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Alignement séquence (Bioinformatique)

J'aimerais savoir s'il y aurait un logiciel capable de relier tous ces fragments afin d'avoir une seule séquence de ma protéine. Présentement je le faismanuellement et c'est très long.  [...] Salut, oui il y a notre protéine que nous avons transfecté dans un plasmide. Nous l'avons verifier par blast avec la sequence de cette protéine de NCBI (reference). Et nous obtenons pleins de petits fragments d'alignement, ce qui est normal puisque lors du séquencage le logiciel fait pleins d'erreurs et donc l'alignement ce fait moins bien, ce qui crée ces fragments.  [...]

[Biologie Moléculaire] D'une protéine à un gène à une protéine

En revanche, il est possible de synthétiser l'ADN correspondant à la protéine séquencée. Cela s'appelle la méthode des gènes synthétiques. Il suffit de prendre des amorces recouvrant toute la séquence voulue. Les amorces sens et anti-sens s'hybrident en partie sur toute la séquence d'intérêt, on met une Taq sans activité 5'-3' exonucléase qui va combler les espaces.  [...] On met ensuite une ligase qui va joindre les différents fragments entre eux. on a alors une séquence double brin d'ADN qui contient l'information génétique de la protéine voulue. Ensuite il faut insérer cette séquence dans un vecteur d'expression. Donc on aura pensé à ajouter des sites de restriction de part et d'autre du gène synthétique pour pouvoir l'insérer dans un vecteur.  [...]

synthèse protéine.

Bonjour à tous, lorsque l'on veut synthéthiserune protéine, le brin qui donne la séquence ARNM correspondra toujours au brin 3'. 5' ou bien cela dépend et en contraire, elle se passe comme la réplication et ferait intervenir des fragments d'okasaki.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique SELEX aidez moi!

Ce que l'on élue est donc les fragments d'ADN qui étaient restés fixés sur la protéine. Afin d'éliminer les séquences aspécifique on va procéder par plusieurs réitération du processus. (PCR, fixation, élution). Ceci va avoir pour conséquence que les fragments ayant la plus forte affinité pour la protéine se fixeront les mieux.  [...] A la fin vous allez récupérer des fragments que vous souhaitez identifier. Ce que vous savez à priori c'est qu'ils vont tous être similaires à priori avec de petites variations. Ce que vous souhaitez c'est établir une séquence consensus de fixation de votre protéine.  [...]

L'épigénétique

Des fragments de séquences (qui dans le schéma de base ne sont lus que pour faire un seul type de protéine) peuvent en fait être lus pour créer des protéines différentes (un peu comme si pour construire des voitures differentes,on se servait toujours d'une même séquence de base pour construire une voiture et ensuite,pour personaliser la voiture, que l'on se servait de séquences différentes pour construire des voitures de marques différentes,et de modèles et de couleurs différentes ).  [...] Mais si on part du fait qu'une proteine provient non pas de la lecture de l'adn d'un bout à un autre bout,mais au contraire d'un bout a à un bout b puis de là à ailleurs d' un bout n à un bout o et ainsi de suite,alors là les séquences répétitives peuvent jouer un rôle.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage avec plasmide

En premier il faut séquencer le génome pour obtenir les différents fragments d'un gène dont un codant pour la protéine qui nous intéresse et on veut cloner ce gène.  [...] il faut séquencer le génome pour obtenir les différents fragments d'un gène dont un codant pour la protéine qui nous intéresse et on veut cloner ce gène.  [...]

Les bases constituant les protéines

Je crois sincèrement que tu as le temps de voir comment on détermine la séquence et la structure d'une protéine car généralement c'est le genre de truc qu'on voit en L2/L3, et je vois que tu as 17 ans donc tu dois être en terminale.  [...] Ici on fait pareil mais avec la masse séparant les fragments. Connaissant aussi la masse des acides aminés, on peut remonter ainsi à la séquence protéique. Je te passe la détermination des ions a, b, c, x, y, z ainsi que les fragmentations permettant de discriminer les acides aminés isobares.  [...]

[Biochimie] séquençage d'une proteine

Si tu veux séquencer entiérement ta protéine (disons qu'elle n'apparait pas dans ta base de données). Tu peux utiliser la méthode D'Edman, analyser plus de fragments ou utiliser plus d'endoprotéases.  [...] De cette façon, on ne séquence pas de façon séquentielle (acide aminé par acide aminé). Le séquençage n'est possible que si la fragmentation génère assez de fragments différents.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique du "phage display"

En faite se que j'ai compris c'est qu'on insert des gènes dans l'ADN de phage qui seront exprimés et qu'ensuite le phage insert la protéine dans sa membrane. ce qui permet de déterminer la protéine codée par le gène... mais je suis vraiment pas sur d'être le vrai.  [...] En fait, on va introduire dans le matériel génétique du phage les séquences codant pr les fragments Fab et Fc ou juste Fab d'un Ac spécifique d'une protéine voulue et connue. Le phage va donc exprimer à sa surface l'Ac ou une partie de celui-ci (d'où le terme display ).  [...]

[bio mol] Séquencage. RFLP

A propos du 1/, je crois que tu te trompes... la méthode de Sanger consiste à séquencer un fragment d'ADN, pas à le cloner. Et elle ne comporte pas à ma connaissance d'étape de ligation.  [...] RFLP pour polymorphisme (polymorphisme concernant les séquences répétées) des fragments de restriction (fragment contenant la séquence répétée+la séquence unique).  [...]