mais effectivement il y aura des pertes. Mon expérience. j'utilisais du RNAplus, ça ressemble au trizol, et je n'ai jamais eu de problèmes d'ADN.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ARN

Après avoir extrait les ARN totaux au phénol/chloroform, je les ai précipités directement à l'éthanol 70% au lieu de l'éthanol absolu et mis à -20° toute la nuit. Du coup, la précipitation ne sera pas parfaite.. Comment pourrais-je rattrapper cette bétise Dois je rajouter du PEG, ou de l'acétate de sodium 3M ou du NaCl 3M pour mieux favoriser la précipitation dans l'éthanol 70%.  [...] 1 volume essayez d'ajouter encore un volume d'absolu, ou alors 2 vol d'isopropanol à la limite. Pour l'acétate 3M en principe c'est trop tard.  [...]

[Biologie Moléculaire] Précipitation et conservation d'ARN

L'eau RNase free pour préparer l'acétate est précieuse et si je commence à douter de la poudre utilisée par des collegues sans gants + pH mètre + HCl pour ajuster le PH à 5,2 j'ai peur de contaminer mon ARN (sachant que l'autoclave ne détruit pas toutes les RNases).  [...] Ma question est donc. vaut-il mieux préparer de l'acétate de sodium avec de l'eau RNase free et ne pas ajuster le pH (au moins pas besoin d'un gros volume necessaire pour immerger la sonde mais le PH est supérieur à 7) ou vaut-il mieux preparer l'acétate avec de l'eau PPi et ajuster le pH puis autoclaver le tout Quelle est la solution la moins pire.  [...]

Precipitation adn plasmidique

J'ai dejà essayer avec de l'ethanol absolu et acetate de sodium mais j'ai laissé precipiter 1h à temperature ambiante or j'entend des gens dire que le mieux serait de le laisser toute une nuit à -80°C.  [...] Effectivement ca n'influence pas la précipitation. Je pense que ces croyances sont basées sur le fait que lorsqu'on congèle a -20°C, on obtient une sorte de précipité visible à l'oeil nu.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR temps réel

une purification à l'acétate de sodium/ethanol devrait faire l'affaire ensuite tu resuspends dans le volume approprié en eau distillé ou en tampon TE au choix.  [...] Si tu as peur d'utiliser acetate de sodium/ethanol tu peux toujours utiliser un kit de purification PCR (plus cher), dans ces kits il y a bien souvent deux types de réactifs, les réactifs pour purification sur gel et les solution pour une purification en tube pcr sans passer par gel, ces kits utilisent des membranes sur colonnes que tu élue au final avec l'éluant de ton choix.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction adn phénol/chloroforme

le phenol debarrasse des proteines, le chloropphorme des lipides et l'ethanol permet de precipiter l'ADN (en presence de sels et a froid).  [...] a quoi servent le Xgal, le bromure d'ethidium, le phénol, le chloroforme,l'acétate de sodium et l'éthanol dans le clonage moléculaire.  [...]

Besoin d'un protocole

Je sais bien aussi qu'il serait plus facile de travailler depuis des feuilles mais malheureusement ce n'est pas moi qui decide. Apparement pour les etudes de biodiversite genetique c'est mieux car dans les samaras il y a le patrimoine maternel.   [...] Juste pour tenir informés que en fait, le CTAB protocole est bien adapté pour extraire l'ADN végétal (ici des frênes) mais que pour du matériel mort, il faut juste laisser une longue phase isopropanol. En fait au lieu de tout de suite centrifuguer l'isopropanol.   [...]

[Biologie Moléculaire] precipitation de petites quantités d'ADN

J'ai essayé de précipiter Sodium acetate/cold EtOH 100% ON mais j'ai perdu beaucoup trop de matériel après la première précipitation et après la seconde je n'avais pas assez de matériel pour faire ma librarie.  [...] tu peux peut-être utiliser du glycogène que tu rajoutes à ton ADN, il sera co-précipité par l'AcNa/EtOH et du coup l'ADN sera plus facile a récupérer.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction acides nucléiques totaux

Merci, je reflechi à la méthode phenol clhoroforme. Tu sais à quel étape sont séparés les ADN de l' ARN Est-ce au moment de l'ajout de l'acetate de sodium.  [...] Pourquoi avez vous besoin des ADN et ARN pour cette qPCR la présence de pathogènes est détectée par une modification de l'expression de certains gènes ou bien ce pathogène modifie la séquence d'ADN de l'hôte.  [...]