• Forum - Extrait, Protéines, Intérêt

[Biochimie] pH protéines hydrosolubles animales

Le pH des protéines hydrosolubles n'a pas d'importance dans la solubilisation des protéines. Il faut simplement être dans un tampon permettant de maintenir les protéines en solution.  [...] Comment pourrai-je vérifier que les protéines d'intérêt sont bel et bien dans ma solution Par un dosage par la méthode de Bradford par exemple.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction protéines pariétales

Dans le but de faire un western-blot avec un anticorps (polyclonal) je me lance dans des extractions de protéines. Seulement (pas de bol) ma protéine d'intéret est ancrée dans le peptidoglycane de ma bestiole de façon covalente (motif LPXTG). Pour info je bosse sur une bactérie G+ qui a la mauvaise idée de résister au lysozyme.  [...] Sinon euh... je sais que moi j'extrait mes protéines par variation du pH en connaissant le pHi de mes molécules d'intéret (ph9 en récupérant le surnageant puis précipitation à pH 4,5 mais je ne sais pas si ça pourrait t'être utile).  [...]

[Biochimie] Extraction et dosage des protéines

Ensuit je transfert le tout dans du Ripa et j'extrait les protéines. Je me retrouve encore avec plus ou moins de cellules sanguines dans ma solutions dues à la lyse. Je n'ose pas l'éliminer car se trouvent également mes protéines d'intêret. Ceci affecte mon dosage (méthode de Bradford).  [...] En fait, lors de la lyse de mon tissu avec le Ripa, j'extrait en même temps que mes protéines tissulaires, des cellules sanguines qui n'avaient pas été éliminées lors de mon lavage de tissu lors du prélèvement. Je crois que je n'ai plus qu'à diluer au maximum même si je suis dans la limite du dosage. merci en tout cas.  [...]

[Biochimie] Rendement et facteur de purification

Dans ce cas, le rdt serait. combien de % de la protéine que j'avais dans l'extrait initial j'ai réussi à purifier dans mon extrait final tandis que le facteur de purif serait de combien ai-je réussi à enrichir mon extrait initial en la protéine voulue c'est ça.  [...] Normalement, il y a notre protéine d'intéret A + pleins d'autres protéines dans l'extrait initial. On a donc une activité totale x dans cet extrait qui est proportionnelle à la quantité de A dans l'extrait.  [...]

[Biologie Cellulaire] Contrôler la pureté des protéines

Comparer un gel au bleu de Coomacie avec un western me parait être une bonne idée mais est-on sur que dans l'extrait protéique il n'y aura que la protéine que l'on veut étudier Si on utilise un anticorps contre notre protéine d'intérêt on ne verra qu'elle mais cela ne veux pas dire qu'il n'y a pas d'autres protéines que l'on ne voit pas.  [...] Si tu travailles à partir d'un extrait protéique brut, ton gel coomassie contiendra beaucoups de bande mais dans le cas d'une surexpression de ta protéine d interet, la bande proiminante devrait migrer comme celle de ton WB.  [...]

[Biochimie] analyse résultat d'IP

Je ne comprends pas dans les figures B et C (respectivement immunoprécipitation et pulldown) à quoi correspond les colonnes 1/10 input Dilution au 1/10e mais de quoi Pourquoi les bandes sont plus épaisses.   [...] Input, c'est le western effectué sur l'extrait avant IP. Il contient donc toutes les protéines et sert a vérifier que dans ton extrait, la protéine dont tu étudies l'interaction avec ta cible de précipitation est bien présente.  [...]

[Biologie Moléculaire] Immunoprécipitation et immunodéplétion

je ne suis pas sûre de ma réponse, mais pour moi les 2 techniques reposent sur le même principe. Mais la différence c'est que dans une immunoprécipitation, ce qu'on cherche c'est d'isoler notre protéine d'intérêt de toutes les autres présentes dans l'extrait protéique afin de l'étudier spécifiquement.  [...] Par exemple, on peut étudier une interaction entre 2 protéines. Alors que dans une immunodéplétion on voudra analyser l'extrait protéique déplété d'une protéine en particulier. On peut s'en servir par exemple pour savoir si une protéine est indispensable pour activer un checkpoint, etc.  [...]

[Biochimie] Qu'est-ce qu'un sac à dyalise ?

Imaginez un extrait cellulaire. On a des polysaccharides, des lipides, des acides nucléiques, et des protéines de toutes tailles. On choisit de dialyser l'extrait car on a une protéine de 200 kDa qui nous intéresse, mais elle est perdu au milieu de toutes ces molécules.  [...] concentrations molaires identiques à l'extérieur du sac de dialyse et à l'intérieur. En revanche, les protéines de taille supérieure à la porosité resteront dans le sac de dialyse. Le résultat est que la concentration en protéine de taille supérieure à 150 kDa reste inchangée dans le sac de dialyse, par contre, les molécules de taille inférieure seront beaucoup moins concentrées dans le sac de dialyse, puisqu'elles seront partie à l'extérieur pour équilibrer les deux compartiments (intérieur/extérieur).  [...]

[Biologie Moléculaire] Retard sur gel

Est-ce que dans une expérience de retard sur gel on peux faire interagir l'ADN avec tout un extrait de protéines Si c'est le cas comment peut-on savoir après de quelles protéines il s'agit.  [...] Sinon, en absence d'anticorps, on peut aussi utiliser un extrait protéique qui ne possède pas la la protéine en question (Knock down, ou KO s'il est disponible), et observer une diminution / absence du retard.  [...]

[Biologie Moléculaire] Régulation de NFAT5

Donc l'idée est de faire une immunoprécipitation des protéines ubiquitinilées. Puis un western anti ubiquitine permet de voir l'ensemble des protéines précipitées. Ensuite, sur le même extrait on fait un western anti NFAT5 afin de savoir si il fait partie des protéines précipitées.  [...] La panneau input correspond à l'extrait protéique qui ne c'est pas fixé sur les billes (non immunoprécipité). C'est un contrôle qui permet de s'assurer que les protéines sont quand même présentes dans l'extrait au départ. Si on ne le fait pas on est jamais certain que NFAT5 est présent dans l'extrait initial et du coup un résultat négatif pourrait simplement correspondre à une absence de protéine.  [...]