• Forum - Phase, Cadre, Lecture

[Biologie Moléculaire] Petite question sur la terminaison de la traduction

Cette mutation peut survenir peu avant le codon stop dans la phase codante et donc décaler le cadre de lecture de sorte qu'on ne rencontre plus le codon stop et qu'il ne reste plus beaucoup à polymériser dans la 3' UTR ensuite.  [...] en revanche une délétion ou une insertion modifierons le cadre de lecture et impacterons le codon stop, mais la encore peut etre que ce nouveau cadre laissera découvrir de nouveaux codons stop derrière comme un. AA A UAG A UG A AA AAA.  [...]

[Biologie Moléculaire] Gènes et protéines

C'est une définition qui, pour moi en tout cas, englobe tout le reste. on a la structure d'un gène ( = partie du génome, que ce dernier soit ADN ou ARN), on a sa fonction ( = il est transcrit en un ARN). Je la trouve juste (sans pour autant dire il n'y a que celle-là, les aut' c'est de la m*rd* ) parce qu'on peut l'éteindre à tous les organismes.   [...] Ce n'est pas vrai, il y a chez les procaryotes un mecanisme qui s'appelle le decallage de phase (slippage en anglais), et qui engendre a partir d'un gene 2 proteines grace a un glissement de l'ARN pol ou du ribosome (decallage d'une ou plusieurs bases en cours de lecture, et du coup le cadre de lecture se retrouve change).  [...]

[Biologie Cellulaire] Fusion transcriptionnelle et traductionnelle

Donc cette fusion nécessite d'enlever le codon stop du premier gène et elle doit se faire en phase pour ne pas décaler le cadre de lecture à partir du deuxième gène.  [...] Plus le promoteur sera actif dans la cellule plus le gène rapporteur sera transcrit plus il y aura la protéine codée par le gène rapporteur. Pour une quantification on n'utilise pas la GFP mais quelque chose comme la bêta glucuronidase par exemple, j'ai oublié la réaction mais plus tu auras de bêta glucuronidase plus tu auras un précipité bleu que tu pourras doser, renseignant sur l'activité initiale du promoteur de ton gène d'intérêt. c'est la fusion transcriptionnelle.   [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF?

Tout cela pour dire que la notion de séquence codante ne se superpose pas parfaitement avec la notion de cadre de lecture.  [...] Pareil pour Piwi, dans ton exemple ce n'est pas vrai, on a toujours trois cadres de lecture possibles, meme si le deuxieme commence par un stop c'est un cadre de lecture possible, il commence juste apres le codon stop...non seulement on a 3 cadres de lecture possible, mais en plus on a aussi 3 ORF potentielles (on en a meme 6 si on considere le brin revese qui est ouvert dans les 3 phases lui aussi).  [...]

[Biologie Moléculaire] Site de restriction

Je vais cloner un gène dans un vecteur (pET21a et pGEX 4-T-2) et je vais ajouter des sites de restrictions dans mes primers avant de lancer la PCR. Quels procédures peut-on suivre pour faire introduire des sites de restrictions dans les séquences de nos oligonucléotides dans le but d'une expression dans Ecoli par exemple le sens de lecture du vecteur/lecture en phase, présence de ces enzymes dans polylinker, enzymes ne coupent notre gène.  [...] pour le reste tout dépend si tu clones une CDS avec son propre codon ATG ou sans. Dans le premier cas le cadre de lecture n'a pas d'importance, dans le second il faut t'assurer que ta CDS sera en phase avec le codon ATG présent dans le plasmide.  [...]

[Biologie Moléculaire] Lecture sequence ADN et codon initiateur

Le codon initiateur et le codon stop doivent bien être en phase avec le cadre de lecture. C'est à dire qu'il ne suffit pas de lire la séquence brut et de rechercher un ATG ou un STOP, il faut aussi connaitre le cadre de lecture.  [...] En revanche, l'inverse peut être exploité. Si vous savez que votre protéine débute ou se termine dans une région précise. Si vous ne voyez qu'un ATG ou un STOP là dedans alors il y a fort à parier que ce soit les codons pertinants et vous avez votre cadre de lecture.  [...]

cadres de lecture et codon start

Le changement de cadre de lecture peut avoir lieu au cours de la traduction, par repositionnement du ribosome (frameshift). Celui-ci peut glisser d'une base en amont ou en aval au niveau d'une séquence répétée (-. pas de problème d'appariement) ou bien lorsqu'il bute sur une structure secondaire de l'ARN (tige-boucle).  [...] Normalement (dans 95% des cas), la traduction s'arrête au codon stop de gag, et l'ORF pol n'est pas traduite. Mais il arrive qu'un glissement du ribosome change le cadre de lecture (passe de celui de gag à celui de pol). le ribosome ne lit donc plus le codon stop, et continue à traduire jusqu'à la fin de pol.  [...]

[Biologie Moléculaire] traduction et mutation

1) indiquez les acides aminés codés à partir de la séquence d'ARNm indiquée ci dessous dans les trois cadres de lecture de cette séquence. Si ou vous disait que ce segment est situé au milieu de l'ARNm qui code pour une grande proteine,sauriez vous quel cadre de lecture est utilisé réelement comment 5' AGUCUAGGCACUGA 3'.  [...] Si vous choisissez ce cadre de lecture, le prochain codon est un codon stop. Que se passe t'il avec un codon stop Cela est il valide avec l'énoncé.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage orienté, design d'amorces

3) En introduisant les sites de restrictions dans mes amorces, cela peut engendrer un décalage du cadre de lecture... Comment le vérifier (j'ai essayé des logiciels comme Geneious & Co... mais ne maitrisant pas ces logiciels j'ai perdu plus de temps qu'autre chose ).  [...] pour pGEX 5X 1, après la GST tu as le site de cleavage avec le facteur Xa et après avant le stop BamHI... XhoI... NotI. il faut donc cloner ton géné d'intérêt avec ou sans l'atg de départ (ça ne change rien) entre ces enzymes et avec ou sans stop puisque de toutes façons il reste un stop derrière. Bien vérifier que tout est en phase.  [...]

PCR et ORF deux question

et j'aimerai ensuite savoir pourquoi il n'y a que 6 phase de lecture dans ORF (phase de lecture ouverte ) je sais qu'on commence par la premiere base puis la deuxieme puis la troisieme pour chaque brin ce qui fait 6 phase de lectures mais pourquoi n'en fait on pas plus 7 8 9 etc.  [...] Seconde question. parce les codons sont codés sur 3 bases que pour une phase 7 comme vous dites, on reviendrait dans la phase de lecture 1.  [...]