• Forum - Position, Mutation, Séquences

[Génétique] mutation

Je dois faire une liste plutot exhaustive de toutes les mutations (SNP compris) que l'on peut trouver dans différents gènes impliqués dans des cancers neuro-endocrinniens comme SdhB, SDHD, RET, MEN1, VHL, AIP et d'autres.  [...] Je suis allé sur ncbi pour SDHD et j'ai trouvé quelques SNP mais je ne sais pas comment les lire. Il faudrait que je trouve la position de la mutation dans les séquences nucléotidique et protéique, ainsi que les références biblio, les régions (introns, exons, 5'UTR, 3'UTR.  [...]

[Evolution] un questionnement "logistique" sur la théorie de l'évolution.

On peut modéliser le hasard, mais actuellement, quand on séquence un individu et qu'on trouve une mutation sur un gène, rien qu'en regardant le gène on ne peut pas dire si la mutation aura un effet, ou pas, ni quel effet, c'est pour cela qu'on fait de la mutagenèse dirigé, afin de déterminer si cet acide aminé a cette position à un role important,  [...] C'est déja impossible de savoir les conséquences d'une mutation d'un seul gène sur le métabolisme entier, alors toutes les mutation possibles sur ce memes gènes ont des consequences encore plus impossibles a déterminer juste avec la séquence génique, ajoutons a ca que nous parlons ici d'un seul gène mais qu'il faut modéliser tous le génome avec tous les rôles de toutes les protéines et toutes les modification d'affinité, avec TOUS les autres métabolites.  [...]

[Génétique] ADN avec 6 bases

Pour les capacités d'évolution,... pas sur. les combinaisons serons plus nombreuses, il faut voir si le taux de mésappariementde X et Y est élevé ou pas, mais en partant sur un taux similaires aux mésappariement observables avec ATCG il n'y a pas de raison qu'on observe un taux de mutations différent, si tu as 1000 paires de bases, (composées de ATCG ou ATCGXY) chaque position dans la séquence gardera la meme proportions de mesappariement qu'on soit en présence de deux paires de bases ou trois paires de bases, et donc la séquence complète gardera aussi son taux de mutation globale par réplication.  [...] la seule chose qui change, c'est qu'en cas re remplacement d'une base par une autre on augmenterai le nombre d'acides aminés envisageable en remplacement, car si une base pour une position donnée change, dans le cas de deux paires il y aura1 à 3 possibilités pour l'acide aminé qui sera ajouté après mutation à la place de l'ancien, dans le cas de l'organisme triple paire, il y aura 1 à 5 acide aminé possible.  [...]

[Evolution] Construction d'un arbre phylogénétique

Pour répondre à votre question, il vous manque une étape cruciale lors d'un reconstruction phylogénétique. l'alignement de séquences.  [...] L'alignement a pour principe de retrouver les positions homologues entre des séquences (c'est à une position de la séquence ancestrale transmis par ascendance commune aux séquences filles). Donc, il faut ensuite avoir un bon échantillons de séquences homologues pas trop proches (pas assez d'informations) et pas trop éloignées (alignement trop difficile) qui sera aligner puis traiter lors de la reconstruction.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mutation par insertion de plusieurs codons ?

Il nous est dit que des codons sont présents à cette position dans d'autres séquences mais absent dans la séquence considérée.  [...] Dans les séquences où ces 3 codons sont présents (AAT AGA AAT), peut-on parler de mutation par insertion Quelle est alors la conséquence.  [...]

question de synthèse

En cas de disfonctionnement de cette protéine, l'interruption du flux Cl- est responsable de l'augmentaion de viscosité du mucus. Le dysfonctionnement de la protéine provient d'une modificationde sa séquence, le plus souvent la supprésssion d'un acide aminé.  [...] La mutation du gène codant pour la protéine CTFR, porté par le chromosome 7, est responsable de la maladie. La mutation la plus fréquente est une délétion de 3 nucléotides au niveau du 10 ème exon du gène, aboutit à l'élimination de la phénylalanine en position 508.  [...]

[Génétique] Gene Sry

BSR, merci beaucoup pour les tailles, mais j'ai trouvé dans un article qu'une mutation touchant les parties FLANQUANTES() du gène SRY, il s'agit d'un changement de C en T, en position 1097 par rapport au site d'initiation de la traduction. Donc cette mutation se trouve en dehors de 5'UTR.  [...] NON, j'ai pas la référence exacte, je l'ai lu dans une thèse, mais ce que m'embete, tout au long de la discussion, ils disent si la mutation ne se trouve pas dans la boite HMG( qui se trouve dans la partie codante), il faut chercher dans la partie flanquante, est ce que cette partie peut etre la partie regulatrice,ou un intron.  [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche désespérément un logiciel !!! (Outils de Bio-informatique)

je suis à la recherche d'un logiciel de Bioinf qui me permettra de faire des carte de séquence, en y indiquant la position de genes, de primers, de sequences d'interêt en gros.  [...] Il faut que le logiciel soit capable de traiter de trés longue séquence et si possible qu'il soit gratuit.  [...]

[Evolution] Gènes communs à deux espèces

Tout serait beaucoup plus simple si on pouvait se référer à des adresses absolues le long du chromosome. on comparerait par exemple des séquences commençant à la position 138455 du chromosome 12 et s'étendant sur 500 pb. Mais comme il y a des réarrangements chromosomiques, des insertions ou délétions d'ADN non codant, etc on ne peut pas supposer que des séquences homologues se trouvent à la même adresse (d'ailleurs le chimp a une paire de chromosomes de plus que nous).  [...] les séquences sur lesquelles on travaille vont de quelques dizaines à quelques milliers de paires de bases. Il y a une complication supplémentaire. le séquençage n'est jamais parfait et il y a souvent quelques nucléotides illisibles, et parfois des erreurs de lecture, ça peut être de l'ordre de 1% justement.  [...]

sujet pour programmation bio informatique

il s'agit de faire lire deux fichiers fasta (un fichier texte, très simple, tu pourra regarder sur google si ca ne te parles pas) ces deux fichiers fasta contiennent chacun une séquence génétique, et le but du programme est d'analyser la relation entre ces deux séquences et déterminer la proximité entre ces deux séquences (insertion de portions de gène, délétions, mutations, et ressortir un score, le meilleur chemin ainsi que le tracé arrière reliant les deux séquences).  [...] Le but est de donner au programme un fichier fasta (encore) et le logiciel determine les meilleurs amorces possibles pour une ampification PCR (en fonction de taille optimale, GC pourcent, calcul de la température qu'il sera nécessaire d'utiliser pour l'hybridation, le pourcentge d'homologie entre les séquences si il s'agit d'amorces dégénérées et donc réalisées a partir de plusieurs séquences, la position de l'amorce dans le gène) et enregistrer les différentes possibilitées d'amorces et leurs caracteristiques dans un fichier.  [...]