• Forum - Méthode, ADN, Parasites

[Biologie Moléculaire] Meilleure technique d'extraction ?

Tu travailles sur du sang total Ou tu as des échantillons déjà pré-traités Comment fais-tu tes amplifications de l'ADN génomique Et quel ADN génomique t'intéresse. celui du patient ou celui des pathogènes.  [...] Je serais très intéréssée par ta méthode de déplétion des ADN génomique. J'ai besoin de cette technique afin de pouvoir faire du séquençage seulement sur des pathogénes sans avoir des séquences parasites ADN génomique.  [...]

[Biochimie] (licence/master) Question sur la pcr pour un rapport de stage, merci

Dans mon stage, on a utilisé la méthode de la PCR multiplex à temps réel. On veut effectué une prévalence sur 471 échantillons de bovins. Utilisation de la PCR-RAPD n'est pas adaptée, car il faut une étude au préalable sure de l'ADN pur des parasites et des différentes races de bovins étudiées pour les différencier ensuite.  [...] La PCR-RFLT est une méthode assez longue et il faut aussi une étude au préalable sur de l'ADN pur des différents parasites. Elle est aussi très spécifique, on pourrait avoir trop de variation et une difficulté interprétation.  [...]

applications de la PCR

Mais en provoquer, non je ne vois pas. Etant donné que la PCR sert à amplifier un fragment d'ADN, il s'agit simplement d'obtenir à la fin une quantité beaucoup plus grande de l'ADN initial, donc par définition (et en dehors des amplifications parasites et des contaminations), on aura exactement le même ADN qu'au départ.  [...] Note. la première méthode est ciblée car on sait à l'avance où se trouve la mutation (car on a générer les amorces à PCR soi-même), la 2ème est dirigéé mais l'on ne sait pas où se trouve la/les mutations, elle nécessite un screen fonctionnel.  [...]

Utilité de la PCR en médecine ?

La PCR permet d'amplifier certaines séquences bien précises. Si par exemple on prélève du sang à quelqu'un et qu'on en extrait l'ADN, cet ADN appartient potentiellement à plusieurs individus. l'humain qu'on a prélevé ainsi que des parasites éventuels circulant dans son sang.  [...] Dans ce cas, à quoi sert concrètement le séquençage par la suite (Méthode de Sanger notamment) Si on connaît déjà la séquence de la mutation lors de la PCR, quel interet de rechercher cette séquence à l'aide des didésoxynucléosides et tout le reste.  [...]

biokinergie - Page 4

Une difficulté qu'on rencontre aussi à mon avis dans ce genre d'étude est celle déliminer les parasites de l'interaction patient/médecin (si un médecin croît plus dans une méthode testée, ça risque de se ressentir, même s'il essaye de rester neutre).  [...] Il y a effectivement beaucoup de protocoles mal ficelés, mais comme je l'ai dit, on trouve des études qui présentent des témoins ou au moins font des comparaisons entre plusieurs méthodes, et certaines essaient de prendre en compte la croyance en la méthode utilisée.  [...]

Un exemple, un seul ? - Page 4

Proies / prédateurs. Ce point est intéressant. On constate, à postériori au regard de notre minuscule présence temporelle dans le grand schéma évolutif, que beaucoup d'animaux, insectes, etc... ont développé des parades contre les prédateurs. Entre les points sur les ailes des papillons pour faire croire à un visage ou aux fabuleuses méthodes de camouflage des poulpes, on ne peut qu'être émerveillés.  [...] Pour ce qui est des parasites / hôtes, des études ont démontré qu'il arrivait qu'un hôte finisse par mélanger son ADN avec celui de son parasite.  [...]

Bioinformatique et nettoyage de séquences

j'ai besoin de vos lumières en bioinformatique concernant le nettoyage de séquences Illumina (fichier Fastq). En effet, j'ai une séquence qui devrait être propre malheureusement, il reste plein d'adn parasites (adn ribosomal entre autre, etc...) J'ai déjà fait un cutadapt pour supprimer mes adaptateurs, mais je me demandais quel outil peut-on utiliser pour supprimer les séquences indésirables.  [...] Je connais SortMeRNA pour les ARNr... et comme tu l'as dit Cutadapt pour les adaptateurs.   [...]

[Biologie Cellulaire] Parasite ?

Les parasites vont des virus aux vertébrés (les poisssons rémoras par exemple) en passant par des bactéries, des protozoaires, des métazoaires invertébrés, sans compter les plantes évoquées par Poulpy_K.  [...] Pour moi (et pour quelques autres) les virus sont vivants et sont bien des parasites, et du coup ils n'ont pas toujours d'ADN. Mais si par parasites cellulaires on entend un organisme formé de cellules (donc excluant les virus) alors oui, tous les parasites de cette sorte ont un génome constitué d'ADN.  [...]

[Biologie Cellulaire] enzyme de restriction

Sauf que l'ADN génomique que tu fragmentes n'est pas constitué d'ORF à 100%, bien au contraire... Donc, pour que j'aie la séquence codante d'un gène qui m'intéresse je fais une PCR. les amplicons résultants seront des séquences codantes sans parasites non codants.  [...] Avec la Levure, tu peux cloner directement à partir de 'ADN génomique parce que dans son cas il y a 76% du génome qui est codant... contre 1 à 2% pour les Mammifères.  [...]

[Biologie Cellulaire] auraient on identifier toute les organites cellulaires de tous les êtres vivants?

parce que avec les méthodes classiques de détection de ces organites on a toujours la question de est ce que la méthode de marquage n'a pas endommagé quelques chose dans la cellule à analyser cette question qui ce pose toujours depuis l'aube de la biologie.  [...] ne parlons pas du neurone humains, ça serait trop important pour qu'on l'oublie...qu'y a-t-il à propos des cellules germinales des plantes à propos des cellules somatique de ces même plantes à propos des protozoaires parasites par exemple a t on découvert une méthode pour provoquer une brèche sur le protozoaire parasite à fin de faire pénétré des antibiotiques.  [...]