• Forum - Expression, Fonction, Protéines

[Biologie Moléculaire] Taux d'expression de gènes et fonction des protéines...

Suite à une expérience incluant un traitement A et un traitement B sur des animaux, je travaille sur l'expression de gènes qui codent pour des protéines dont la fonction est connue. Je trouve des différences significatives entre les taux d'expression de gènes des individus ayant subi le traitement A et ceux ayant subi le traitement B.  [...] Ces taux d'expression sont bien plus importants dans une condition que dans l'autre. Or, quand je mesure ce que devrait avoir produit les protéines qui m'intéressent (=synthèse d'une coquille), je ne trouve aucune différence de croissance de la coquille entre les deux traitements.  [...]

De l'intérêt d'être chaperonnée... pour une protéine!

Sans aucun doute. L'inhibition leur fonction a un effet devastateur pour la cellules (arret de division, apoptose). Comme l'a dit Kinette, l'expression des chaperonnes est induites par toutes sorte de stress, changement de temperature (d'ou leur nom en general Heat Shock Proteins, Hsp), stress osmotiques, oxidatifs ou radiatifs.  [...] Comme ca a ete dit, l'expression de certaines chaperonnes est induite par toute sorte de stress, mais il y a aussi des chaperonne d'expression constitutive. par exemple hsp70 existe sous une forme induite mais aussi sous une forme constitutive, hsc70. Le transport de proteines codees dans le noyau vers les chloroplastes, qui necessite des proteines chaperonnes pour les passage de la paroie, et la fonction des chaperonnes dans le folding des proteines vont aussi dans le sens des chaperonnes constitutives.  [...]

[Biologie Cellulaire] Bacterie E Coli

Comment expliquer que deux protéines dans la bactérie E Coli possèdent des fonctions et conformation tridimensionnelle différentes.  [...] Deux protéines différentes sont issues de l'expression de gènes codants différents (je mets à part l'épissage alternatif qui concerne les eucaryotes). Leur séquence en acide aminé leur est donc propre, de cela va dépendre sa taille, sa conformation et donc sa/ses fonction/s.  [...]

[Biotechnologie] creation virus

.. Les protéines sont par ailleurs en général réduites à leur plus simple expression (certaines polymérases virales descendent jusqu'à environ 500 aa ce qui est extrêmement court pour une telle fonction) et par ailleurs, ces virus utilisent au maximum les machineries cellulaires disponibles plutot que de remplir eux-memes certaines fonctions.  [...] Tout à fait, imagine toi (j'aime bien faire des métaphores ) une infection ou chaque virus dans ton sang est représenté par un caillou, globalement tout les cailloux sont identiques sauf une petite minorité dont la forme n'est pas la même (dans la physiologie ce n'est pas la forme qui est différente mais ça peut être l'ADN dans le virus et certaines protéines), la pression de sélection c'est un filtre qui ne laissera passer qu'un type de cailloux.  [...]

[Biologie Cellulaire] Validation analyse transcriptomique

Une analyse transcriptomique ne renseigne que sur l'expression transcriptionnelle du génome. Les fonctions sont établies par les protéines (or cas des miRNA bien sûr), par conséquent si on veut faire un lien entre un transcriptome et une fonction ou un phénotype, il est mieux de faire une analyse plus poussée avec de la cytométrie de flux, du western blot, ou tout autre technique permettant de finaliser la réponse à la question initiale.  [...] C'est assez abstrait comme réponse mais si tu as un exemple concret nous pourrons en discuter. Toutefois, de nombreux articles ne se gênent pas pour énoncer directement un lien entre une observation transcriptionnelle et une fonction, sans regarder si les étapes intermédiaires suivent le même sens.  [...]

[Biologie Moléculaire] le mystère des séquences non codantes

J'ai une petite question. L'ADN est une chaine polynucléotidique c'est à dire une succession de nucléotides. Mais comment on peut avoir des séquences codantes et non codante Enfin ma question est un peu confuse mais je comprends pas comment des séquences de l'ADN peuvent être codante et d'autre non alors qu'au final elles sont toutes identiques (identique dans le sens où c'est un enchainement de nucléotide) par exemple pourquoi un promoteur ne code pour aucune protéine Pareil pour les introns ceux sont des séquences non codante qu'on retrouve entre les exons (séquences codantes) mais pourquoi sont elles non codantes alors que les exons code pour une protéine Pourtant ceux sont toutes des enchainements de nucléotide.  [...] Effectivement, les introns ont une fonction régulatrice qui peut s'expliquer de différentes façons. Leur épissage retardé dans l'ARN pré-messager, par exemple, permet d'abaisser le niveau d'expression du gène correspondant. L'existence de l'épissage alternatif est un autre niveau de modulation qui permet d'obtenir différentes protéines à partir d'un seul gène.  [...]

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

Ici c'est son numero d'accesion dans les bases de donnees. Lors de la soumission de la sequence la banque donne un numero automatique a la sequence. ce numero est unique et permet de retrouver ta sequence. Si plusieurs morceaux de proteines ont ete sequencees independament tu peux avoir plusieurs numeros (a toi de trouver celui qui correspond a la proteine entiere).  [...] SwissProt est une banque de données généralistes de protéines, très fiable si l'on croit ce qu'y disent les mecs Càd que les séquences publiées dans SwissProt sont contrôlées et passent par une annotation manuelle (regarde dans une fiche, tu verras les champs commençant par CC.  [...]

[Biologie Cellulaire] prolifération et différenciation cellulaire

Je crois que la différenciation est souvent (surement pas tout le temps) associé à un blocage de la prolif. Pour les cancers, on parle de dédifférenciation associé à une stimulation de la prolif et la perte de l'expression de protéines caractéristique de la fonctionnalité du tiss (prot du lait pour cellules cancéreuses mammaires par exemple) et certaines molécules stimulant la (re)différenciation des cellules tumorales bloquent la prolif en G0G1.  [...] Pour les cancers, on parle de dédifférenciation associé à une stimulation de la prolif et la perte de l'expression de protéines caractéristique de la fonctionnalité du tissus.  [...]

[Microbiologie] Milieux sans phosphate

Je cherche a vérifier l'expression d'une protéine chez une mycobactérie en fonction de différents facteurs environnementaux.  [...] Pour ce faire j'aurai besoin d'un milieu sans phosphates (ou avec un faible taux) comme base, afin de pouvoir avoir des milieux possédant une concentration progressive de phosphate.   [...]

[Biologie Moléculaire] Notion d'une famille des gènes

3- Il existe plusieurs isoformes de la protéine chez le même individu avec une expression différentielle possible en fonction du stade de développement.  [...] Les membres d'une même famille peuvent contenir plusieurs gènes codant pour des protéines légèrement différentes (isozymes, je crois). Dans d'autres cas, les membres d'une famille peuvent être associés à différents signaux de régulation permettant leur expression dans différents tissus ou à des moments différents du développement (gènes de l'hormone de croissance et du lactogène placentaire).  [...]