• Forum - Extrait, ARN, ADN

[Biologie Moléculaire] Détermination de la zygotie avec les microsatellites

Nous n'avons pas d'ADN génomique pour nos patients. Nos prélèvements du sang de cordon sont faits sur des tubes PAXgene de conservation et stabilisation d'ARN, puis, une fois l'ARN extrait, nous obtenons de l'ADNc à l'aide d'une RT-PCR.  [...] L'ADN complémentaire étant composé uniquement des régions exoniques, est-il possible de réaliser le test des microsatellites Si on veut utiliser de l'ADNc il faudrait trouver des polymorphismes exoniques suffisamment informatifs pour distinguer des jumeaux.  [...]

[Biologie Moléculaire] problème dosage au Qubit Invitrogen

La technique Qubit est beaucoup plus précise que le nanodrop. Pour ma part, j'utilise le ribogreen (ARN) et picogreen (ADN) (même principe que Qubit) et j'ai toujours des concentrations inférieures comparées au nanodrop.  [...] Certes c'est une hypothèse à laquelle j'avais pensé mais cela signifierai que nos clients ont extrait plus d'ARN que d'ADN. Mais bon c'est possible après tout, on a déjà vu pire ici (pas d'ADN du tout par exemple).  [...]

[Biotechnologie] Principe de la PCR

La PCR permet donc d'obtenir par réplication in vitro de multiples copies d'un fragment d'ADN à partir d'un extrait. L'ADN matriciel peut tout autant.  [...] être de l'ADN génomique que de l'ADN complémentaire obtenu par RT-PCR à partir d'un extrait d'ARN messagers (ARN poly-A), ou encore de.  [...]

[Biologie Moléculaire] ARN contaminé par de l'ADNgénomique

Si j'augmente le nombre de cellules je me retrouve contaminé avec de l'ADN. Si je me souviens bien, ils disent dans le protocole que la colonne peut fixer 100µg d'ARN. C'est vrai, mais à condition que tu ais un extrait sans ADN ou trés peu contaminé. Qd je veux des grosses quantitées d'ARN, je fais des extractions trizol sur de grandes quantité de cellules, je degrade mon ADN puis je passe le tout sur colonne qiagen pour concentrer les ARNs (avec traitement turboDNA free).  [...] Je viens de rechercher sur le net des explications sur la contamination ADN que j'obtiens en réalisant mes extractions ARN et je suis tombée sur le forum de futura science où en janvier 2003 yoyo indiquait qu'il y a certaines taq qui peuvent reverse transcrire de l'ARN.  [...]

Pourquoi extraire de l'ARN

Je viens de faire un TP dans lequel nous avons extrait de l'arn par la méthode de Chomczynski et Sacchi (guanidine, thiocyanate, phénol, chloroforme). J'aimerais connaitre les applications de cette technique. Existe t-il des techniques plus efficaces que celle-ci D'autre part, est-il parfois plus intéressant d'extraire de l'arn que de l'adn Merci d'avance.  [...] De plus dans les cellules d'organismes sup, travailler sur l'ADNc (a partir de l'ARN donc) permet d'eviter la presence d'introns.  [...]

[Biologie Moléculaire] Transcription in vitro de sondes ARN marquées

J'ai extrait des ARN à partir du tissu cible, fait une RT puis une PCR avec des primers couplés à des promoteurs T3 ou T7. J'ai fait migrer les produits, extrait l'ADN sur gel, et fait une deuxième PCR sur cet ADN.  [...] Jusque là tout va bien, à part peut-être de légères bandes trop hautes sur ma deuxième PCR. Ce qui est assez étrange vu que j'ai extrait l'ADN sur gel (j'ai isolé ma bande d'intérêt), et qu'elles n'apparaissaient même pas sur la première PCR avec des cDNA totaux.  [...]

[Biologie Moléculaire] Solution Q du kit Qiagen

Il y a effectivement aussi une étape a la DNase. Mais celle-ci n'est cependant pas obligatoire. tout dépend de la manip que tu veux réaliser après avoir extrait tes ARN. Si avoir un peu d'ADN ne dérange pas, alors tu peux passer sur cette étape.  [...] - une chose est sûre. les ARNs ne restent pas fixés par le biais de leur queues poly A. Ici, tu extraits des ARN TOTAUX et pas seulement des ARNm (pourvu eux d'une queue polyA). Ces ARN totaux se fixent sur la colonne de silice grâce au thiocyanate de guanidine.  [...]

Identification des acides aminés d'une plante

Pour séquencer, effectivement il faut du matériel de départ. ADN ou ARN, ça ne donne pas les mêmes informations. SI tu t'intéresses aux protéines, il faut mieux travailler sur du cDNA obtenu a partir d'ARN. Ca n'est pas plus simple expérimentalement, puisque une fois l'ARN extrait (plus délicat que l'ADN), il faut le rétrotranscrire en ADN (réactifs assez onéreux) et ensuite le séquencer comme on ferait avec de l'ADN génomique.  [...] Toi si tu fais un extrait, il y a des milliers de substances qui peuvent migrer sur une CCM. Il faudra peut être passer par une purification des AA, mais je n'ai aucune idée du protocole.  [...]

[Biologie Moléculaire] Fragment de Klenow - glace- séparation brins

Je n'ai en effet pas précisé que je travaille sur extrait d'ARN viral. Il y a d'abord la synthèse d'un premier brin ADNc par une rétrotranscriptase SuperScript III (ce run de RT se termine par 70° pendant 15min) puis je me sers de la Klenow pour synthétiser le second brin d'ADN.  [...] Dans ce cas oui cela ne coute rien et ne craint rien de mettre les RT dans la glace apres inactivation de la SSIII pour éviter les hétéroduplex ADN/ARN. Par contre dire si c'est indispensable.  [...]

[Biochimie] Conservation ADN

Il existe plusieurs moyen d'extraire l'ADN, le plus classique étant le phénol/chloroforme (l'ARN ne s'extrait pas au phénol choloroforme mais plutôt au trizol/chloroforme/isopropanol). Assurez vous que ce que vous avez conservé était propre. Si c'est juste un digest de tissu il y a quand même des risques que les DNAses aient bien fait leur boulot.  [...] Oui c'est bien de l'ADN que j'ai extrait. j'ai utilisé un protocole à base de SDS 20%, par la suite j'ai utilisé le phénol-chloroforme-isoamyl dans une série de 4 centrifugations. ayant obtenu mes pelotes après avoir rejouté de l'éthanol, j'ai suspendu dans du TE et conservé à 4° comme je l'ai dis plus haut.  [...]