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[Biochimie] Réparation de l'ADN

J'ai une question sur la différence entre. l'hydrolyse d'un phosphate d'une chaîne ADN dans le sens 5' - 3' et l'hydrolyse d'un phosphate d'une chaîne d'ADN dans le sens 3' - 5'.  [...] Donc voilà en gros je ne comprends pas pourquoi dans un sens plusieurs hydrolyses des phosphates sont possibles alors que dans l'autre une seule (je rappelle qu'on utilise des dNTP donc hydrolyse d'un seul phosphate avec libération de 2 Pi).  [...]

[Biologie Cellulaire] mitose et et duplication

En gros dans le noyau tu as un simple brin qui va se dé condenser sous l'effet de phosphorylations et parallèlement des enzymes nécessaire à la réplication vont être activées. Du coup il va y avoir fabrication d'un brin complémentaire au simple brin et tu aura un ADN double brin.  [...] L'élongation, c'est le moment où l'ADN polymérase va se fixer sur chaque brin de l'ADN et qui va fixer les nucléotides complémentaire (dans le sens 5' Phosphate vers 3' OH).  [...]

Sens d'orientation des brins de l'ADN

Alors, oui, le brin codant est toujours orienté 5' =. 3', à cause des ARN polymérases. Ces enzymes ne sont capables de rajouter des nucléotides qu'en 3', du coups, pas le choix, elles avancent vers l'extrémité 3' de l'ADN. Et je ne crois pas qu'il y ai d'exceptions (cela serai bien la première fois), c'est à dire d'ARN pol capable de synthèse vers le sens 5'.  [...] Au niveau biochimique (ou chimique pure), le sens de réplication/transcription est toujours de 5' vers 3' car un nucléotide n'est pas symétrique (phosphate-sucre-base). C'est donc une contrainte biochimique qui déterminerai le sens de l'ADN.  [...]

Réplication et transcription de l'ADN

Le processus de réplication entraîne la formation d'un brin complémentaire antisens qui ne sera pas lu de la même manière que le brin matrice. En gros, il faut toujours garder l'original et la copie pour pouvoir reproduire l'information et l'exploiter. Par ailleurs, il faut bien avoir conscience que ce que l'on appelle brin transcrit et brin non transcrit est un abus de langage car en fait le sens de transcription des gènes varie selon les gènes (certains sur un brin, d'autres sur l'autre).  [...] Pour le 5'-3', cela tient à la chimie des acides nucléiques 5'-3' correspond à 5'phosphate-3'OH. L'ADN polymerase attaque le 3'OH libre pour y ajouter le nouvel acide nucléique en hydrolysant ses liaisons 5' triphosphate (P-5-'A-3'HO + p-p-p-5'-B-3'OH). Faites vous un petit dessin, vous comprendrez vite que cela ne fonctionne que dans un seul sens.  [...]

[Génétique] sillons de l'ADN

Pour comprendre pourquoi il y a un petit et un grand sillon sur la double hélice d'ADN, une petite réponse en image. Les bases azotées d'un des deux brins de la double hélice sont reliées entre elles par une chaîne sucre-phosphate (qu'on ne voit pas sur cette image) entre le 5'OH et le 3' phosphate des nucléotides.  [...] Imaginez des G/C comme sur l'image empilés et tournant environ un dixième de tour à chaque pas en reliant les flèches d'une même couleur entre elles par 2 chaînes sucre phosphate. L'espace entre les chaînes sera plus fin d'un côté.  [...]

[Microbiologie] pourquoi 5' ====> 3' ???? et jamais le contraire

Les nucléotides qui constituent l'ADN peuvent se lier les uns aux autres par leur sucre (désoxyribose) et leur groupement phosphate.  [...] l'extrémité de la chaîne avec un phosphate libre (à gauche sur l'image) est appelée extrémité 5' (le phosphate est relié au carbone 5' du sucre) alors que l'autre extrémité de la chaîne est appelée extrémité 3' (le carbone 3' du désoxyribose est libre).  [...]

[Biochimie] ADN: pKa du groupement phosphate, acidité etc.

Deuxième question.On dit dans mon cours de bioch que le phosphate impliqué dans un acide nucléique a deux pKa. un à 2 et un à 7 (un pour chaque fonction acide), puisque le pH physiologique est égal à 7 (J'arrondis les pH comme mon prof le fait dans mon cours), le premier groupe OH va s'ioniser en laissant partir son H+ et donc devenir une base conjuguée, le deuxième OH a un pKa= au pH, dans ce cas il devrait y avoir autant de forme basique qu'acide.  [...] Deuxième question. N'oublie pas que dans l'ADN deux fonction -OH du phosphate font une liaison ester (neutre) avec les sucres. Donc au final on a qu'une seul charge négative dans notre polynucléotide sauf au niveau des extrémités ou on a deux charges négatives.  [...]

[Biochimie] bioénergétique

La réaction réversible d'isomérisation du glucose-6-phosphate en frustose-6-phosphate est catalysée par la phosphohexose isomérase. Lorsque la réation est étudiée dans le sens de la formation de glucose-6-phosphate, la variation d'énergie libre standard est égale à -1.  [...] Quand G. 0, la réaction n'est pas spontanée (favorisée) donc on ne va pas dans le sens de la formation de G6P. On va donc dans le sens de formation du F6P. C'est donc la glycolyse.  [...]

[Biologie Moléculaire] Les ions bivalents

Les ions Mg++ ont plusieurs rôles. l'un étant de stabiliser les acides nucléiques qui sont très négatifs. En effet les nombreuses charges négatives (une par groupement phosphate il me semble) se repoussent et déstabilisent l'ADN et l'ARN. Du coup le Mg++ étant positif, il y a un effet compensatoire.  [...] lun des deux ions métalliques est en interaction avec l'oxygène du groupement oh 3 libre de la chaine du polynucléotide ce qui diminue laffinité de l'oxygène pr sn hydrogène cette interaction favorise l'attaque nucléophile du 3'o sur latome de phosphore de lalpha phosphate du nucléotide entrant le second ion métallique facilite le départ du produit de réaction le groupement phosphate du nucléotide entrant.  [...]

Enzyme de restriction

Ta réponse n'est pas bonne. L'amorce est le 3'OH crée par la coupure, l'ADN pol va pouvoir recopier les quelques nucléotides qui sortent. MAIS l'ADN pol n'est capable de synthétiser l'ADN QUE de 3'-. 5'. Autrement dit elle ne peut amorcer la réaction qu'a partir d'un 3'OH et pas d'un 5' phosphate.  [...] MAIS l'ADN pol n'est capable de synthétiser l'ADN QUE de 3'-. 5'. Autrement dit elle ne peut amorcer la réaction qu'a partir d'un 3'OH et pas d'un 5' phosphate.  [...]