• Forum - Identité, Séquence, Protéines

[Biochimie] Identité de séquence et similarité

Merci de ta réponse, mais en fait j'aurai besoin d'une définition plus précise, que j'arrive pas à obtenir ailleur sur le net... Pour mercredi je doit expliquer un article dans lequel les auteurs comparent 2 protéines (cdc25A et cdc25B pour la petite histoire qui ont respectivement 66.  [...] Je ne vois pas de quelle autre définition tu pourrais avoir besoin Ce serait par contre mieux que tu donnes les détails de ton article. Je peux dire des âneries, mais c'est possible que tes deux prot ont 66.7% d'identité de séquences et dans le restant qui est différent, elles partagent 76.5% de similarité.  [...]

[Biologie Cellulaire] technique de retard sur gel et immunoprécipitation de chromatine

Le retard sur gel permet de déterminer si le fragment d'ADN intéragit avec une protéine ou un complexe protéique (d'ou un retard de migration si tel est le cas). Mais ne donne aucune info sur l'identité de la protéine et de la séquence (même si pour la sequence il y a moyen de bricoler pour en savoir plus).  [...] Le ChiP permet de déterminer la séquence d'ADN avec laquelle une protéine ou complexe protéique connu intéragit. C'est de l'IP sauf que là avec l'anticorps on fait tomber une protéine (d'ou la nécessité de connaitre son identité) qui intéragit avec, entre autre, des bouts de chromatine (préalablement digéré).  [...]

[Biochimie] Valeur absolue d'identité entre protéines

J'ai une questions au sujet de la comparaison de séquence entre deux protéines.  [...] Existe-t-il une valeur absolue minimale d'identité à partir de laquelle on peut se dire si deux protéines partagent une homologie J'ai blasté deux protéines. Sur la région concernée elles possèdent 40% d'identité mais, sur la région complète des deux séquences, seulement 15%...Mes protéines sont-elles homologues.  [...]

[Biochimie] Format pdb

il va d'abord falloir résoudre un problème trivial. Trouvez la structure de cette protéine a partir de sa séquence primaire. je vous suggère deux pistes. les methodes ab initio ou par les méthode par homologie.  [...] Les méthodes de prédiction de structure portent bien leur nom. Ce sont des prédictions, généralement aussi fiables que l'oracle de delphes en plein délire hallucinatoire (j'exagère volontairement). Si une protéine dont la structure a été résolue expérimentalement se trouve aussi avoir une forte identité de séquence (.  [...]

[Biologie Cellulaire] Centromère et replication

Au niveau du centromère, il y a un type d'histone particulier qui donne une identité moléculaire au centromère. Cela doit certainement intervenir dans le recrutement des protéines centromériques de la famille CENP qui forme un gros complexe sur lequel se fixent toutes les protéines qui vont réguler les fonctions du kinétochore (attachement métaphasique des chromatides soeurs, attachement des microtubules, tensions,  [...] ..). Je ne connais absolument pas le moment où sont recrutées les protéines formant le kinétochore (en phase S et G2 probablement), mais ce qui est sûr c'est que le centromère garde en permanence une identité moléculaire, par des histones spécifiques mais aussi peut-être par des séquences génomiques particulières (pas du tout sûr sur ce dernier point).  [...]

Identification d'une protéine

J'ai une séquence d'ADN et je dois trouver quelle protéine elle code. J'ai donc traduit cette séquence en AA grace à un logiciel, puis j'ai cherché des homologies avec d'autres protéines sur cette base de données. http.//www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.  [...] Je pense que cela dépend du type de bande que tu as, à savoir si l'identité de la séquence est complète (du 1er aa au dernier) ou si elle est partielle... dans ce cas, ça pourrait correspondre à une pré(pro)protéine... Et ça compliquerait l'exercice. Le mieux à faire je pense, est de nous donner ta séquence en aa en piece jointe, pour qu'on se rende compte de la tête des résultats.  [...]

[Bioinformatique] Blast et faible score

Pour commencer, je cherche à identifier la protéine en réalisant une recherche sur une base de donnée tel que PROSITE qui permet d'identifier la famille de protéine de ma séquence Y.  [...] Mon soucis est que ce passe t'il si les résultats de mon BLAST ne donne que des scores et pourcentage d'identité de séquence faible Quelles autres démarche puis je entreprendre afin d'en savoir davantage sur ma séquence Y.  [...]

[Génétique] Caryotype

En faite, si c'est la deuxième je ne comprendrais pas l'utilité, mais la premiere me semble impossible. Je m'explique. Si la paire 1 à deux chromosomes à deux chromatides, et ils me semblent que les chromosomes d'une même paire sont identiques ( donc meme séquence nucléotidiques etc ), à quoi ça sert qu'il y ait 4 chromatides qui contiennent exactement la même information génétique dans une paire Pourquoi pas un seul chromosome à deux chromatides Une copie suffit non 3 me paraissent inutile.  [...] Pour une cellule en fonctionnement, il n'y a pas d'intéret d'avoir 4 chromatides (encore, ça mérite d'être vérifié). Là ou tu te trompes, c'est que deux chromosomes homologues, c'est à dire d'une même paire, sont différents. L'un est d'origine maternelle, l'autre d'origine paternelle.   [...]

[Biologie Moléculaire] Notion d'une famille des gènes

2-Simplement on dit que la protéine est codée par un gène faisant appartenir à la famille des gènes répétés et même si on est dans cette cas est ce que ces différentes copies du même gène sont identiques à 100% c à d ayant exactement la même séquence nucléotidique.  [...] On parle d'une famille de gènes lorsque l'on a affaire à un ensemble de gènes, homologues par la structure, la séquence et la fonction de leur produits, qui ont évolué à partir d'un gène ancêtre commun. L'identité de séquence n'est donc pas obligatoire.  [...]

[Immunologie] génétique du CMH

Est-ce que parce que chaque individu possède des allèles codant pour le CMH différents et que par conséquent sa structure en variant d'un individu à un autre permet la fixation d'un peptide de l'antigène par rapport à un autre.  [...] Je ne comprend pas bien la question. Mais cette grande variabilité de combinaison de protéines du CMH au sein d'une même espèce permet la fixation de la quasi totalité des antigènes.  [...]