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[Biologie Moléculaire] PCR quantitative

2. D'où 2ème problème. il peut arriver que l'efficacité de la PCR soit différente entre la PCR sur la gamme standard et la PCR sur l'échantillon. Notamment si les conditions/méthodes d'extraction d'ADN sont différentes, tu peux avoir des contaminants différents qui vont influer différement sur l'efficacité de PCR, et donc l'utilisation de la gamme standard sera un peu faussée.  [...] DONC. tout dépend de la précision requise, du type de matrice (ADNc, ADN génomique,...), de l'origine des échantillons (végétal, animal, bactérien) et de la qualité d'extraction des acides nucléiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] solubilité ADN, ARN dans le phénol

En fait, il faut savoir que les ARN sont sensibles au pH alcalin et en général, l'extraction ADN se fait en phenol/Chloroforme/IAA à pH 8 et nous aurons l'ADN en phase aqueuse avec les ARN endommagés, ce qui ne gêne pas pour certaines analyses mais pas pour d'autres d'où l'action de RNase dans certains cas.  [...] Et bien en fait cela dépend également du but de ta manipulation. Si tu fait une extraction d'ADN pour faire une PCR conventionnelle derrière, le fait qu'il y ait un peu d'ARN n'est pas vraiment grave. Puisque seul les ADN seront amplifié (je grossis la chose).  [...]

[Biologie Moléculaire] Questions relatives à la PCR

Simplement pour vous expliquer le protocole. je devais d'Abord isoler l'ADN de quelques potes (et moins potes héhé) à partir de cellules buccales. J'utilisais ensuite du chelex pour absorber les produits de lyse cellulaire pouvant inerférer avec le processus d'amplification du PCR.  [...] Je vous évites tous les détails qui m'ont ensuite mener à effectuer la réaction PCR en utilisant les amorces oligo plat A (en amont) et oligo plat B (en aval) ainsi que la taq polymérase... bien sur. Après les cycles, j'analysais les produits PCR sur un gel d'agarose et tra-la-la.  [...]

[Génétique] problème d'extraction d'ADN

ouii je vérifie la qualité de mon ADN directement après chaque extraction et les ratio de puretés sont bons autour de 1.8 mais enfaîte je conserve mes ADN dans un simple congélateur à -4 ° et même je ne met pas des inhibiteurs d'ADNase puisque j'utilise un kit d'extraction et pas un protocole de CTAB dont je peux mettre le Mg + EDTA.  [...] c'est pas mes premières manip j'ai effectué des extractions avec d'autres espéces et j'utilise bien évidament la protéinase k et le -4 degré pour une conservation à courte terme et j'ai pas eu ce type de problème et cette dégradation assez rapide d'ADN.  [...]

extraction ADN

je fait de l'extraction d'ADN avec TE, lysozyme, SDS, isopropanol et éthanol mais j'obtiens un ADN pas très propre (. 1 au spectro). on m'a dit de rajouter une étape avec le chloroforme mais celui nécessite une hotte chimique ce qu'on a pas. je voulais donc savoir par quoi on pourrai le remplacer.  [...] Ton extraction d'ADN, c'est plus par minipreps ou par midipreps, j'ai un protocole un peu alternatif pour faire des minipreps, mais je ne sais pas si c'est ca que tu cherches.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ADN, ARN et protéines

On c'est amusé à le faire une fois. C'était jouable. Cependant, pour une série de manip plus fréquente et plus grosse que quelques tubes je conseille aussi l'utilisation d'un kit. La manip est moins prise de tête et le résultat sans doute plus propre.  [...] je souhaite réaliser une extraction ADN génomique sans kit. Je voudrais savoir si quelqu'un a un protocole qui marche avec une quantité de l'ordre de 50 à 100 ng d'ADN extrait pour faire une PCR ensuite.  [...]

aide pour un protocole (PCR, DGGE...)

Pr des precisions. fo juste que je trouve des bacteries qui exploitent le black carbone et je ferai de l extraction d adn, pcr amplification, DGGE.  [...] Je commencerai d abord par l extraction d adn de terre puis les bacteries et j aimerais savoir ce que chaque etape apportera ds ma recherche et ce qui me permettra a la fin de dire tiens cette bacterie a exploité le black carbon.  [...]

Approche métagénomique ?

Il n'y a pas de culture stricto-sensus. Tu extrait l'ADN d'une communauté d'organisme totale issue d'un environement donné. Tu clones dans E. coli des morceaux d'ADN aléatoirement dans cette soupe d'ADN. Et tu séquences. Soit aléatoirement, soit tu passes par une étape de criblage des clones (par exemple pour ne séquencer que les clones contenant un inser ADNr).  [...] Toute fois je suis tombé sur une présentation dont j'ai tiré un extrait qui shématise et synthétise bien ce que je voulais. Avec quelques recherches parallèles, j'ai pu répondre à le plus part de mes questions.   [...]

[Génétique] Plasmide

comment purifier le fragment linéaire apres amplification du plasmide pBR 322 dans escherichia coli et extraction de l'adn plasmidique.  [...] Lors de ta PCR t'as surement utilisé des amorces contenant des sites de restriction que tu dois utiliser donc voila tu commence par faire une digestion avec ces enzymes, tu dépose ensuite sur gel pour récuperer ton fragment, et ensuite tu purifie alors il existe plusieurs techniques de purfi pour des produits PCR recuperes à partir de gel.   [...]

Extraction d'acides nucléiques

J'aurais voulu connaître succinctement les principes généraux (et pas les protocoles..) des méthodes d'extraction de l'ADN plasmidique, ADN totaux, ADN chromosomique, ARN. Parmis les ARN peut on séparer les ARNr, ARNt et ARNm.  [...] Sinon a partir de la solution (extraction à partir de cellule de mammifere, levures etc..) de départ tu transformes des bacteries pour isoler le plasmide.  [...]