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[Biochimie] séquençage d'une proteine

Si tu veux séquencer entiérement ta protéine (disons qu'elle n'apparait pas dans ta base de données). Tu peux utiliser la méthode D'Edman, analyser plus de fragments ou utiliser plus d'endoprotéases.  [...] Ensuite, il est possible de séquencer ta protéine de façon séquentielle grâce à la méthode d'Edman que j'ai citée avant. Cette méthode va dégrader ta protéine acide aminé par acide aminé. Le produit de la dégradation est analysé et tu peux ainsi déterminer ta séquence d'acides aminés.  [...]

[Biochimie] Conformation préférentielle des acides aminés ??

Donc si j'ai bien compris c'est une méthode empirique pour déterminer des éléments de structures secondaires connaissant la séquence d'un peptide ou d'une protéine.  [...] Pour cela ils ont tout d'abord analyser des structures 3D de protéines déterminer par cristallographie des rayons X. Ces structures sont stockées sur une banque de données la PDB (Protein Data Bank). Ils ont observés (analyse statistique) que certaines séquences en acides aminés allaient données préferentiellement des Helices alpha, des brins/feuillets béta ou des coudes.  [...]

[Biologie Moléculaire] D'une protéine à un gène à une protéine

Je sais qu'il est aisé de déterminer la structure primaire d'un protéine (et donc d'un anticorps) et de procéder à une reverse-translation d'une telle séquence d'acide aminés en une hypothétique séquence nucléique. Mais cela peut-il être juste ainsi.  [...] En revanche, il est possible de synthétiser l'ADN correspondant à la protéine séquencée. Cela s'appelle la méthode des gènes synthétiques. Il suffit de prendre des amorces recouvrant toute la séquence voulue. Les amorces sens et anti-sens s'hybrident en partie sur toute la séquence d'intérêt, on met une Taq sans activité 5'-3' exonucléase qui va combler les espaces.  [...]

[Biochimie] Empreinte à la DNase+ TAMOXIFENE

Si on place une protéine dans le milieu avant digestion et que celle-ci se fixe sur une séquence d'ADN, on observera disparition de certaines bandes. comme l'ADN n'est marqué qu'aux extrémités, on peut savoir grossièrement où la protéine s'est fixée.  [...] Cette méthode permet de démontrer qu'une protéine X se fixe à une séquence approximative Y de l'ADN, mais ne permet pas de dire si Y est enhancer, silencer ou quoi que ce soit d'autre.  [...]

[Biochimie] Format pdb

il va d'abord falloir résoudre un problème trivial. Trouvez la structure de cette protéine a partir de sa séquence primaire. je vous suggère deux pistes. les methodes ab initio ou par les méthode par homologie.  [...] Les méthodes de prédiction de structure portent bien leur nom. Ce sont des prédictions, généralement aussi fiables que l'oracle de delphes en plein délire hallucinatoire (j'exagère volontairement). Si une protéine dont la structure a été résolue expérimentalement se trouve aussi avoir une forte identité de séquence (.  [...]

[Biotechnologie] Global Analysis of Protein Activities using proteome chips

Ils purifient ensuite la protéine d'intérêt (grâce à la séquence GST). Sur les 1152 protéines différentes produites en même temps par cette méthode, ils en sélectionne aléatoirement 60 pour les tester par WB (afin de vérifier l'expression de la protéine d'intérêt).  [...] Oui. ils savent quelle clone correspond à chaque spot, donc quelle était la protéine correspondante, donc la séquence génomique codant pour la protéine. Mais ce n'est pas en soit une façon de séquencer des protéines.  [...]

[Biochimie] Séquencage d'Edman

Et pourtant, il y a une grande masse d'information sur ce séquençage... Tu peux regarder ceci. http.//ead.univ-angers.fr/~jaspard/P.../1DegEdman.htm.  [...] De ce que je me souviens c'est une méthode qui sert à déterminer la séquence en AA d'une protéine. Dans un milieu contenant le peptide et du PITC (phénylisothiocyanate) on ajoute du PTH (phenylthiohydantoïne).  [...]

[Biologie Moléculaire] Déterminer le gène codant pour une protéine

J'ai pris l'habitude pour chaque cours, quand c'est possible, de me demander ce que je ferai si j'étais en labo de recherche et que je devais étudier le mécanisme présenté dans le cours. Ce matin j'étudiais les transporteurs protéiques de la membrane plasmique, je me demandais si il y a des méthodes d'études spécifiques, j'ai fais quelques recherches mais je n'ai rien trouvé de satisfaisant.  [...] Alors je me suis dis que j'analyserai le transporteur comme n'importe quel protéines (western blot etc). Mais je me demandais comment déterminer la séquence d'acides nucléique codant pour une protéine je me doute qu'il faut déterminer l'enchainement d'AA avec la méthode de sanger par exemple, mais je ne saurai quoi faire après.  [...]

tripeptides?gene et ARN?

Oui car c'est le gène qui a codé pour la protéine et donc la séquence nucléotidique du gène est caractéristique de la protéine, donc il y acomplémentarité avec l'autre brin.  [...] Et j'ajouterais que c'est aussi ça la science. utiliser un vocabulaire précis qui permet de dévelloper ta méthode et ton esprit scientifique. Je pense en fait que c'est ce genre d'éxo qui te fais le mieux jouer sur les différentes notions. Tu jongles avec les protéines, les aa, les bases azotés, et tu te rends compte que la séquence brute (extraite de l'ARN) d'une protéine, et la séquence d'ARN qui code pour la protéine, ce n'est pas nescessairement la même chose.  [...]

Les bases constituant les protéines

Je vais quand même t'en parler car si tu es un génie, je ne veux pas louper ça. Le séquençage des protéines se fait maintenant par spectrométrie de masse, c'est la meilleure méthode. Avant le séquençage se faisait selon la méthode chimique d'Edman, si tu veux en savoir plus, je t'invite à aller questionner Google.  [...] Il est important de noter que la psectro de masse permet d'obtenir une masse d'un peptide obtenu generalement par digestion trypsique. Par deduction on en conclu la sequence. Il me semble que pour une proteine totalement inconnue la degardation d'Edman reste la seule methode.  [...]