• Forum - Liaison, Enzyme, ADN

[Biologie Moléculaire] pourquoi parle-t'on d'effet "star"

On nomme l'effet star le pourcentage de coupures non canoniques (erronées) réalisées par une enzyme de restriction (EcoR1, dont la séquence canonique est AATT) augmente linéairement avec la pression osmotique. Ceci est interprèté comme la nécessité de l'expulsion de l'eau interfaciale du domaine de liaison enzyme-ADN.  [...] Aux fortes pressions hydrostatiques l'eau interfaciale est stabilisée, la reconnaissance ne peut se faire et toute activité de coupure enzymatique est bloquée. On peut extraire une partie de l'eau d'hydratation en augmentant la pression osmotique, dans ce cas on favorise la reconnaissance et la liaison enzyme-ADN et donc la coupure de celui-ci, même pour des sites non canoniques.  [...]

[Biochimie] Mecanisme de ligation SOS clonage

Cette enzyme va ligaturer deux brins d'ADN par création d'une liaison phosphodiester. Dans le cas du clonage voici les étapes nécessaires à son fonctionnement.  [...] je voulais aussi noter que j ai une faible quantité d'insert lors du dosage car mon enzyme sfi1 coupe trés paritellement et c'est celle que j utilise en premeirà cause de son mix qui est le moins concentré et donc ce qui explique les pertes aprés digestion et purif.  [...]

comment la cellule traduit son information génétique en protéines?

La biosynthèse protéique s'initie au niveau du noyau où une portion d'ADN (gène) va être transcrite en ARN. Je ne sais pas s'il est important de le savoir à ton niveau mais cette étape est conduite par une enzyme. L' ARN polymérase, dont la liaison avec l'ADN permet l'ouverture de la double hélice et l'insertion des ribonucléotides triphosphates.  [...] La transcription est effectuée à l'aide d'enzymes particulières, qui sont elles même des protéines. Une enzyme va lire le brin d'ADN afin de constituer le brin d'ARN. Lorsqu' elle lit A elle mettra un U (A=. U)…. (C=. G, T=. A, G=. ).  [...]

[Biologie Cellulaire] Reverse transcription et amorçage avec hexamères aléatoires ?

Pour l'étape de RT, on utilise une enzyme particulière. la Reverse Transcriptase (transcriptase inverse en français), qui catalyse la transcription d'ADN à partir d'ARN. On dit que c'est une ADNpol ARN-dépendante.  [...] La spécificité de cette enzyme vien du fait qu'elle reconnait sur l'ARN un ribonucléoside, et qu'elle peut catalyser (du fait de sa structure spatial ou, d'un point de vu énergétique, du fait des énergies d'activations qu'elle peut décomposer) la formation d'une liaison phosphodieter entre un dXTP et le fragement d'ADN en cours de synthèse.  [...]

Pourquoi la cellule ressemble t-elle à une usine ?

Côté enzymes, cela peut paraître finement organisé mais il y a un facteur aléatoire très présent En effet, heureusement que les réactions ont lieu dans un tout petit volume, car la rencontre/approche initiale entre une enzyme et son substrat dépend d'une part de l'affinité de l'enzyme pour ledit substrat (un peu comme des pièces de puzzle un peu lâche) mais avant ça, des mouvements browniens qui animent les molécules.  [...] Si on prend l'ARN polymérase, il y a beaucoup à dire. Déjà elle reconnaît/s'accroche à des sites de liaison sur l'ADN qu'on appelle séquences promotrices. Ensuite il faut qu'au moins un de ces sites soit disponible, c'est à dire à nu pour ne pas gêner l'arrimage de l'enzyme ou qu'un facteur de transcription fasse la courte échelle pour faciliter ce même arrimage. Plusieurs cas de figure simplifiés.  [...]

enzymes qui génèrent des bouts collants

Bonjour à tous, est ce que quelqu'un pourrait m'expliquer la notion de bout collants générer par des enzymes Je sais que l'Enzyme BAM H1 reconnait 6 nucléotides. elle scanne la molécule d'ADN et quand elle reconnait la séquence d'ADN, elle se fixe dessus en clivant la liaison phosphodiester.  [...] 3' et 5' correspondent aux carbones pentosidiques (ribose ou désoxyribose) libres pour une liaison avec un autre nucléotide.  [...]

extraire de l'ADN

L'EDTA est un chélateur d'ion divalent positif, autrement dit, il va capter les ions divalents comme l' Mg2+, or il se trouve que beaucoup d'enzymes ont besion d'ion divalent pour fonctionner, comme la DNase I par exemple. L'EDTA va donc empecher le fonctionnement de l'enzyme en bloquant son cofacteur.  [...] Non, une enzyme de restriction coupe au niveau de la liaison 5'-3' phosphodiester entre 2 nucléotides sur les 2 brins, en aucun cas elles ne vont séparer les 2 brins d'ADN (c'est plus le rôle des hélicases par exemple).  [...]

[Génétique] Traduction des protéines

Encore une petite question conçernant l'ADN pol chez les procariotes. Cette enzyme a une activité exonucléasique 5' -3' et egalement 3'-5', laquelle intervient dans la réparation (proofreading) Quel est le rôle spécifique de ces 2 activités.  [...] - Proofreading= Activité de correction au fur et à mesure par l'ADN pol principale. Quand le mauvais nucléotide est apparié, le complexe est un peu moins stable ce qui tend l'enzyme à faire marche arrière en clivant la liaison phoshodiester néo-synthétisée (activité 3'-5' exonucléasique) pour rempalcer le nucléotide.  [...]

[Biochimie] Question théorique sur clonage TOPO

Le plasmide pCR4 Blunt-TOPO vector (Figure11) nous est fourni sous forme linéaire, il possède en 3' une topoisomérase I du virus Vaccinia. Cette topoisomérase a la capacité de se fixer à des sites spécifiques de l'ADN et de cliver celui-ci au niveau des liaisons phosphodiesters, après le motif 5'-CCCTT.  [...] L'énergie libérée lors de cette réaction permet la formation d'une liaison covalente entre l'extrémité 3' du brin coupé et le résidu tyrosyl-274 de l'enzyme. Cette liaison est ensuite attaquée par l'extrémité 5' hydroxyl du brin d'ADN à insérer dans le vecteur, ce qui a pour résultats de libérer la topoisomérase I et de lier l'insert au vecteur (Figure12).  [...]

Mélanomes

Le problème des dimères T est tellement embêtant qu'une enzyme spéciale est consacrée à la réparation de cette erreur, indépendament des systèmes de réparation généraux et classiques (dans ce cas. excision d'un segment de 10 nucléotides comprenant le dimère de thymine, resynthèse du brin par une ADN polymérase, ligature 3' 5' pour finir). une photolyase.  [...] Cette enzyme a la particularité inouie de ne réparer les dimères T que si la cellule est illuminée... Comme elle est spécialisée (elle ne reconnait que les dimères de thymine) et ne fait que casser la liaison du dimère (elle fait l'inverse des UV) sans resynthétiser de l'ADN, je pense qu'elle est plus efficace.  [...]