• Forum - Interactions, Molécules, Protéine, Cible

Levures et TAP tag à grande échelle

Dans mon cours en revanche, c'est écrit que le but du TAP-tag à grande échelle est d'assigner des fonctions aux protéines et de voir leurs interactions... En fait, je comprends parfaitement la technique du TAP tag (purification ou même élimination d'une protéine cible avec billes d'IgG et de calmoduline) mais en revanche, je vois mal comment identifier des protéines et leurs interactions avec cette technique.  [...] En fait, je comprends parfaitement la technique du TAP tag (purification ou même élimination d'une protéine cible avec billes d'IgG et de calmoduline) mais en revanche, je vois mal comment identifier des protéines et leurs interactions avec cette technique.  [...]

[Biochimie] Qu'est ce qu'un pull down?

Voilà je voudrais savoir ce qu'est un pull down en biochimie quand on parle d'interaction Proteines/Liagand.  [...] c'es une méthode qui permet d'étudier les intéractions protéine/protéine (éventuellement protéine/ligand). Le but est d' attrapper les molécules qui intéragissent avec ta protéine que tu immobilise en utilisant un anticorps ou un tag.  [...]

[Biologie Moléculaire] Co-immunoprecipitation

Comme le titre l'indique je souhaiterai réaliser une c-immunoprécipitation afin de montrer l'interaction de deux protéines in-vitro. N'ayant absolument jamais réaliser ce type d'expérience, je souhaiterai savoir si cela est compliqué Ensuite, j'ai une question technique.  [...] lors de la précipitation de notre protéine cible avec un anticorps, faut il auparavant fixer notre protéine avec les autres protéines qui interagissent avec (je me dis que sans cela les interactions sont peut être trop faible pour permettre de visualiser sur western blot).  [...]

[Biologie Moléculaire] Petit point sur les interactions protéine-protéine

Je sais qu'une protéine X interagit avec une autre protéine Y... et en gros je dois caractériser cette interaction... du genre localisation du site d'interaction, détermination de la séquence protéique necessaire à cette interaction. j'ai bien pensé à des trucs du genre épitope mapping, construction de mutants et étude de l'interaction avec ces mutants.  [...] Tu peux aussi faire du double hybride en faisant de la mutagenese aleatoire sur tes 2 proteines. Quand tu perds le double hybride c'est que tu as touche un site important pour l'interraction. Il ne te reste alors plus qu'a le sequencer et le caracteriser in vitro (meme pas obligatoire je dirais).  [...]

[Biologie Moléculaire] Base de données interactions protéine-protéine ?

[Biologie Moléculaire] Base de données interactions protéine-protéine.  [...] Je cherche une base de données regroupant, pour une protéine donnée, tous ses partenaires protéiques répertoriés dans la littérature (toutes techniques confondues, et sans vouloir me taper PubMed à coup de keywords). Les base de données protéiques que je connais ne fournissent pas ce genre d'informations (elles sont axées sur la reconnaissance de domaines/motifsconservés, ou compilent des infos sur une famille de protéine, etc.).  [...]

biologie cellulaire

Pas dans la synthèse des protéines, mais dans la structure des protéines. Comme toutes les protéines se replient dans l'espace les aa. hydrophobes vont, globalement, se retrouver au centre de la pelote s'il s'agit d'une protéine globulaire car c'est la régions où les interactions avec les molécules d'eau sont minimum.  [...] Dans le cas particulier des protéines partiellement insérée dans la membrane la disposition est différente car ce sont ces aa. hydrophobes qui vont permettre l'insertion en interagissant avec les lipides membranaires (interactions dites hydrophobes).  [...]

Criblage virtuel et "docking"

Ah d'accord, donc en fait il ya un thésard qui fait du docking toute la journée alors, avec la station. C'est génial car tu te met des lunettes cristoliquide sur le cigare, et là tu voit ta protéine en 3D donc tu te balades carrément dans la molécule. Les efforts pour visualiser la position des acides aminés et des groupements fonctionnels sont nettement diminués.  [...] Après ya plus qu'à choisir une molécule potentielle et la mettre dans le LBD de la protéine. Les intéractions se font automatiquement et la machine calcule les distances en Angstrum des intéractions. Je crois qu'on peut aussi lui faire calculer des paramètres thermodynamiques pour évaluer la stabilité de l'intéraction et donc se faire une idée de l'affinité. Tout simplement génial.  [...]

Protéine/cellule ? oeuf/poule

En effet, je n' arrive pas a comprendre comment on peut expliquer l' ensemble des mécanismes qui régissent la vie cellulaire, par une suite logique d' interactions gouvernées en partie par de nombreuses molécules protéiques.  [...] En fait on a mis en avant le role des proteines dans la traduction depuis longtemps. On savait aussi que dans le ribosome on trouve des proteines et des ARN. Aujourd'hui on sait bien que l'intiation de la traduction nécessite un bon positionnement de l'ARNm dans le ribosome et que ceci est réalisé grace à une interaction entre l'ARNm et un ARNr.  [...]

[Biotechnologie] Global Analysis of Protein Activities using proteome chips

Son avantage majeur reste qu'il devient possible de tester rapidement et pour peu cher les interactions d'une protéine sur un quasi-protéome, même s'il faut confirmer les résultats après avec une autre technique, cela permet de réduire grandement le temps de recherche (et le nombre d'étudiant faisant du double hybride ).  [...] Et est ce que ils utilisent des techniques généralement utilisé en protéomique, quels sont leur noms (pour la création de la puce, pour l'interactions protéines-protéines, et pour l'interaction protéine lipides ).  [...]

[Physiologie] Membrane plasmique et potentiel éléctrique

The dominant forces on ions, and polar molecules, in aqueous solution are short range chemical interactions involving the spare outer electrons on the water molecules with cations, and positively charged atoms, and hydrogen bonds donated from water molecules with anions [1190] and negatively charged atoms.  [...] D'autre part, le papier que vous citez n'a de nouveau rien à voir avec les membranes biologique et le modèle expliquant la formation du potentiel membranaire. Il propose un nouveau modèle d'interaction ion-eau qui pourrait avoir des implication dans les interactions à courtes distances entre différentes molécules (protéines/ligands par exemple).  [...]