• Forum - Fragments, Séquences, Parallèle

[Génétique] Sequençage à haut débit

Les techniques de séquençage modernes séquencent le génome en parallèle. Comme tu l'as dit, le génome est fragmenté, puis tous ces fragments vont être séquençés en parallèle. L'intérêt d'amplifier l'ADN, c'est par exemple si tu veux séquencer un très petite quantité d'ADN.  [...] Si tu séquences une petite quantité (disons, une cellule), tu ne pourras pas assembler les fragments de ton génome après coup... Pour pouvoir assembler les fragments, ils faut un overlap entre les fragments. Tu as donc besoin d'amplifier ton set d'ADN de départ afin de pouvoir avoir un overlap par la suite et réassembler ton génome.  [...]

[Biochimie] Sequençage de l'ADN

Une autre astuce de la technique est que l'ADN à séquencé est clivé en petits fragments (une vingtaine de pb) qui vont être chacun fixés sur une plaque couverte de séquences fixant les séquences adaptatrices. Arpès amplification on a donc des spots sur la plaque formés par les amplicons issu d'un brin initial.  [...] Ce sont ces clones (si l'on peut dire) qui permettent de générer un spot de fluorescence qui sera détecté à chaque étape de polymération. Cette stratégie permet de séquencer en parallèle plusieurs régions de l'ADN. Ensuite, une fois tous les fragments séquencés, on reconstitue le brin d'ADN initial par informatique.  [...]

[génétique] questionnaire de génétique

Je ne sais pas, ma seule crainte est que les OGM soient produits à grande échelle, remplacent peu à peu les souches sauvages, et qu'on se rende compte dans 20 ans que leur consommation peut avoir des conséquences facheuses sur notre santé.  [...] PCR pour amplifier le matériel génétique qui est souvent récupéré à l'état de trace. Puis Southern avec comme sondes des séquences microsatellites. Les tailles différentielles des fragments repérés forment un ensemble spécifique de chaque individu. Même expérience en parallèle sur l'individu en question et comparaison de son profil de Southern avec celui trouvé sur les lieux du crime.  [...]

[Génétique] Sequençage d'ADN

Chaque paquet est séquencé en parallèle (la moitié des fragments de chaque paquet plus précisément). Les fragments d'un paquet insérent tous le même dNTP (du moins dans une certaine limite, dépendemment de la longeur des fragments). Pour chaque dNTP, une couleur est associée.  [...] Alors, il faut bien distinguer deux phases. La première phase est l'amplification des fragments, c'est le même principe qu'une PCR (les primers sont spécifiques à des adapters, séquences qui ont été ajoutées à chaque bout des fragments d'ADN). L'amplification des fragments est nécessaire pour obtenir un signal analysable (bon signal / noise ratio).  [...]

[Biologie Moléculaire] TP digestion ADN par enzymes de restriction par électrophorèse sur gel d'agarose

J'ai fais une extraction d'ADN puis je l'ai mis en présence d'enzyme de restriction ( c'est le TP basique avec les enzymes BamHI, EcoRI, HindIII) c'est de l'ADN de phage lambda cependant comment savoir si l'ADN a été digéré par élélectrophorèse sur gel d'agarose car j'observe plusieurs fragments mais je comprends pas trop si quelqu'un peut m'éclairer merci infiniment.  [...] Exemple. ton ladder contient des fragments de 5 tailles différentes (1000, 700, 500, 250 et 100 pb). Tu le fais migrer dans un gel, en parallèle de tes échantillons de manip.  [...]

CGHarray Anomalie en mosaïque

Autre question, est ce que la PCR massivement parallèle (bridge par et micelle) demandent également de connaitre les séquences à amplifier J'aurai dit oui évidemment mais sait on jamais.  [...] On dit aussi que le séquencage de Sanger permet l'étude des variations ponctuelles connues et nouvelles et ne se limite qu'aux exons. Au départ c'est pas censé être une technique pour connaitre les séquences d'ADN possibles Pourquoi les introns ne sont pas possibles.  [...]

[Biologie Moléculaire] identification gène PCR

J'ai fait une expérience sur l'insertion d'un fragment d'un gène sur le plasmide, et j'ai obtenu une photo des différentes séquences d'ADN via électrophorèse en gel d'agarose. La question est de connaitre le poids moléculaire de ma séquence, et je ne sais pas comment (c'est en bp).  [...] En parallèle de tes migrations tu as du déposer un marqueur de poids moléculaires. Qui te permettra de connaitre approximativement la taille de tes fragments. Si ce n'est pas le cas, tu n'as plus qu'a refaire une migration avec ton marqueur.  [...]

[Génétique] Séquençage parallèle en masse / Next generation sequencing

En gros, on prend de l'ADN d'une espèce. On le fractionne, on le séquence ensuite en parallèle et les reads sont rassemblés grâce à des méthodes de bioinformatiques. Ce qui te donne finalement ta séquence d'ADN.  [...] Pour les techniques de base, tu peux consulter wikipedia, qui t'en décrit plusieurs. Ensuite, il faut savoir que ces techniques évoluent très rapidement et leur performance également. Donc à moins de travailler dans le domaine en question, il est difficile d'être à jour sur le sujet.   [...]

[Biologie Moléculaire] Comment séquencer un génome inconnu ?

J'ai pensé pour séquencer d'extraire l'ADN de l'organisme puis de digérer celui-ci avec des enzymes de restrictions. J'obtiens ainsi différents fragments dont les quelques nucléotides aux extrémités sont connus grâce aux sites de restrictions. Est-il possible alors d'y hybrider de façon spécifiques des sondes pour permettre un séquençage avec la méthode de Sanger par exemple (car les sondes sont plutôt longue par rapport aux sites de restriction non ).  [...] De nos jours, on ferait du séquençage haut débit. fragmentation de l'ADN et ajout d'adaptateurs connus aux extrémités pour faire en parallèle des millions de reads qui peuvent être alignés entre eux par chevauchement (contigs).  [...]

Quelques questions

15 Les séquence promotrice sont répliquées par les ADN polymérases.  [...] Pour le QCM, tu pourrais répondre ce que tu crois juste, et seulement après, les gens du forum pourrait te corriger le cas échéant.   [...]