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[Biologie Moléculaire] enzyme de restriction

J'ai un problème avec une digestion d'ADN amplifiés par PCR par l'enzyme de restriction Mnl1, une bande supplémentaire que je n'attendais pas apparaît, alors que ma PCR est spécifique et n'est pas contaminée. Mes réactifs de digestion non plus ne sont pas contaminés, j'ai vérifié avec le blanc de PCR.  [...] Cet effet Star n'est pas connu pour l'enzyme Mnl1, mais j'ai constaté que le fournisseur avait récemment changé de tampon de réaction pour cette enzyme, et moi j'ai utilisé l'ancien, ça a peut-être un lien...en tout cas, merci de vos réponses.  [...]

difference entre le ph optimum et le ph isoelectrique

Le pH optimum est le pH où l'enzyme fonctionnera le plus efficacement (meilleur rendement) tandis que le pH isoélectrique comme tu l'a indiqué est un outil pour définir sa charge en fonction du pH.  [...] Vous ne pouvez changer le pH optimum il est défini par le fournisseur avec le tampon enzymatique etc... et fait parti des caractéristiques de l'enzyme.  [...]

[Microbiologie] digestion de plasmide

Si dans le tampon que tu as utilisé y a des nucléases, tu peux balancer ta restriction que tu as faites (car ton ADN est coupé dans tous les sens) et la refaire avec un tampon plus adapté. Si je me trompe pas, un bête tampon H fera l'affaire pour une digestion EcoRI de pBluescript (le tampon est fourni avec l'enzyme).  [...] H buffer est le buffer pour l'enzyme promega. Pour la même enzyme chez NEB ce sera n'importe quel tampon (NEB1 à 4). Chez fermentas, c'est le orange buffer. Chez Roche se sera le buffer A... Il va sans dire que tous ces buffers sont différents. La bonne pratique recommande d'utiliser le buffer correspondant à l'enzyme du fournisseur.  [...]

Bioluminescence

En TPE, nous avons une question, pourquoi l'ATP nécessaire à la réaction, n'intervient pas en tant que fournisseur d'énergie et va servir à activer le substrat (la luciférine) de manière à ce qu'il puisse réagir avec l'enzyme.  [...] Tu vois, en premier lieu, que toutes les réactions se passent avec les substrats attachés à l'enzyme. C'est très important parce que sinon, l'activation de la luciférine pourrait être court-circuitée par l'hydrolyse seule d'ATP, ce qui aboutirait à une perte sèche d'énergie.  [...]

Conséquence de la concentration d'un tampon électrophorèse sur l'intensité

Le kit utilisé permet simplement de montrer l'action des enzymes de restriction aux élèves de terminales S. L'alimentation utilisée est, selon le fournisseur, étudiée spécialement pour réaliser ce type de gels. J'imagine donc que c'est un problème de tampon.  [...] Je suis d'accord avec Annaick_R. Essaye du tampon 1x ou 0.5x avec une concentration d'agarose de 0.8% sur un petit gel, voir même 0.6% comme dit plus haut. Ton kit de lambda digéré c'est un vecteur c'est bien ça Donc s'il est digéré tu devrais voir une bande assez haut sur ton gel (dans les 2kb environ) et tu peux laisser migrer moins longtemps.  [...]

alpha amylase

Est-ce quelqu'un peut me dire svp comment préparer 100 ml d'une solution d'alpha amylase à une activité 17400 unités Liquefon/ml, sachant que les données qui se trouve sur le flacon de l'enzyme est.  [...] Par exemple, la définition de l'unité est différente pour une enzyme de restriction comme BamHI (qu'on utilise en biologie moléculaire) et pour l' alpha-amylase.  [...]

[Biochimie] extraction protéines membranaires à partir de tissu cérébral congelé (pour étude de co-IPP)

Sinon je compte faire sur ces mêmes homogénats un fractionnement subcellulaire avec tampon sucrose EGTA MgCl2, inhib proteases, j'ai testé en WB, ma fraction cyto est bien pure (pas d'histones), mais la fraction nucléaire est un peu contaminée par les prot cytoplasmiques (actine notamment), mais il paraît que c'est normal. qu'en penses-tu.  [...] On utilise un bloqueur de protéinase dissous dans un tampon tris (TBS). Il en existe de nombreuses sortes, prend le temps de choisir le bon chez ton fournisseur préféré.  [...]

[Biologie Moléculaire] Protocole pour une ligature + tranformation ?

Première question à se poser. Tes enzymes sont elles compatibles entre elles Si tu les as du même fournisseur (le plus simple quand même) tu peux aller voir leur charte d'enzyme de restriction en générale disponible sur internet. Choisi bien ton buffer.  [...] vous préparez un buffer intermédiaire qui va vous permettre de transformer votre milieu de réaction 1 en un milieu de réaction pour l'enzyme 2. C'est un peu chiant. Dans ces cas là je passe à 60 ou 75µl final.  [...]

[Biologie Moléculaire] Température d'hybridation et MacVector

J'ai désigné deux amorces avec le logiciel MacVector pour faire une réaction PCR. La première amorce sens est de 27 bases et la deuxième antisens est de 21 bases. Lorsque j'ai fait le test des amorces par MacVector, il m'a dit que c'est bon pour les deux amorces et que la température de fusion Tm est de 62,1 pour les deux, et donc je peux conclure que la bonne température d'hybridation est 57,1.  [...] Le mieux pour savoir quelle TM appliquer c'est d'aller sur le site de votre fournisseur de polymérase, normalement ils ont un TM calculator qui prends en compte la concentration des primers, la concentration saline et l'enzyme choisie. Voir par exemple. ici, là ou encore là.  [...]

[Biochimie] Paramètres western blot

Je fais beaucoup de western sur des proteines de 150 et 155Kda. J'utilise un gel 4-12% bis-tris precast (NuPage Novex bis-tris). Je migre dans du tampon MOPS (je te laisse regarder sur le site fournisseur la compo) et ca me donne une super resolution.  [...] Mais c'est un systeme special, je pense que tu devrais te renseigner sur le site fournisseur. C'est environ $10 / gel, mais c'est nettement plus pratique, surtout si tu veux faire de la quantification. Les gels sont totalement reproductibles.  [...]