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[Biologie Cellulaire] Fixation d'une protéine à l'ADN

[Biologie Cellulaire] Fixation d'une protéine à l'ADN.  [...]

Fonction "DNA binding"

L'homéodomaine correspond à une partie d'une protéine qui se fixe à l'ADN. Ainsi, l'homéobox d'un gène correspondra à ce domaine de fixation à l'ADN.  [...] D'accord, merci Mais du coup, il existe un homéodomaine pour toutes les protéines ou seulement pour celles qui agissent sur l'ADN.  [...]

[Divers] [biologie du developpement] développement des membres

Mais la grosse originalité est qu'une hélice de cette protéine s'enfonce dans le petit sillon qu'elle élargit sans pour autant dénaturer l'ADN. Elle y établit des interactions hydrophobes mais surtout entre en contact avec une guanine via un carbone de sa chaine principale (le squelette peptidique de la protéine.  [...] Le mode de fixation est original en plusieurs aspects. Le premier est qu'il intéresse le grand et le petit sillon de l'ADN. Mais la grosse originalité est qu'une hélice de cette protéine s'enfonce dans le petit sillon qu'elle élargit sans pour autant dénaturer l'ADN.  [...]

[Génétique] Retard sur gel

si j'ai une bande. cela signifie qu'il ya un site de fixation entre mon brin d'adn et ma protéine.  [...] le premier c'est adn + protéine A ou bien adn+ complexe protéique A.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique SELEX aidez moi!

2. On produit une protéine que l'on va fixer sur une résine. Procéder avec des anticorps coute cher vu qu'il faut renouveler les billes à chacune des étapes... On procèdera plutôt avec une protéine taguée avec des trucs du genre polyHis (pET), GST (pGEX), Halo (pHaloTag), etc.  [...] Comme nous avons généré un grand nombre de fragments d'ADN aléatoire, si notre protéine a une affinité pour l'ADN, elle trouvera son site de fixation. On rince et on élue.  [...]

[Biologie Cellulaire] Contrôle de l'apoptose : rôle de NFkB ???

Je suis en train d'étudier des ensembles expérimentaux sur l'apoptose et son contrôle. je n'ai pas très bien saisi le rôle de NFkB (Nuclear Factor kappa B). je sais qu'il y a tanslocation dans le noyau après phosphorylation de l'inhibiteur Ikb par le TNF, puis fixation sur un promoteur de l'ADN après une seconde phosphorylation, où il augmente considérablement la transcription (après liaison avec une protéine p330) de ce gène.  [...] j'avais globalement ce genre de situation, et en fait on nous proposait deux études. l'une ou NFkB semblait moduler l'apoptose, après activation par le TNF, comme dans ton exemple.   [...]

Interaction ligand-protéine

En enzymologie que veulent dire les notions de sites équivalents et indépendants.   [...] Cela veut dire que la fixation d'un ligand sur un site de fixation d'une protéine en comportant plusieurs ne modifie pas la fixation d'autres ligands sur les sites de fixation voisins.  [...]

[Biologie Moléculaire] qPCR

Ce phénomène serait-il dû à une saturation du milieu réactionnel en Sybr Green, qui inhiberait la fixation correcte des molécules de Sybr Green sur les doubles brins d'ADN pendant l'établissement de la courbe de fusion.  [...] La fixation du SybrGreen sur la molécule d'ADN est en fait encore à l'heure actuelle assez peu connue, il y a des effets qu'on ne soupçonnait pas comme une préférence de site de fixation (S. Giglio, P.T. Monis, C.P. Saint, Demonstration of preferential binding of SYBR Green I to speciWc DNA fragments in real-time multiplex PCR, Nucleic Acids Res. 31 (2003) e136.).  [...]

Au secours la RMN va finir par m'achever...

guil,juste une petite précision... pourrais tu me dire si à partir de ces spectres, on peut identifier le site de fixation du ligand sur la protéineJe précise. en cours, on nous a montré 2 spectres, 1 de la protéine et un protéine + ligand saturés, et on voit effectivement certains pics correspondant à la protéine seule et donc par déduction les autres pics observés sont ceux du ligand, mais peut on à partir de ces deux enregistrements préciser le site de fixation du ligand sur la protéine.  [...] Par contre le % de saturation des noyaux du ligand varie, selon son interaction avec la protéine, le transfert de saturation va être plus ou moins fort. Tu peux ainsi avoir une idée quel motif du ligand est au contact avec la protéine, mais pas d'informations spatiales sur le site de fixation protéique.  [...]

[Biochimie] Protéine G

Avant la fixation du ligand la sous unité ± est liée au complexe ²³ (Pas de dissociation) et la protéine G n'est pas liée au récepteur.  [...] Après fixation du ligand la protéine G se lie au récepteur, la sous unité ± échange son GDP contre du GTP et se sépare du complexe ²³.  [...]