• Forum - Extraction, ARN, Vue

[Biologie Moléculaire] Conservation de tissus à -80°C

Dans les fait j'ai prélevé des tissus il y a 4 mois en vue d'une extraction simultanée protéines/ARN. J'ai eu à bosser sur autre chose entre temps et je commence à m'inquiéter un peu quand à l'intégrité de mes ARNs.  [...] Dipediou, c'est pas mal le RNA later (on en utilise d'ailleurs). Mais dans mon cas j'extraie les ARN et les protéines à partir des mêmes échantillons. Le RNA later ne permet pas d'extraire les protéines, donc je n'avais que le choix de la congélation.  [...]

Dégradation des ARNs DNAsés ?

J'ai un petit soucis avec mes manips en ce moment. En vue de quantifier des ARNm spécifiques, une extraction d'ARN au trizol à été effectuée, puis Dnase des RNA (avec RQ1) et RT avec oligo dT, puis finalement PCR radioactive. Le problème, c'est que les témoins pour la PCR ont marché, mais aucun de mes ARN n'a été amplifiés.  [...] Est il possible pour toi de faire une extraction de tes ARN via un kit Qiagen Il n'utilise pas le Trizol et est peut etre moins dégradant. Pour info, je fais mes extractions en kit Qiagen et je passe par l'étape facultative de DNaseI. Je n'ai jamais eu de problèmes personnellement.  [...]

[Biologie Moléculaire] ARN dégradé apres traitement DNase

Je fais des extraction ARN sur Plasmodium falciparum avec le Kit ### en vue des qRTPCR. Mes genes cibles n'ont pas l'intron donc je suis obligée de faire un traitement DNase ( ### ). Malheureusement apres ce traitement je constate que mes ARNs sont complétement dégradé.  [...] Une RNase plutôt. Sinon, as-tu essayé de faire l'extraction sans DNase, car la dégradation des ARNs peut aussi provenir d'un souci survenu au cours de l'extraction. contamination ou autres. Le fournisseur de la DNase affiche bien la mention RNase-free je suppose(ce qui ne veut pas dire que ce soit fiable à 100%...).  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction d'ARN à partir de coupes cryostat

je cherche à extraire de l'ARN d'un bloc de tissu congelé dont il faut que je controle la morphologie. Je souhaite donc faire des coupes au cryostat, en colorer une, et faire mon extraction sur une ou plusieurs autres.  [...] Puis-je faire des coupes que je congèle à -80°C avant de lyser et d'extraire l'ARN Ou vaut-il mieux que je lyse mes coupes, puis que je congèle le lysat à -80°C en vue d'une extraction plus tard.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction des ARN par la méthode phénol/chloroforme

j'aurais une petite question au sujet de l'extraction des ARN totaux par la méthode au phénol chloroforme.  [...] J'ai fait pas mal d'extraction d'ARN par cette méthode et je n'utilisais pas ces sels.  [...]

[Biologie Moléculaire] Difficultés pour solubiliser de l'arn

Suite à une extraction d'ARN totaux à partir de larves de Trichinella (nématode) j'ai des difficultés pour ressolubiliser mon ARN. Mon protocole est basé sur une extraction classique au phénol-chloroforme et à la fin un lavage à l'éthanol 75% et séchage. Le séchage de mon culot s'est fait en étuve à +37°C puis resupension dans de l'eau Rnases free.  [...] En fait j'ai réussi à ressolubiliser une partie de mon culot en refaisant une extraction phénol-chlo. Néanmoins, il me reste une partie insoluble. Pensez-vous que pour faire ma banque d'ADNc je devrais refaire une extraction où je peux travailler avec mon culot dissout En gros, j'ai peur que ne se sont dissoutes que certaines catégories d'ARN, lesquelles je ne sais pas mais c'est possible.  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction faible qté ARN

Salut. j'utilise habituelement l'extraction phenol/chlorophorme et glycogene pour extraire les arn des mes cultures cellulaires.. et le rendement est amliore, pas de facon faramiseuse, mais il y a une difference qui justifie l'achat.  [...] Pour répondre à Greg concernant mes quantités et protocoles, je ne travaille pas sur des cellules mais sur de l'ARN circulant dans le sang d'où les faibles quantités obtenues et la fragilité des ARN. J'ai utilisé la méthode d'extraction au Trizol puis passage sur une colonne rneasy mini kit.  [...]

Real Time -RT-PCR

Donc d'un point de vue methodologique rien de particulier dans l'extraction des ARNs (trizol) et dans la reverse transcription.  [...] Avant de faire ta RT, verifie par une PCR qui marche bien que tu n'as plus du tout de contamination ADN (une PCR de 45 ou 50 cycles par ex).   [...]

[Biochimie] L'acétone à froid dans l'extraction de l'ARN

après avoir cherché à plusieurs reprises sur internet, je n'ai pas réussi à trouver le rôle de l'acétone à froid dans l'extraction de l'ARN.  [...] On me l'avait expliqué comme étant une étape de purification, toutes les molécules qui pouvaient se fixer sur l'acide nucléique ne pouvait le faire dans l'acétone. Sur le moment, j'avais pris ça pour argent comptant, mais maintenant, c'est vrai que c'est intéressant comme réflexion.   [...]

[Biologie Moléculaire] Nettoyage d'ARNs & Transfert de protéines

1) J'ai des ARNs que je voudrait nettoyer. La DO 260/280 est bonne (. 2) mais je suis apparemment contaminé par les sels du tampon RLT (extraction sur colonne) puisque ma DO 260/230 n'est que de 1,3. Est-ce que vous pensez que ça peut poser un problème pour les envoyer en Q-RT-PCR Et si oui, pour éliminer ces sels, est-ce qu'une simple précipitation à l'isopropanol (+lavages à l'EtOH) suffirait.  [...] Pour l'extraction d'ARN, la contamination vient bien du fait que j'ai utilisé du tissu congelé (jeté dans le tampon RLT à 20°C). Le commercial m'a conseillé de chauffer les échantillons juste 5 min à 30°C après broyage puis de bien vortexer pour dissoudre les sels.  [...]