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[Zoologie] Utilité du groupe externe en phylogénie

Il y a un choix énorme dans le positionnement de la racine. n'importe quel taxon ou n'importe quel noeud (je n'ai plus la formule en tête mais ça augmente de façon exponentielle avec le nombre de taxons). Si tu n'as pas de groupe externe, ton arbre devrait être représenté sous forme d'étoile si tu veux.  [...] Alors non seulement le groupe externe t'enracine l'arbre dans le temps mais il permet aussi de polariser les transformations d'états de caractère dans le temps. En gros, tu vas aussi pouvoir suivre l'évolution de tes séquences le long de ton arbre. Tu ne pourrais pas le faire sans groupe externe car tu ne saurais pas d'où partir.  [...]

[Evolution] Winclada 1.00.08 : enracinement forcé ?

Je travaille en ce moment sur une petite phylogénie indicative. J'ai donc construit ma matrice taxons/caractères avec Nexus, j'ai sorti quelques arbres avec Winclada 1.00.08, seulement voilà. je ne parviens pas à forcer l'enracinement de mon arbre. C'est à dire que je n'arrive pas à imposer un groupe externe.  [...] Et comme mon groupe externe théorique est éparpillé un peu partout dans topologie de l'arbre.  [...]

[Biologie Moléculaire] Liens de parenté

j'admets que, pour raisons x et y que je définis, Homo sapiens est plus proche du chimpanzé que du moineau. L'arbre qui en résultera sera la reconstruction de ces hypothèses. Un groupe externe sert à enraciner un arbre, autrement dit lui donner une notion de temps.  [...] si j'ai fait un arbre avec un groupe externe choisi en conséquence, je peux, à l'aide de fossiles, dire combien de temps est passé depuis l'émergence de telle espèce ou telle autre.  [...]

phylogenie

je pense qu'il y a 2 arbres enracinés car on ne retient que les caracteres informatifs,on exclut ceux qui sont communs à toutes les espèces à classer et ceux qui sont present que dans une seule espèce,il reste donc 2 caractères informatifs.la membrane mictitante et le gésier.  [...] Non, c'est le groupe crocodiliens-oiseaux qui constitue un groupe monophylétique. Les mammifères constituent ton groupe externe et n'ont qu'un ceractère commun avec les oiseaux, tu ne peux pas les regrouper ensemble. Ici, il y a des homoplasies, tu es obligé de considérer le caractère sang chaud comme une convergence entre les oiseaux et les mammifères, car c'est le moyen le plus parcimonieux de tracer un arbre, et tu es obligé d'introduire au moins une homoplasie, sinon il est impossible de tracer un arbre.  [...]

[Evolution] Phylogénétique

Sur le principe aucun problème mais il se trouve que j'arrive à la phase de traçage des arbres ( 4 taxons et donc 15 arbres ) et j'ai beau tourné et retourné le problème, je ne trouve que 12 arbres à dessiner, en appelant les 4 espèces ABCD ( groupe interne ) et Z l'espèce du groupe externe.  [...] En réalité à force de chercher sur internet, je me mets le doute et comme je suis pas à la fac pour le moment, aucun moyen de vérifier à la BU. J'ai 4 taxons + 1 taxons de groupe externe à placer sur mon arbre. C'est bien 15 arbres à ce moment ou 105 Je suis perdue et un peu desepérée là.  [...]

[Evolution] Que veut dire "plus évolué" ?

C'est à dire qu'ils ont davantage évolué par pression sélective que par dérive aléatoire, contrairement à la lignée humaine, ce qui est conforme au reste du texte de l'actualité. Ceci a été établi par une analyse informatique statistique comparée d'un certain nombre de gènes du chimpanzé et de l'homme.   [...] ce n'est pas exactement la conclusion de l'article il me semble, mais en général on le fait en incorporant à l'étude un groupe externe c'est-à-dire une ou des séquences appartenant à un animal qui n'est pas dans l'arbre homme/chimpanzé. Ici ils ont pris des séquences de macaque.  [...]

Arbre Phylogénétique non raciné

j'ai lu quelque part qu'il fallait prendre pour groupe externe un taxon éloigné mais assez proche pour être comparé au groupe d'étude.  [...] Tu penses vraiment qu'un chat (qui est un eucaryote.) est le groupe extérieur lorsque tu as une archée (procaryote et seul représentant d'un autre règne du vivant.) au plein milieu de ton arbre d'eucaryotes.  [...]

[Evolution] Comment reconnait on un extra groupe ?

Le groupe extérieurs se définis arbitrairement en utilisant un critères a priori. par exemple pour enraciner la phylogénie des eukaryotes on va utiliser une bactérie qui n'a pas de noyau. A noter que dans les autres méthodes de reconstruction phylogénétique l'enracinement est facultatif.  [...] 1. En fait, un extra-groupe (ou groupe externe en bon français) doit être choisi parmi des groupes proches de celui dont on veut connaître les relations de parenté. Je m'explique, en prenant comme exemple la phylogénie des premiers amniotes publiée par Michael deBraga et Olivier Rieppel en 1997.  [...]

[Evolution] quel critère pour dire qu'un caractère est dérivé ?

Pas énormément le temps de développer ni de regarder le sujet, désolé. Pour déterminer, pour un caractère donné, l'état ancestral et l'état dérivé, il faut étudier l'état de ce caractère dans un groupe extérieur, si possible pas trop éloigné.  [...] on appelle cela l'intra-groupe, que l'on suppose monophylétique. En l'occurence, je choisis les tétrapodes. Bien. On a un caractère qui dit la chose suivante. présence de rayons squelettiques ou bien de doigts. Pour savoir lequel est dérivé et lequel est ancestral, on choisit un groupe externe (extra-groupe) qui doit être encore plus basal que l'intra groupe.  [...]

[Génétique] La sélection naturelle encore présente, comment, à quelle vitesse et où...?

En ce qui concerne les personnes résistantes au VIH, peux-tu expliciter Ce qu'il faut voir en premier lieu c'est que le VIH est un virus mal adapté à son hôte. Donc, dès que l'adaptation commence à se renforcer, on va de moins en moins mourrir du sida (grossièrement, hein).   [...] La notion même d'extra-groupe qui postule que le groupe externe est le représentant des caractères ancestraux, que les caractères de ce taxons n'ont pas changé, exprime l'idée selon laquelle des taxons évoluent plus vite que d'autres, non.  [...]