• Forum - Pourcentage, Identité, Séquence, Démarche

[Bioinformatique] Blast et faible score

Pour commencer, je cherche à identifier la protéine en réalisant une recherche sur une base de donnée tel que PROSITE qui permet d'identifier la famille de protéine de ma séquence Y.  [...] Mon soucis est que ce passe t'il si les résultats de mon BLAST ne donne que des scores et pourcentage d'identité de séquence faible Quelles autres démarche puis je entreprendre afin d'en savoir davantage sur ma séquence Y.  [...]

[Biologie Moléculaire] question de qPCR pratique avec exemple

Le pourcentage de GC n'a rien à voir avec la spécificité, il sert à obtenir un Tm élevé. En effet, tu peux avoir 2 séquences proches (gènes orthologues) avec un fort pourcentage de GC.  [...] Pour vérifier la spécificité des amorces, il faut savoir s'il existe d'autres gènes ayant une séquence proche du tien avec BLAST et vérifier que tu n'as pas positionné ton amorce dans des zones conservées (i.e. qui présente un fort pourcentage d'identité).  [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche de gènes orthologues

En pratique, tu copies-colles la séquence de ton gène dans la case prévue à cet effet puis tu choisis la base de données de séquences (tout, seulement l'homme, seulement les plantes, etc...) avec laquelle tu veux comparer ta séquence et tu valides.  [...] On obtient une liste d'identifiant de séquence classés par degré de proximité avec la séquence initiale. Quand tu cliques dessus, tu as accès à l'alignement des 2 séquences ce qui de te permet de valider ou non s'il s'agit de gènes orthologues ou pas.  [...]

[Divers] [biologie du developpement] développement des membres

Ce que je demandais c'est quel est le pourcentage d'identité entre les séquences (Stp, je viens de me taper la journée de manips en 4 heures après le boulot, donc un peu claquée ).  [...] Chez les vertébrés, le moteur principal de ce découpage est opéré par une famille de gènes dits de segmentation, les gènes Hox. Ces gènes codent pour des facteurs de transcriptions organisés dans le génome en complexes de gènes. Ils s'expriment selon une séquence temporelle et spatiale correspondant à leur position dans les dits complexes (on parle de colinéarité temporelle et de colinéarité spatiale.  [...]

Biologie moléculaire - Stringence

Dans un milieu peu stringent, on va favoriser les hybridations non spécifiques, en plus des hybridations spécifiques bien sur... mais cela peut générer beaucoup de bruit de fond. En fait, à faible stringence, on va permettre l'hybridation des brins qui n'ont pas un pourcentage d'identité élevé donc des hybridations entre des séquences plus ou moins différentes.  [...] En augmentant la stringence du tampon ou alors en augmentant la température utilisée lors de l'hybridation, on va sélectionner les hybridations entre les séquences qui ont un fort pourcentage d'identité. En effet, ces dernières pourront réaliser des interactions hydrogènes plus fortes sur l'ensemble de l'hybridation et donc l'hybridation sera plus stable dans un tampon stringent ou à haute température.  [...]

[Génétique] Génome humain proche du rat ou de la souris?

L'homme est beaucoup plus proche du primate, mais l'ethique (ainsi que le prix et la vitesse de reproduction il faut dire) limite fortement leur utilisation. C'est pourquoi on se contente la plupart du temps, de travailler sur ces petits rongeurs.   [...] On n'a pas 90% d'homologie avec une espèce. Il y a tant de % de similitude ou d'identité entre des séquences. L'homologie signifie que les espèces proviennent d'un même ancêtre commun. Donc, on est homologue ou on ne l'est pas, mais on ne l'est pas à un pourcentage donné.  [...]

[Biologie Moléculaire] bioinformatique, intra group identity DNA sequences

sur la base de l'alignement multiple, j'aimerai savoir si il y a un programme qui calcule le pourcentage d'identité à l'intérieur du groupe et entre les groupe.  [...] mega6 offre seulement la possibilité de calculer la distance entre les groupe mais n'offre pas la possibilité pour le pourcentage d'identité.  [...]

[Biologie Cellulaire] technique de retard sur gel et immunoprécipitation de chromatine

Le retard sur gel permet de déterminer si le fragment d'ADN intéragit avec une protéine ou un complexe protéique (d'ou un retard de migration si tel est le cas). Mais ne donne aucune info sur l'identité de la protéine et de la séquence (même si pour la sequence il y a moyen de bricoler pour en savoir plus).  [...] Le ChiP permet de déterminer la séquence d'ADN avec laquelle une protéine ou complexe protéique connu intéragit. C'est de l'IP sauf que là avec l'anticorps on fait tomber une protéine (d'ou la nécessité de connaitre son identité) qui intéragit avec, entre autre, des bouts de chromatine (préalablement digéré).  [...]

[Biochimie] Identité de séquence et similarité

Pour similarité, je pense que tu veux parler de similarité de séquences. Ca signifie qu'un résidu a été substitué par un autre avec des propriétés biochimiques similaires. Exemple. Arg et Lys.  [...] Je ne vois pas de quelle autre définition tu pourrais avoir besoin Ce serait par contre mieux que tu donnes les détails de ton article. Je peux dire des âneries, mais c'est possible que tes deux prot ont 66.7% d'identité de séquences et dans le restant qui est différent, elles partagent 76.5% de similarité.  [...]

[Génétique] Caryotype

En faite, si c'est la deuxième je ne comprendrais pas l'utilité, mais la premiere me semble impossible. Je m'explique. Si la paire 1 à deux chromosomes à deux chromatides, et ils me semblent que les chromosomes d'une même paire sont identiques ( donc meme séquence nucléotidiques etc ), à quoi ça sert qu'il y ait 4 chromatides qui contiennent exactement la même information génétique dans une paire Pourquoi pas un seul chromosome à deux chromatides Une copie suffit non 3 me paraissent inutile.  [...] Un caryotype durant la métaphase serait bien représenté par cette image. http.//www.vivelessvt.com/wp-content.../caryotype.gif. Une paire de chromosomes homologues, bichromatidiens. Pourquoi y a t-il deux chromosomes a 2 chromatides alors qu'un seul chromosome à deux chromatides suffit =.   [...]