• Forum - Extraction, ARN, Méthode

[Biologie Moléculaire] Extraction des ARN par la méthode phénol/chloroforme

j'aurais une petite question au sujet de l'extraction des ARN totaux par la méthode au phénol chloroforme.  [...] J'ai fait pas mal d'extraction d'ARN par cette méthode et je n'utilisais pas ces sels.  [...]

[Biochimie] Problème Extraction ARN totaux méthode Trizol-Chloroforme

Je viens de terminer pour la 6ème fois mon extraction d'ARN totaux à partir de cerveaux de souris par la méthode du Trizol puis Chloroforme et j'ai toujours le même problème. Au final, j'ai une très faible concentration d'ARN (de l'ordre de 200ng/µL).  [...] J'explique en quelques lignes ma méthode. Une fois avoir prélevé le cerveau, je le coupe en 6 parties que je mets chacune dans un tube. J'y ajoute 1 mL de Trizol, je broie le tout au polytron (3x10secondes). Une fois broyé, je centrifuge le tout pendant 15min.  [...]

[Biologie Moléculaire] problème migration ARN gel agarose

J'ai fait une extraction ARN méthode Qiagen RNeasy sur 50 mg de foie de rat, je n'ai pas encore dosé l'ARN, mais effectué un gel qui me donne cette image. Je ne trouve pas mes 2 bandes habituelles. Le gel est TBE 10% agarose+ 3µl BET et dépot avec 5µl de mon extraction+1µl bleu de charge.  [...] L'image ne peut pas être visualisé pour le moment, mais un gel à 10% cela me semble énorme. Je suppose que tu ne dois voir qu'une grosse patate tout en haut du gel avec peut-être un peu de smir de dégradation...les ARN migrent bien sur des gels à 0,5-1%.  [...]

[Microbiologie] Isolation ARNm bacterien

Je dois isoler l'ARNm de bacteries dans le but de faire des analyse d'expression génomique et de transcirptomique et je voudrais savoir si quelqu'un à une méthode qu'il a déjà essayé (ou un kit en particulier) et qui fonctionne bien.  [...] Toutes les méthodes d'extraction d'acides nucléiques marchent pour l'extraction des ARN totaux. Je ne connais pas de méthode qui isole spécifiquement les ARNm.  [...]

Beljanski et la transcriptase inverse

La transcriptase inverse ( aussi appelée reverse transcriptase, retrons, polymerase RNA-dependant...), une enzyme capable de fabriquer un brin d'ADN complementaire à un brin d'ARN, c'est à dire dans le sens inverse ARN-. ADN. Sa découverte a facilité la comprension des mecanismes tels que les retrovirus, a permis aussi d'importantes ameliorations des méthodes d'analyse génetique tels que la RT-PCR, la fabrication des cDNA.  [...] J'aimerais aussi savoir quelle est la méthode naturelle d'extraction d'ARN... le site joue aussi beaucoup avec cette idée reçue que ce qui est naturel (plantes, etc...) ne peut pas faire de mal.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ARN de plantes

Je vais tester dans mon laboratoire une nouvelle méthode d'extraction d'ARN à partir de graminées (poacées pour les gens modernes), en utilisant du Ribozol™ (AMRESCO).  [...] Je te conseille systématiquement de passer par des kit adaptés aux plantes ou des protocoles modifiés. Tu peux risquer bien entendu mais le problème est que la concentration en sucre des échantillons est très importante et parasite les réactions, généralement c'est la cause de mauvais rendements.   [...]

[Biologie Moléculaire] solubilité ADN, ARN dans le phénol

En revanche, pour l'extraction d'ADN avec du phénol basique, c'est pas vraiment clair. Des sites comme http.//www.chups.jussieu.fr/polys/bi...Y.Chp.7.3.html disent que l'ARN et l'ADN sont en phase aqueuse (mais dans ce cas, qu'est ce qui élimine l'arn) mais sinon, implicitement, on pense que l'ARN est dans la phase organique (d'où la purification différentiel des acides nucléiques en fonction du pH).  [...] Autre chose, l'ARN est très fragile et facilement dégradable. Donc, cela ne gène pas la manipulation, il y à relativement peu d'ARN, même si on peut en obtenir pas mal quand on le désire mais avec cette méthode, on ne favorise pas l'ARN. Mais encore une fois tout dépend, à mon avis, du but de l'extraction.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème PCR : Besoin d'aide

Est-ce que c'est toi qui a fait le design d'amorces ou est-ce que c'est une société qui vous les fournit automatiquement Car si tu as un programme du style Beacon pour faire ce design, je te conseille de l'utiliser car il est vraiment très fiable, en tout cas pour la méthode au SyBRGreen.  [...] 1) Je fais une extraction d'ARN (trizol chloroform) sur échantillon de sang (bovin ou ovin). J'extrais donc l'ARN de l'hôte + l'ARN viral (s'il est présent).  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN AGPC et phénol/Chloroforme

Dans mes comptes-rendu de TP je dois présenter mon extraction d'ARN avec la méthode Guanidio-thiocyanate puis plus loin expliquer les autres méthodes d'extraction envisageables.  [...] J'ai toujours eu le sentiment que l'extraction au phenol/chloro, le port des gants, l'autoclave, etc. était une procédure courant pour l'extraction d'ARN. Si la GT possède de tels avantages, pourquoi ne pas l'utiliser systématiquement Ou peut-être est-ce le cas et je ne m'en suis pas rendu compte Je ne suis vraiment pas une experte dans le domaine.  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction faible qté ARN

Pour répondre à Greg concernant mes quantités et protocoles, je ne travaille pas sur des cellules mais sur de l'ARN circulant dans le sang d'où les faibles quantités obtenues et la fragilité des ARN. J'ai utilisé la méthode d'extraction au Trizol puis passage sur une colonne rneasy mini kit.  [...] Nous sommes un labo qui travaille de façon quotidienne avec de l'ARN (transcrits in vitro, extraction d'ARN, etc) et nous n'utilisons jamais de DEPC, juste des solutions autoclavées. Même les bacs à gels traînent à l'air libre, sans nettoyage. Il n'arrive qu'extrêmement rarement des dégradations, et d'habitude c'est dû à une contamination accidentelle de notre faute.  [...]