• Forum - Génétique, Analyse, Séquençage

[Génétique] Analyse sequençage massif (bioinformatique)

J'ai une liste de gènes dont l'expression varie entre deux conditions A et B. J'aimerai maintenant savoir ce qu'on en commun ces gènes. Pour cela j'effectue une analyse de Gene Ontology (GO) pour identifier des familles fonctionnelles qui seraient sur-représentées.  [...] Ce qui me vient tout de suite à l'idée, c'est une analyse des régions promotrices. Tu ne peux pas lancer une recherche de boîtes conservées sur cette liste.  [...]

[Biochimie] Haplogroupes européens et leur sous-groupes

En faisant une recherche sur haplogroupe je suis arrivé sur un forum de discussion sur la généalogie génétique qui donnait ce lien. Apparemment en Europe du nord et dans les pays anglo-saxon c'est assez courant de recourir à des sociétés qui analysent l'ADN pour déterminer l'origine de ses ancêtres.  [...] Les analyses par séquençage local donnent l'haplogroupe et permettent aussi de déterminer un haplotype ( ou empreinte génétique) qui permet de comparer des personnes du même haplogroupe.  [...]

diagnostic prénatal technique

L'avenir est sûrement dans le séquençage haut débit de l'ADN/ARN qui peut traiter un un génome humain en quelque jours mais après, la quantité de données énorme générée demande un certain temps d'analyse. En plus, tout n'est pas connu sur les maladies génétiques (maladies orphelines, maladies multifactorielles impliquant plusieurs gênes,  [...] Pour les maladies orphelines, la puce à ADN sera d'abord utilisé (beaucoup moins cher que le séquençage haut débit, plus rapide aussi, surtout en terme d'analyse). Comme comparaison, une puce à ADN permet en deux jours d'avoir le niveau d'expression de 30000 gènes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

Voila, je ne comprend pas trop comment choisir le type de séquençage à sélectionner. Le but est l'analyse de plantes inconnues grâce au DNA barcoding, à l'aide de marqueurs génétiques tels que rbcL ou trnL.  [...] Oui, c'est pour ça que les gens qui font de l'analyse de séquençage à haut-débit ont fait un master de bioinformatique ou un stage - au moins - dans le domaine.  [...]

mutation myh7 et problèmes musculaires

à la suite d'une recherche génétique pour une cardiomyopathie hypertrophique familiale qui s'est révélé positive pour moi, j'ai fait quelques lectures sur le net, recherche universitaire etc... sans trouver de réelles réponses à mes questions.j'ai lu que ce gène s'exprimait non seulement dans le muscle cardiaque mais aussi dans les muscles squelettiques hors depuis plus de six moi je suis suivie par le centre anti douleur de ma ville pour des douleurs musculo-squelettique, pour le moment on me parle de syndrome douloureux chronique diffus, j'ai très mal a la colonne vertébral,au genou (l'osteo me dit que c'est le muscle poplité qui me fait mal ) et j'ai une déchirure musculaire au jumeau interne (mollet) qui a mal cicatrisé, on voit des tissus cicatriciels sur les écos et ceux depuis trois ans, aujourd'hui je subit des ondes de chocs pour recréer une déchirure, enfin bref...ma question est la suivante,  [...] méthode d'analyse. séquençage direct par technique de sanger du fragment porteur de la mutation,identifiée chez le cas,c.2890G. C(p.Val964Leu)(exon 23)du gène Myh7(NM_00257.2).  [...]

[Génétique] La sélection naturelle encore présente, comment, à quelle vitesse et où...?

Alors,pourquoi avec toutes les techniques d'etudes de sequençage,genomiques...on n'analyse pas ces personnes speciales pour ameliorer les avances dans la guerison du sida parexemple,qui fait encore des ravages.  [...] Un aspect de la sélection naturelle risque de persister longtemps. la sélection sexuelle... à partir du moment où certaines personnes sont exclues pour la formation de couples (ou du moins à partir du moment où certains critères ayant une base génétique entrent dans le choix sexuel), il y a sélection.  [...]

Détection SNP

Probablement pour faire l'queivalent d'un séquençage de Sanger avec la spectro de masse avec l'analyse fine de la masse des fragmants obtenus.  [...] Donc sa serait l'équivalent d'un sanger fluorescent sauf qu'ici c'est pas la fluorescence des ddNTP qu'on détecte pour avoir la séquence mais la masse des différents ddNTP.  [...]

L'épigénétique

A côté de l'échec économique du séquençage, ce même séquençage a été extrêmement productif en termes scientifiques sur ce qu'est un gêne.  [...] En outre le fait que des circonstances environementales peuvent avoir des conséquences induites sur les générations suivantes non par persistance du cadre de vie,mais par acquis épigénétique me semble ouvrir la boite de Pandore psycho-sociale.  [...]

Les questions fondamentales en biologie - Page 3

C'est en 1990 que fut lancé le projet de séquençage du génome humain. Au même moment, sous l'égide du Téléthon, la France emboîtait le pas des Américain et lançait son propre système de séquençage à Evry. Ceux qui disposent d'une mémoire  [...] précaution critique, puis régulièrement, la presse relayait les découvertes portant sur un gène lambda défectueux associée à une maladie rare oméga, et ce en louant les efforts de cartographie des chromosomes menés à Evry et censé permettre des progrès fulgurants… Ensuite, quelques succès très partiels de thérapie génique furent annoncés et puis plus rien dans l'actualité.  [...] Ce qu'on peut dire, c'est que le succès de la thérapie génique aurait scellé l'alliance entre les scientifiques et le paradigme réductionniste or, justement, la Vie ne se conçoit pas ainsi. Et sans doute que le réveil récent de la communauté scientifique s'explique par une soudaine prise de conscience associée au fait que pendant presque vingt ans, les généticiens pris dans une frénésie techniciennes n'ont eu comme objectif que de produire résultat sur résultat, décryptage sur décryptage, séquençage et analyse et puis au bout d'un moment, le désir de savoir a émergé au sein d'un système apparemment clos et orienté vers une volonté de faire et de produire.  [...]

[Divers] livre de biostatistiques ?

Il y a ce pdf facilement trouvable sur google (1er lien). statistique pour les statophobes. C'est écrit par un professeur de biologie de Rennes, D. Poinsot et ça donne quelques bases de biostatistiques.   [...] Il y a une version d'introduction à R en anglais qui est assez excellente. Vu combien les choses avec R se font automagiquement, j'avais trouvé ses explications claires et détaillées. Recommandé donc pour ceux et celles qui vont se mettre à l'analyse de gros jeux de données (microarrays, séquençage haut débit).  [...]