• Forum - Gratuit, Séquences, ADN

similarités ADN (plusieurs Méga bases)

J'ai créé un logiciel gratuit qui permet de trouver des similarités entre 2 séquences ADN, il fait des alignements locaux et utilise au maximum les caches processeurs et fonctionne aussi bien sous windows, linux, solaris ou Mac (et une partie directement sous pages web).  [...] En ce qui conserne les séquences protéiques, nous en sommes au stade de la recherche pour voir si ses séquences peuvent utiliser la même méthode que YASS.  [...]

[Biologie Moléculaire] logiciel clonage

connaissez-vous un logiciel permettant d'ajouter des sites de restrictions sur une séquence un logiciel de préférences gratuit.  [...] Gratuit, toutes plateformes, intuitif et très puissant. Il te permettra de faire plein de choses avec des séquences d'ADN. Il est développé par un chercheur du CNRS.  [...]

[Biochimie] Rechercher sites de restriction

J aimerais savoir si il est possible de trouver un programme dans lequel on copie une sequence d adn et une ou plusieur enzymes et qu on puisse observer la decoupe de l adn au niveau de la structure primaire eventuellement en 3D ou en video.  [...] J'ai trouvé le programme dans lequel j'entre une sequence et je choisis une enzyme puis je récupère ma sequence avec des espaces aux niveau des sites de restrictions correspondant a l'enzyme choisie.  [...]

génétique inverse

En génétique classique, on part d'une protéine connue, depuis laquelle on synthétise des sondes ADN dégénérées (c'est-à-dire incluant toutes les séquences d'ADN pouvant coder pour une même partie de la protéine) et on retrouve ainsi le gène originel par hybridation.  [...] Chez la mouche, tu peux trouver une lignée qui a un transposon dans ton gène ou dans les séquences amont, ou ailleurs (il y a un consorium pour ça, c'est gratuit) Donc tu peux déjà avoir un allèle de ton gène. Si, t'as pas de phénotypes tu le refais sauter soit dans un dans les séquences régulatrices, dans les introns et qq fois dans le codant ou, alors, tu génères une délétion qui arrache une partie du gène.  [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche désespérément un logiciel !!! (Outils de Bio-informatique)

je suis à la recherche d'un logiciel de Bioinf qui me permettra de faire des carte de séquence, en y indiquant la position de genes, de primers, de sequences d'interêt en gros.  [...] Il faut que le logiciel soit capable de traiter de trés longue séquence et si possible qu'il soit gratuit.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage orienté, design d'amorces

Logiciels super et gratuit. Ape et surtout Serial Cloner (discussion sur futura). Tu sélectionnes entre l'atg de la GST et le stop qui suit ta prot et tu translate. Si dans la séquence d'aa tu n'as pas de * qui correspon à un stop c'est OK.  [...] Moi je fais jamais de sous clonage, je clone direct dans le plasmique d'intérêt. Il suffit de dessiner tes amorces en conséquence.  [...]

designer des sondes pour microarray

En fait, je dois travailler sur un certain nombre de gènes connus chez plusieurs bactéries différentes. Je ne pars pas d'un clonage, mais de séquences extraites à partir d'Entrez Nucléotide. Mon problème, c'est que je n'y connais rien et mon chef non plus.  [...] A ma connaissance, tous ceux qui ont fait des sondes pour microarray l'ont fait a la main. C'est a dire que tu recuperes ta sequence dans ncbi, tu cherches tes oligos avec l'aide d'un software si tu veux genre Vecteur NTI (gratuit chez invitrogen), puis tu blast pour voir si c'est specifique etc.  [...]

[Biochimie] visible body (anatomie)

aucun de ces sites que j'ai consultés ne parlent pas de différences de prix pour les différentes catégories d'utilisateurs.   [...] Je ne sais pas si c'est réellement équivalent mais google a mis en ligne bodybrowser, qui semble reprendre le principe du site qui vous intérêsse. Je n'ai pas encore réussi à l'utiliser par moi même car il nécéssite un navigateur internet dernière génération que mon ubuntu se refuse à faire fonctionner proprement.   [...]

[Biologie Cellulaire] Quel logiciel d'analyse de FACS gratuit puis-je utiliser ?

J'aurais besoin des lumières de spécialiste de cytométrie en flux. Je fais mes acquisitions de données de FACS avec CellQuest et j'aimerais pouvoir analyser les résultats sur mon ordinateur (un Mac). Je suis donc à la recherche d'un logiciel de traitements de données de cytométrie, ci possible gratuit (ou accessible grâce à une adresse mail académique, par exemple).  [...] En effet les cytometres que j'utilise possèdent CellQuest. Mais ils sont sur une plateforme et sont utilisés en permanence. Comme je débute en FACS j'aurais aimé avoir le temps de bidouiller mes données tranquillement mon ordi sans bloquer le FACS.   [...]

Articles importants dans Nature, Science ou Cell - Page 2

Punctuational evolution has been a contentious idea, but recently, it has become possible to detect signals of punctuational and gradual evolution on molecular phylogenetic trees. Pagel et al. (p. 119) show that bursts of evolution associated with speciation across a wide range of organisms account for approximately 20% of the nucleotide substitutions in published gene-sequence alignments, the remainder being attributable to more gradual forces of evolution.  [...] Et je défends encore mon idée en vous envoyant sur cette publi à accès gratuit et très intéressante, surtout très synthétique puisque c'est une revue. Le titre traduit en français (pour donner envie aux réticents de la langue anglaise de la lire) c'est. Approches génomiques qui aident dans l'identification de gènes cibles de facteurs de transcription.  [...]