• Forum - Logiciel, Alignement, Séquences

[Evolution] [Proteomique] Logiciel d'alignement de sequences proteiques

Je suis a la recherche d'un logiciel type Clustal pour realiser des alignements de sequences d'acides amines dans le but de tracer des arbres evolutifs. Malheureusement les sequences que je possede sont en txt et pas en FASTA ou autre.  [...] Dans le pire des cas, tu peux toi-même transformer tes séquences en Fasta, il suffit pour cela d'ajouter sur la première ligne le signe. suivi de ce que tu veux et ta séquences doit débuter sur la ligne suivante.  [...]

Logiciel en biologie

Comme logiciel d'alignement de séquences nucléotidiques il y a matcher qui est vraiment bien je trouve. Il est sur le site de l'Institut Pasteur.  [...] Pour les alignements de séquences je te conseille quand même soit clustalw pour les alignements multiples soit align pour les aligments par paire (deux séquences).  [...]

[Divers] Bioinformatique

En rentrant les séquences ainsi, un logiciel (par exemple d'alignement de séquences) pourra distinguer les différentes séquences et les aligner.  [...] Le terme multi-FASTA n'est pas très employé, puisque vu la simplicité du format la majorité des logiciels sont multi-FASTA.  [...]

[Biologie Moléculaire] Logiciel needleman & wunch

[Biologie Moléculaire] Logiciel needleman & wunch.  [...] Je suis en train de travailler sur le logiciel needleman et wunch. logiciel d'alignement de séquences. aprés avoir établie ma matrice, fait le chemin inverse j'arrive pas du tout et je sais pas comment, déduire l'alignement. svp aidez moi.  [...]

[Biologie Moléculaire] Kalign

Voilà mon problème, je n'utilise plus le logiciel d'alignement de séquences Kalign depuis quelques temps et je ne me souviens plus comment on fait. J'ai une dizaine de séquence sous format fasta que je voudrais aligner mais quand je les rentre dans le programme d'alignement de séquences protéiques il m'affiche ce message d'erreur.  [...] Je ne connais pas Kalign en particulier, mais il doit réagir à peu près comme les autres. Vérifie que tu as bien ton signe. devant les noms de tes séquences, qu'il n'y a pas d'espaces inutiles (parfois, ce type de programmes ne les aime pas trop et te sortent un message d'erreur).  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquencer un long fragment d'ADN

Avec un logiciel d'alignement de séquence (matcher de l'institut pasteur par exemple), tu peux retrouver la zone de chevauchement (les deux séquences s'aligne à un endroit particulier). Il ne te reste plus qu'à effacer sur une des deux séquences la partie commune et à accoler les deux séquences.  [...] je te conseil d'allez directement sur le logiciel blast 2 sequence du NCBI. Tu aura juste à rentrer tes deux séquences sans rien faire d'autre. Et il te dira si sa se chevauche (si tes séquences sont très très longue je te conseil d'augmenter ou de diminuer la valeurs d'un mot).  [...]

[Biologie Moléculaire] A Propos De BioEdit !

Je Voulais savoir comment pourrais-je visualiser les sites d'hybridation des amorces après alignement des séquences grâce au logiciel Bioedit.  [...] Si j'ai bien compris ce que tu demandes, il te suffit d'aligner la séquences de tes amorces (ou le reverse complément) avec les séquences et tu auras le site d'hybridation.  [...]

[Evolution] Arbre phylogenétique

Un arbre phylogénique consiste à comparer différentes séquences soient géniques soient peptidiques. Le logiciel va tenter d'aligner les séquences de manière à obtenir le maximum d'homologie possible. En fonction du % de la séquence qui est homologue à une autre (suite à cet alignement optimal), la branche d'arbre sera plus ou moins éloignée.  [...] Sur les arbres (les plus clairs à mon sens sont les circulaires) tu peux ainsi voir qu'elles sont les séquences les plus proches des autres en structure et donc probablement les plus proches en terme de différenciation phylogénique au cours du temps.  [...]

[Biologie Moléculaire] Bioinfo et entropie maximale

Bonjour, je suis un étudiant d'écologie microbienne. Je travaille sur le logiciel Bioedit sur des séquences d'ARNr 16S. J'ai trouvé des régions conservées suite à un alignement de 200 séquences 16S. Pour cela j'ai été dans l'option Find conserved regions. Un des paramètres variables était max have entropy en parlant de la region conservée.  [...] D'après wikipédia, l'entropie maximale (égale à 1) correspond à l'état d'équilibre d'un systeme, celui dans lequel le desordre est le plus grand. Cela explique peut-être pourquoi plus la valeur est proche de zero, plus la région est conservée (désordre plus faible).   [...]

obtension d'une séquence consensus..comment?

je m'interesse à la construction d'une séquence consensus à partir de l'alignement de 6 séquences nucléotidiques. J'ai utilisé le CLC sequence viewer ainsi que Jalview mais il y a des positions où le logiciel ne peut pas trancher et met un point. Je trouve pas mal de fois que 50% des séquences ont le nucléotide C et 50% ont le T par exemple.  [...] Merci bien TanguyE, en fait ma séquence consensus qui fait 1277pb contient 15 positions à 50/50 éparpillées un peu partout. Mais ce n'est pas grave, je désignerai des amorces dégénérées comme tu m'as proposé.  [...]