• Forum - Fragments, Digestion, Plasmide, Enzymes, Restriction

[Biologie Moléculaire] Enzymes de restriction sur plasmides- Digestion complète et incomplète

Par exemple, pour un plasmide ayant 3 sites de coupures, le nombre de fragments attendu (théorique) est de 6 si l'on considère tout les fragments possible et imaginable. Mais dans le cas d'une digestion incomplète, comment savoir s'il y aura 1 seul site ou 2 site qui seront impliqué dans la digestion du plasmide.  [...] dites moi svp comment peut on trouver le nombre de fragments d'ADN produits lors d'une double digestion du plasmide pCR-gai par les enzymes de restriction HindIII et EcoRI et leurs tailles respectives.  [...]

[Biochimie] Preparation et analyse de plasmides

* Dans l'analyse par électrophorèse, tu vois des choses différentes en fonction de la conformation de ton ADN. Ainsi, dans le cas simple où on utilise de l'ADN linéaire (ton plasmide en morceaux après la digestion par les enzymes de restriction), plus c'est bas, plus c'est petit.  [...] Le nombre de fragments dépend du nombre de site de restriction qu'il y a sur ton plasmide. S'il y a deux sites, tu auras 2 fragments linéaires, 3 sites 3 fragments etc. Le truc c'est que tu auras forcément un mélange des formes non digérées et des formes digérées (voir des formes partiellement digérées).  [...]

microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

prends ton plasmide et effectue des digestions avec une enzyme de restriction particulière (eco R1 par exemple) ensuite fait ton gel et fait migrer ton produit de digestions.  [...] Une carte de restriction c'est une séquence où tu peux visualiser tout les sites de coupures des enzymes de restriction. Ça peut être une carte d'un plasmide où d'un génome. C'est utile pour savoir la taille de tes fragments obtenue après digestion avec une enzyme de restriction spécifique.  [...]

[Biologie Moléculaire] activite enzymes de restrictions

afin de réaliser une banque de fragments d'ADNg double brin, on dispose de 20 µg d'ADNg que l'on digère par les enzymes de restrictions BaeGl ou Alul. Chacune de ces enzymes possède une activité de 10U/µL (1U coupe totalement 1µg de plasmide de 3000pb possèdant un site unique de restriction pour l'enzyme de restriction considéré en 1h à 37°C).  [...] 2) si l'on veut générer des fragments de 1000pb lors des 2 digestions indépendantes par ces enzymes, expliquer quel est le pourcentage d'ADN que l'on doit couper.  [...]

[Biologie Moléculaire] Carte de restriction électrophorèse

J'ai réalisée une digestion d'un plasmide bactérien inconnu afin de déterminer sa carte de restriction. Pour cela, je l'ai digéré avec des enzymes de restriction. BamHI et EcoRI. J'ai fait une digestion avec chacune des enzymes tampon E pour BamHI et tampon MC pour EcoRI et une avec les 2 dans le tampon MC (activité 75% pour bamhI et 100 pour ecorI).  [...] En supposant que dans la double digestion mes 2 enzymes aient coupé au même endroit, je pense pouvoir multiplier 3090 par 2 soit 6180 pb pour la double digestion ce qui serait cohérent avec les autres résultats. Mais je ne comprends toujours par le résultat de cette double digestion, car selon moi j'aurais du obtenir les mêmes résultats que la digestion EcoRI sinon je ne peux pas trouver la carte de restriction de mon plasmide.  [...]

[Microbiologie] Analyse plasmidique

Je ne comprends pas comment conclure, lorsqu'on obtient plusieurs fragments de taille différentes à l'électrophorèse, qu'il s'agit bien de fragments différents et non du même fragment dans une configuration différente (forme linéaire, surenroulée..).  [...] Lorsqu'on observe des fragments de plasmide sur gel, cela veut dire la plupart du temps qu'on l'a clivé avec des enzymes de restriction. Il n'y a que la forme circulaire du plasmide qui peut être sous forme surenroulée, mais les formes linéaires le restent.  [...]

Purification Séphacryl S-400

Cela fait quelques années que je purifie mes produits de PCR à l'aide d'une petite colonne en séphacryl S-400 (fabrication maison.), en vue de les sous-cloner dans des plasmides d'entrée pour du clonage GatewayTM, entre autre.  [...] J'aurais voulu savoir si le séphacryl S-400 permettait d'éliminer efficacement la Taq pol, car actuellement je voudrais faire du clonage par restriction/ligation. Je sais que la taq pol peut être gênante après digestion des fragments PCR par des enzymes de restriction, puisque les résidus de Taq pol viendraient potentiellement compléter les extrémités collantes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Enzyme de restriction

Alors j'ai un plasmide qui fait 5858 paires de base et on nous dit que l'enzyme de restriction EcoR1 coupe a 1,a 948 et a 1582.On me demande de calculer la taille des fragments obtenus apres digestion du plasmide par EcoR1.Je me demande s'il faut soustraire a chaque fois du nombre total de paires de base du plasmide,le nombre de paires de base que coupe EcoR1Sachant que j'obtiens 3 fragments pour ce plasmide si je ne me trompe pas.  [...] une derniere petite question parcontre,on me demande de calculer aussi les fragments attendus dans le cas ou ou il y a plusieurs sites EcoR1 et ou la digestion serait incomplete.Je ne trouve pas cette question tres claire,donc je ne vois pas trop comment faire.  [...]

plasmide -digestion par enzymes de restriction

Je suis désolée mais je comprends pas ce que je dois faire... J'ai bien compris que si on coupe un plasmide circulaire via une enzyme de restriction il devient linéaire mais les extrémités c'est quoi.  [...] Tu digères un plasmide lorsque tu veux modifier ce dernier, y rajouter un fragment ou en retirer un. On passe avant tout par cette étape de digestion. Après tu as un étape de ligation si éventuellement tu veux recirculariser le plasmide après y avoir insérer un fragment entre XhoI et NcoI.  [...]

[Biotechnologie] Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

Un chercheur dispose d'un vecteur de clonage, le plasmide pLLAGRE, dont il cherhe à déterminer la carte. Pour ce faire, il réalise des digestions à l'aide des enzymes de restriction Hind3 et BsP1 et obtient les fragments suivants.  [...] La première partie du devoir vise à vous faire trouver la taille du plasmide. D'où proviennent les fragments générés par la digestion enzymatique Pensez vous que le plasmide puisse faire 5807 pb alors que la digestion par BspI génère un fragment de cette parmis d'autres.  [...]