• Forum - Groupe, Extérieur, Séquence

[Biochimie] Annotation d'une sequence par bioinformatique

En fait si mes souvenirs sont bons, tu as identifié une séquence au sein d'un organisme particulier. Cette organisme à priori fait partie d'un groupe, par exemple le chien chez les mammifères. Ce groupe en question sera ton groupe d'étude, et tu compareras ta séquence à celle de ce groupe pour la situer par rapport aux autres membres du groupe.  [...] Donc après avoir trouvé des séquences homologues par BLASTp, jai la liste des séquence homologue avec leur espèce. ce sont tous des bactéries. Alors est ske je peu prendre comme groupe extèrieur le eucaryotes Et si oui commen je choisi kel sequence je pren pour pour faire mé groupe parsk aparamen je doi pa choisir o hasard dans les procaryotes pour le groupe d'étude et dans les eucaryote pour le groupe extèrieur.  [...]

[Biologie Moléculaire] Liens de parenté

Par exemple si le seul caractère commun de la truite avec tes autres animaux est la présence d'une machoire et que tout les autres possèdent en commun les caractères machoire et membre. Alors la truite est le groupe extérieur.  [...] Sinon, attention à la manière dont tu organises et interprètes tes connaissances. Un groupe exterieur (ou externe, c'est pareil) dans un arbre phylogénétique n'a rien à voir avec des espèces fossiles ou un ancêtre commun. Un arbre est une reconstruction selon des hypothèses.  [...]

Arbre Phylogénétique non raciné

Donc une phylogénie montre l'histoire au cours du temps, mais malheureusement la plupart des méthodes bien que trouvant les connexions entre les séquences sont incapables de les orienter temporellement. Une méthode consiste à orienter manuellement sont arbre en ajoutant un groupe extérieur à son groupe d'étude (qui logiquement à aussi divergé avant les séquences d'intérêt...) c'est ce qu'on appelle l'enracinement.  [...] Tu penses vraiment qu'un chat (qui est un eucaryote.) est le groupe extérieur lorsque tu as une archée (procaryote et seul représentant d'un autre règne du vivant.) au plein milieu de ton arbre d'eucaryotes.  [...]

[Evolution] Comment reconnait on un extra groupe ?

Le groupe extérieurs se définis arbitrairement en utilisant un critères a priori. par exemple pour enraciner la phylogénie des eukaryotes on va utiliser une bactérie qui n'a pas de noyau. A noter que dans les autres méthodes de reconstruction phylogénétique l'enracinement est facultatif.  [...] 1. En fait, un extra-groupe (ou groupe externe en bon français) doit être choisi parmi des groupes proches de celui dont on veut connaître les relations de parenté. Je m'explique, en prenant comme exemple la phylogénie des premiers amniotes publiée par Michael deBraga et Olivier Rieppel en 1997.  [...]

[Evolution] Variations sur un thème de synthétase...

elegans et E1 de D. radiodurans sont dans un autre groupe mais avec des branches 3 fois plus longues... E2 de D. radiodurans est groupe extérieur de ce dernier, branche énooorme.  [...] -Soit le gène a été dupliqués chez D. radiodurans et le second paralogue a accumulé un max de mutation. Comme il a beaucoup évolué, dans ton arbre tu va avoir un phénomène d'attraction des longues branches. C'est un fort artefact dans les phylogénies qui font que des séquences qui évoluent vite, qui ont beaucoup divergé, se regroupent ensemble dans l'arbre, indépendament des vrais relation phylogénétiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mutation par insertion de plusieurs codons ?

insertion ou délétion. Pour connaître l'état ancestral il faut une séquence d'un organisme extérieur à l'ensemble d'organismes considérés.  [...] Merci infiniment. La consigne de l'exercice précise de prendre pour référence une séquence où les codons sont absents (je pense donc que c'est celle qui doit être considérée comme l'état ancestral). Encore merci. C'est fabuleux d'avoir des réponses aussi rapidement.  [...]

[Evolution] Etat ancestral et dérivé...

Tu veux faire l'arbre de quelle espèces et c'est quoi ton groupe extérieure dans tes espèces.  [...] Bien. Donc c'est le poisson ton groupe extérieure, les poissons ils ont des dents ou pas Si oui les dents sont un caractère ancestral, si non c'est un caractère dérivé. Pareil pour les autres espèces. Fait pareil avec les autres caractères (oeuf, mandibule etc...).  [...]

[Evolution] phylogénie

Dans cet exercice il y a 5 taxons, A, B, C, D et E. On me demande quel est le nombre d'arbres enracinés sur le groupe extérieur A, et de tous les dessiner.  [...] Mais les deux derniers groupes que tu places (...hummm je sais pas comment formuler ça...) Euh... bah quelque soit leur emplacement l'arbre sera le même, car ces deux groupes possèdent un ancêtre commun unique qui leur est propre au sein de ton arbre ( c'est pas clair hein ). Bref en fait il y a 4x3 possibilités.  [...]

question sur les programmes de phylogénie

Pour le groupe extérieur, tu peux sortir un.tre et a aller l'ouvrir avec treeview qui se télécharge facilement (voir google). Les.tre sont des fichiers a paranthèse tout bete.  [...] C'est pas les séquences le pb. Normalement seqboot te sort un fichier de sortie avec le resampling, tu retraites ce fichier avec ton programme de phylogénie et là tu sors 2 fichier. outfile et outtree. Copie/colle un bout de ces 2 fichiers ici même qu'on voit leur tete stp.  [...]

[Biochimie] ancrage des protéines dans la membrane

La différence avec la séquence signal (prise en charge par SRP) est que ces séquences ne restent pas dans le translocon, étant plus hydrophobe que la séquence signal, elles sont attirés à l'extérieur du pore du translocon et sortent par une ouverture latérale présente dans le translocon pour passer dans la membrane du réticulum où se trouve la protéine TRAM qui les prend en charge.  [...] Ainsi, a chaque fois que le ribosome synthétise une séquence transmembranaire, celle-ci se fixe d'abord au translocon puis par son intermédiaire elle est transférée dans la membrane.  [...]