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[Biochimie] génétique - endonucléases de restriction

Un ADN génomique contenant 40% de guanine est hydrolysé par une enzyme de restriction reconnaissant le palindrome AATT. Quelle est la taille moyenne des fragments générés par l'hydrolyse enzymatique.  [...] Donc la probabilité de trouver un site est (1/4) n avec n la taille du site de restriction. Ce genre de calcul vous amène à conclure qu'une enzyme telle que EcoRI génère des fragments de 4096 pb en moyenne.  [...]

Séquençage

Tu coupes avec une enzymes et tu clones tes fragments dans des BAC dont tu connais la séquence. Tu parts d'une grande quantité de génome donc pas besoin de PCR, tu coupes tout et tu insères tout ça dans tes BAC pour créer une banque d'ADNg. Comment veut tu faire une PCR sur un génome dont tu ne connais pas la séquence.  [...] Cependant cette méthode n'est d'aucune aide pour un séquençage car les morceaux amplifiés obtenus seront répartis aléatoirement dans le génome. Un séquencage classique commence donc en général par la création d'une banque d'ADNg.  [...]

[Biologie Moléculaire] Connaitre séquence génomique....

digestion de restriction avec plusieurs enzymes dont les séquences ne reviennent pas trop souvent (digestions simples et doubles histoire d'avoir les fragments avec plusieurs origines et fins différentes.). Tu as une idée de la complexité du génome (tu peux faire des essais pour voir la taille moyenne des fragments que tu rammènes). Tu fais une banque avec tout cela.  [...] je peux te conseiller le genome walking. C'est une technique qui permet d'analyser des fragments adjacent de proche en proche. La premiere étapes consiste a construire une banque de fragment tagé. Et apres y a une PCR et une nested a faire, avec une amorce spé de ta sequence connu et une amorce spé du tag.  [...]

[Biologie Moléculaire] l'hybridation ADN/ADN "les différent méthodes???"

Par contre si tu ne sais pas quelles bactéries tu as dans ta petite boite, ben il va falloir commencer par des recherches du séquencage et encore de la bioinfo.   [...] Il y a aussi la technique du RFLP. il s'agit de comparer des profils de restrictions par une enzyme à faible fréquence de coupures suivi d'une électrophorèse particulière car il s'agit de distinguer de très gros fragments d'ADN génomiques (électrophorèse en champ pulsé).  [...]

Transcription inverse

EN effet in vitro tu ne synthetises qu'un seul brin d'ADN, Si ton enzyme possede une activite RNAseH alors la partie ARN du duplexe ARN-ADN forme va etre degrade, laissant un simple brin d'ADN.  [...] Reverse Transcriptase AMV can be used for first- and second-strand cDNA synthesis and dideoxy DNA sequencing. The enzyme can also be used for primer extension, RNA sequencing, 3'-end labeling of DNA fragments, generation of single-stranded probes for hybridization, and in genomic footprint experiments.  [...]

[Génétique] Principe de la technique RFLP

Grâce à cette méthode on peut caractériser des morceaux de DNA. Chaque gène, ayant un contenu en base spécifique, aura un nombre de fragments spécifique si on décide de le découper à l'aide de l'enzyme. Si le gène A possède 2 fois la séquence GATC il donnera 3 fragments et si le gène B en possède 4 il donnera 5 fragments (et ainsi de suite).  [...] Si une mutation intervient à cet endroit précis de reconnaissance de l'enzyme (par exemple un GTTC au lieu de GATC), il n'y aura plus de coupure, le gène B par exemple ne donnera que 4 fragment dont un sera beaucoup plus long. C'est ce qu'on appelle un RFLP ( restriction fragment lenght polymorphisme ou en français polymorphisme de longueur des fragments de restriction).  [...]

Besoin que l'on eclaire ma lanterne en Génetique

Est ce que les marqueurs AFLP et RAPD (qui sont bien des marqueurs d'empreintes génetiques ) sont des sortes de marqueurs de types PCR,( comme les microsatellite ou SSR qui eux sont comme la methode RFLP des marqueurs specifique de locus).   [...] En amplifiant par PCR, on obtient alors une série de fragments. Comme les sites de fixations sont variables entre les individus, la longueur des fragments va aussi varier. L'étape finale est l'électrophorèse de ces fragments, qui permet d'obtenir une empreinte spécifique du génome.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de construction d'une banque d'ADNc

Est-ce que vous rajoutez bien la BSA qui est nécessaire pour un clivage optimal par Sfi1 Quel contrôles intra-manip avec vous fait (contrôle de clivage par l'enzyme, de recircularisation du vecteur,...) Quelles bactéries utilisez-vous pour la transformation Avez-vous fait le contrôle de base nécessaire sur la transformation des bactéries. transformation avec un plasmide contrôle.  [...] La vérification du clivage des ADNc par une enzyme de restriction peut se faire si le clivage génère des fragments de taille différente et suffisamment longs. Ainsi par migration sur gel d'agarose, la présence des bandes d'intérêt permet de valider le clivage.  [...]

[Biochimie] Mapping et Bal 31

This is accomplished by noting from the electropherograms the order in which the various restriction enzyme fragments become noticeably shortened or disappear. Using this method, the five cleavage sites for the endonuclease Hpa I and the single cleavage sites for the nucleases Hpa II and Pst I have been mapped in PM2 bacteriophage DNA.  [...] In a more stringent test of the method, 18 of the 24 fragments produced by cleavage of coliphage lambdab2b5c DNA with the Pst I nuclease have been mapped, and five of the six remaining fragments have been assigned to small regions of the genome.  [...]

[Biologie Moléculaire] Fréquence de sites de restriction

La taille du génome de P. aeruginosa est = 6,3^10 6 pb. Donc, avec le calcul ci-dessus, on aura que la taille moyenne des fragments est de 7000pb.  [...] Le nombre de clones indépendants N. dépend de la taille du génome G représenté dans la banque et de la taille moyenne des fragments clonés L (inserts).  [...]