• Forum - Plasmide, Séquence, Sites, Restriction

[Biologie Cellulaire] Enzyme de restriction

Le plasmide X2R contient dans sa séquence 2 sites de restriction BamH2 et 2 sites de restriction Sif1. J'obtiens deux fragments d'ADN après traitement du plasmide par BamH2. Cela signifie que.  [...] -quant a la sequence Ori qui est une origine permettant l'oeil de réplication, je vois pas le rapport, a moins d'avoir un schema sous les yeux de X2R (ou qu'on vous ait demandé de connaitre ce plasmide la) ces questions n'ont pas de sens je trouve.  [...]

Déchiffrage d'une carte de plasmide

Les 2 lignes au dessus du plasmide correspondent aux différents sites de restrictions (éventuellement pour cloner une séquence dans ces poly-linker).  [...] Juste avant les sites de restriction tu as bien sûr un promoteur pour initier la transcription de ta séquence (Pcmv). Les séquences Ori sont les origines de réplication du plasmide.  [...]

Sens de lecture d'un plasmide

Je tente de faire une construction à l'aide d'un programme et j'ai trouvé la séquence de mon plasmide. J'ai repéré les sites de restriction à utiliser qui seront de part et d'autre de mon gène.  [...] Seulement je me pose la question de l'orientation de mon gène. Tout d'abord comment savoir où se trouve le 5' et où se trouve le 3' du plasmide J'ai une séquence qui est numérotée de 1 à 5369. Le 5' commence toujours en 1.  [...]

PCR et clonage

on veut cloner une séquence dans un plasmide (pGEM3) coupé par 2 enzymes de restriction (enzymes utilisés pour linéariser pGEM3).mais aucun des sites qui entourent la séquence à cloner n'existe dans le site de clonage de PGEM3.  [...] 2- tu ouvres ton plasmide, soit avec une enzyme qui coupe franc, ou alors cohésive (et tu rempli le site avec la Klenow). puis tu clones directement le produit de PCR (qui est bout franc si tu as utilisé une enzyme fidele).  [...]

[Biologie Moléculaire] Programme de clonage

Par exemple, tu veux faire un cloner une séquence que tu vas amplifier par PCR avec des sites de restrictions dans les primers pour l'insérer dans le vecteur cible.  [...] - Deuxièmement, lui demande de construire ton plasmide. Tu lui donnes ta PCR avec les deux sites de restriction, et de l'autre ton plasmide cible avec tes deux sites. Et tu récupère la séquence totale de ton nouveau plasmide. Je ne m'embette plus à faire ça sur papier et à vérifier 20 fois si j'ai fais une erreur de phase ou autre en tapant mes séquences vu que tout est déja sur le mac.  [...]

Carte de restriction

Combien de sites de restriction avez-vous besoin dans le plasmide A pour générer les 2 fragments de 3000 et 500 bp avec une seule et unique enzyme de restriction.  [...] Le même exercice donnera 4 cartes avec le plasmide B. Le positionnement adéquat des 3 sites de restriction dans le plasmide B génère 4 cartes de restriction possibles dont les 3 fragments de 500, 1000 et 2000 pb permet déjà d'exclure la proposition de Naomie avec son agencement initial en 5'-2000/500/1000-3' (3 sites de restriction aux positions 1, 2000 et 2500 (ou bien aux positions 278, 2278 et 2778, comme vous voulez...)).  [...]

[Biologie Moléculaire] Problèmes: Recombinaison d'un plasmide

Lorsqu'on incorpore un gène dans un plasmide disponible dans le commerce, on aimerait insérer le moins d'ADN supplémentaire possible en plus du gène réel avec son promoteur. Parfois, cependant, il n'y a pas de séquence de restriction appropriée dans la région avant et après le gène qui peut également être trouvé dans le plasmide.  [...] fin de ta sequence-HindIII-NNNN), ceux ci désignent des bases qui peuvent éventuellement séparés les 2 sites de restriction sur ton plasmide qui ne sont pas forcément côte à côte.  [...]

PCR, template et riz anti-alzheimer

3) La découpe aux sites de restriction permet a) de récupérer le gène AB d'intérêt et b) de l'insérer dans les mêmes sites de restriction sur le plasmide commercial.  [...] 3) les sites de restriction permettent en effet que les extrémités de tes morceaux soient cohésives. Donc on peut extraire un fragment entre certains sites, et si on choisit bien son plasmide receveur, l'insérer de facon orientée.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mutagénèse dirigée qui ne fonctionne pas

Voilà, j'ai un plasmide de 10Kb dans lequel je souhaite insérer 3 nucléotides à un endroit bien particulier pour créer un site de restriction. Une fois ce site de restriction présent j'insèrerai mon tag Flag. L'un des points limitant c'est que je souhaite insérer flag dans une boucle extracellulaire courte de ma protéine finale.  [...] 3) Si mes primers les plus extrèmes contenant les sites de restriction uniques du plasmide ont leur séquence commençant directement par ces sites de restriction uniques, y a t-il trop de risques qu'ils soient modifiés (et donc que je perde mes sites de restriction) par une enzyme qui perdrait de sa fidélité justement là où je veux pas.  [...]

PCR problème de poids moléculaire

Alors voilà j'ai reçu un plasmide d'un collaborateur contenant une séquence qui m'intéresse. Je dois récupérer cette séquence pour la sous-cloner dans un autre vecteur. J'ai donc designé 2 primers contenant le début ou la fin de ma séquence + un site de restriction enzymatique.  [...] alors ce ne sont pas des problèmes de migration ou d'agarose j'ai vérifié... J'ai pensé à la complémentarité mais quand je séquence le plasmide de départ avec les primers utilisés pour ma PCR je retrouve la séquence attendue, ce qui veut dire qu'ils s'hybrident au bon endroit.  [...]