• Forum - Niveau, Amorces, Séquence

[Biologie Moléculaire] Arrêt de la fourche de réplication chez coli

Tu dois trouver un moyen c'est à dire un moyen qui existe déja o en trouver un nouveau et avoir un prix nobel Je suis pas expert mais je vois à peu près comment marche le complexe de duplication. Tu dois pouvoir jouer à plusieurs niveaux. Au niveau de l'ARNpol qui produit des amorces prolongées par les ADNpol (quoique le brin précoce ne serait pas trop affecté ou alors indirectement).  [...] Pour la spécificité la seule solution c'est reconnaissance d'une séquence particulière avec une amorces complémentaires qui se fixerait au simple brin après l'hélicase et avant l'ADNpol, c'est à dire au niveau de la flèche (photo en pièce jointe). Le problème c'est si tu le fait in vivo ça risque d'être difficile d' injecter mass amorces sans nuire à la bactérie.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design primers pour PCR sur cDNA

Ensuite, je prévois de faire des PCR sur les cDNA obtenus. Pour ces PCR, j'ai designé des amorces spécifiques, sur les régions UTR et au niveau des jonctions exon/exon. En fait je souhaiterais être sûre que ces amorces conviendront, avant de les commander.  [...] Ma question étant, logiquement un cDNA c'est simple brin, est-ce que ça change quelque chose au niveau des amorces Ou dois-je toujours faire une forward correspondant à la séquence du cDNA et une reverse complémentaire de la séquence du cDNA.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage d'un gène

Sur le lien ci contre on peut voir qu'il faut des amorces connues pour trouver la séquence d'un gène inconnu. http.//www.snv.jussieu.fr/vie/dossie...e/sequence.htm.  [...] En fait ta réponse est un peu dans ta question ^^. On connaît la séquence des amorces car c'est le chercheur lui-même qui créer ses amorces qu'il va par la suite fixer à la séquence inconnue du gène.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design de sonde Taqman à partir d'une sonde FISH

Ma suggestion était de prendre la séquence de la sonde FISH, faire des blast et ressortir les séquences des régions 16S des bacteroides ssp., faire des alignements de séquences et ressortir une séquence consensus. A partir de cette séquence consensus, je pourrai designer la sonde Taqman et les amorces, mais il ne veut pas cette suggestion.  [...] Quoi qu'il arrive il te faut des amorces de part et d'autre de la sonde pour la qPCR. Réutiliser la séquence de la sonde FISH pour une qPCR en Taqman, c'est une bonne idée, d'autant qu'elle est publiée. Donc oui il te faut faire un blast et aligner les séquences spp.  [...]

Utilité de la PCR en médecine ?

Si on veut savoir si cet individu est porteur d'un virus du sang, on va utiliser des amorces spécifiques d'une séquence du virus en question, et la PCR amplifiera cette séquence et cette séquence seulement, au détriment de tout le reste de l'ADN, qui était beaucoup plus abondant au départ (puisque le génome humain est beaucoup plus long que celui du virus).  [...] Alors non, tu n'es pas obligé de connaître la séquence de la mutation que tu recherches, car tu peux choisir des amorces qui encadrent le locus de la mutation. Tu amplifies, tu séquences et tu regardes ensuite si la séquence est anormale, et si oui quelle est la nature de la mutation.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage

Sinon ca vient peu être de tes amorces qui font des hairpines ou s'hybrident entre elles mais sans la séquence je peux pas de tire.  [...] Amplifie un fragment plus grand contenant cette séquence (si possible avec des amorces publiées), isole ton grand produit de PCR et fait une PCR nichées avec tes amorces d'intérêt dessus.  [...]

soutern, PCR, banque genomique

je ne suis pas sur de bien répondre à cette question, mais on peut utiliser des amorces universelles dans la PCR, si je me souviens bien, donc il n'y a pas forcément besoin de connaitre la séquence.  [...] Si tu parles d'amorces dégénérées (le tube contient plusieurs amorces, qui varie en une ou plusieurs positions), tu risques d'amplifier des séquences non spécifiquement. Je ne connais pas d'amorces absolument universelles (amplification de toutes les séquences d'ADN).  [...]

Casse tête de PCR

J'ai réalisé un alignement entre la séquence du plasmide et les amorces (PromoterWise) il n'y a rien qui expliquerai des hybridations non spécifiques et encore moins c'est taille la d'amplicons.  [...] Voila ou j'en suis je précise que j'ai linéarisé mon plasmide sur gel et purifié la bande pour tenter de résoudre le problème sans résultat. J'ai aussi essayé une première fois avec des amorces simples (sans bras d'homologie 29pb) j'ai eu ces bandes non spécifiques mais également mon plasmide amplifié alors que l'emploi de Méga amorces (amorces simples + 50pb homologues a la séquence a insérer) n'a donné que de l'amplification non spécifique.  [...]

[Génétique] amorces PCR

je sais qu'il y a 2 amorces qui s'hybrident sur la séquence (une sur le brin sens l'autre sur le brin antisens) mais lorsque on me donne une longue seq d'un gene (500 bases) je ne sais pas où je dois regarder pour placer les amorces ni comment faire pour connaitre la seq des amorces.  [...] Si c'est pour de l'identification, il faut que la séquence des tes amorces soient spécifiques. Mais c'est vraisemblablement pas le cas ici, vu que t'as qu'une séquence.  [...]

obtension d'une séquence consensus..comment?

Ce résultat est tout à fait normal, une séquence consensus est par définition la plus proche possible de toutes les séquences de ton alignement. Comme tu as un nombre pair de séquences, il est donc logique de trouver des positions avec 50% C et 50% de T, impossible alors pour le programme de trancher, d'où le point.  [...] Merci bien TanguyE, en fait ma séquence consensus qui fait 1277pb contient 15 positions à 50/50 éparpillées un peu partout. Mais ce n'est pas grave, je désignerai des amorces dégénérées comme tu m'as proposé.  [...]