• Forum - Extraction, Particulier, Tissus

[Biologie Moléculaire] protocole extraction ADN tissus formolés et non inclus en parffine

on me demande pour un cas particulier (nécropsie) dont l'ADN est surement dégradé, de tester une extraction d'ADN sur un tissus fixé au formol 10% et non inclus en paraffine.  [...] Pour les manips de ChIP, on extrait de l'ADN de cellules crosslinkées au formaldéhyde (formol si tu veux) donc ce genre de protocole pourrait coller. Si jamais tu t'orientes vers ce genre de protocole, attention à bien digérer à la protéinase K avant extraction de l'ADN.  [...]

Propriétés du pigment indigo...

j'aimerais savoir quelles sont les particularité du pigment indigo, comme ses capacités de fixation sur des tissus, ou encore si quelqu'un pouvez m'informer sur certaine de ses propriétés notamment au niveau de son extraction.  [...]

[Biochimie] Congélation dans l’azote liquide puis conservation dans le congélateur -80c°

Ma question est la suivante. je dois laisser l'organisme dans l'azote liquide combien de temps au minimum Après l'avoir extrait de l'azote liquide, j'imagine que je dois le mettre immédiatement dans le congélateur réglé et mis en marche au préalable à -80 c°, mais au moment de l'analyse, quand j'extrais l'organisme du congélateur je dois attendre combien de temps pour la décongélation, et dans quelle température amiante doit s'effectuer la décongélation.   [...] Pour l'extraction de protéines sur tissus congelés, je laisse le tissu décongeler dans le tampon d'extraction à 0-4°C (dans la glace) en attendant le broyage.  [...]

[Génétique] meilleur conservateur d'ADN

L'ethanol 70% à -20°C est très bien pour conserver l'ADN. Ceci dit, si tu ne conserves les tissus que pour en extraire l'ADN, à ta place, je ferais deja une extraction, je pelotterais l'ADN et je le conserverais ainsi à -20°C, flottant dans l'ethanol.  [...] Juste que nous, apres la dissection, on met le tissus entier a -80 C en faisant le snapp freeze a l'azote liquide... ca marche tres tres bien.  [...]

[Biologie Moléculaire] Reprise du culot d'ARN

Je compare et mets au point différents type d'extraction d'ARN en fonction du temps, du coup et des tissus. J'en viens à l'extraction classique au trizol. Ca m'est arrivée de perdre mo culot apres l'etape de precipotation à l'isopropanol lors de l'élimonation du siurnageant.  [...] Tu peux aussi utiliser du glycogène que tu rajoutes avant la centrifugation. Tu visualiseras bien mieux ton culot et beaucoup moins de risques de le perdre.   [...]

Real Time -RT-PCR

Donc d'un point de vue methodologique rien de particulier dans l'extraction des ARNs (trizol) et dans la reverse transcription.  [...] Ensuite il faut que tu definisses deux trois paires d'oligos dans la region 3' de tes RNAs cibles (le site primer3 est pas mal) et que tu testes les couples pour voir celui qui va le mieux sur une machine PCR classique. Tu optimises les conditions et hop. c'est parti.   [...]

[Biologie Moléculaire] Conservation de tissus à -80°C

Dans les fait j'ai prélevé des tissus il y a 4 mois en vue d'une extraction simultanée protéines/ARN. J'ai eu à bosser sur autre chose entre temps et je commence à m'inquiéter un peu quand à l'intégrité de mes ARNs.  [...] Dipediou, c'est pas mal le RNA later (on en utilise d'ailleurs). Mais dans mon cas j'extraie les ARN et les protéines à partir des mêmes échantillons. Le RNA later ne permet pas d'extraire les protéines, donc je n'avais que le choix de la congélation.   [...]

[Biologie Moléculaire] purification de ARNm procaryote

Par la suite, tu cherches à séparer des ARNm procaryotes d'eucaryotes. Ici c'est une autre histoire. Tu pourrais imaginer des méthodes visant à identifier les protéines fixées sur les ARNm. Par exemple, chez les eucaryotes la maturation de l'ARN fait appel à un épissage qui laisse des traces sur l'ARNm.   [...] merci htu pour ta reponse, pour ta question on cherche a étudier le transcriptome de pseudomonas dans un tissus pulmonaire, on aura forcement des eucaryotes lors de l'extraction de notre échantillon, c'est pour cela qu'il nous faut séparer eucaryote/procaryote.  [...]

[Biologie Moléculaire] Western Blot HIF 1 alpha et HIF 2 alpha

Et c'est des hétérodimères mais je me trouve pas leur poids moléculaire séparemment les connaissez-vous car peut être qu'il reconnaitrait un des dimères.   [...] Pouvez vous m'en dire plus sur votre expérience (in vitro ou in vivo. types de tissus ou types cellulaires, méthode d'extraction des protéines), juste pour votre info, HIF-1 et 2 alpha se dégradent très rapidement en milieu non-hypoxique (entre 1 et 5 minutes ).  [...]

NanoDrop vs Qubit : quelles valeurs utiliser?

Dans le cadre de mon stage, je suis amené à réaliser une purification de l'ADN extrait de tissus FFPE. Suite à ma purification, j'ai réalisé une mesure de la concentration en ADN et de la teneur en contaminants au NanoDrop, ainsi qu'une mesure au Qubit afin de déterminer la concentration en ADNdb.  [...] Concernant mon stage. je suis censé développer une méthode d'extraction à partir de tissus FFPE en vue d'une CGH. Quelles valeurs me conseilleriez vous de donner dans mon rapport La concentration au Nanodrop+celle du Qubit Seulement le Qubit Ou bien un rapport entre les deux.  [...]