• Forum - Enzymes, Restriction, Adaptateurs

[Génétique] les adaptateurs enzymatiques

bonjour à tous, je suis entrain de caractériser un gène dans une approche gène candidat et je souhaite utiliser des enzymes de restriction et des adaptateurs spécifiques à ces enzymes. c'est une nouvelle méthodo que je souhaite découvrir. j'ai chercher dans la littérature des protocoles concernant ce sujet mais je ne trouve rien.  [...] je voulais donc savoir si quelqu'un avait déjà travaillé sur ce type de manip et si il peut me donner quelques éclaircissements et conseils. Merci.   [...]

[Génétique] AFLP Amplified Fragment-Length Polymorphism

J'essaye de comprendre cette technique (AFLP) et d'après ce que j'ai lu. l'ADN génomique est digéré par deux enzymes. Des adaptateurs sont ajoutés aux extrémités des sites de restriction. Les amorces peuvent ensuite se fixer sur les fragments obtenus et ceux-ci sont amplifiés.  [...] La PCR peut être réalisée en plusieurs étapes. une première avec des amorces dont la séquence est identique à celle des adaptateurs et qui amplifie ainsi tous les fragments. la seconde avec des amorces possédant de 1 à 3 nucléotides supplémentaires en 3' sélectionnant ainsi un plus petit nombre de fragments étant donné que ceux ci peuvent être très nombreux.  [...]

[Biologie Moléculaire] Aflp

-ligation d'adaptateurs aux extrémités des fragments de restriction.  [...] ma question est.comment on peut faire une amplification selective des fragments de restrictionj'ai lue que la selection est faite parapport à une base mais jai pas bien compris.  [...]

[Génie génétique] Ligation d'adaptateurs

Ainsi on insère l'adaptateur dans le site de restriction et il y a, par là, formation de deux nouveaux sites de restriction identiques.  [...] Cependant, mon maître de stage m'a dit que les adaptateurs n'étais pas insérés dans le site de restriction mais ligaturés à.  [...]

[Biochimie] séqunçage technologie 454

J'ai une question concernant la technologie 454 (séquençage). Il y a des choses qui m'échappent.Comment les microbilles peuvent-il fixer un ADN à la fois.   [...] Pour UNE microbille donné on a hybridation d'UN ADN sb. Puis on effectue une amplification par PCR (l'ADN sb amplifié va se fixer sur une autre amorce de la microbille et ainsi de suite...) et donc au final pour UNE microbille donnée on a le même fragment d'ADN sb qui sont fixées sur toutes amorces C'est bien ça.   [...]

[Biochimie] Sequençage de l'ADN

Ca dépend, les enzymes de restriction reconnaissant des sites de restrition courts, 3 bases par exemple, clivent selon un calcul probabiliste toutes les 64 paires de bases. Pour les sites de restriction de 4 bases, leur fréquence est en moyenne toutes les 256 bases.  [...] bon à part la fragmentation de l'ADN par nébulisation (vapeur ou liquide) suivie de la fixation des adaptateurs, et la migration des segment sur le gel, les autres étape, je t'assure que j'ai rien compris et déjà c'est quoi P5 et P7 c'est quoi leur rôle exactement et quels sont les critairs des adaptateurs.  [...]

[Biochimie] Dégradation tag et protéase

Es tu sur que sspB est un monomere De plus je ne crois pas que la degradation des tag ssrA se fasse via clpA ou clpX. En fait clpA et clpX sont les adaptateurs pour clpP (protease). Ils permettent de debusquer le substrat et de l'amener a clpP. Dans ton cas normalement sspB devrait jouer le role d'adaptateur (a verifier, j'en etais sur au moment d'ecrire le message, maintenant j'ai un doute).  [...] De plus je ne crois pas que la degradation des tag ssrA se fasse via clpA ou clpX. En fait clpA et clpX sont les adaptateurs pour clpP (protease). Ils permettent de debusquer le substrat et de l'amener a clpP. Dans ton cas normalement sspB devrait jouer le role d'adaptateur (a verifier, j'en etais sur au moment d'ecrire le message, maintenant j'ai un doute).  [...]

récepteur membranaire, transduction du signal

Je ne comprends pas ce que sont les protéines adaptatrice. Elles interviendraient dans la transduction du signal après l'activation d'un récepteur par son ligand. J'ai un cours dans lequel des domaines (SH2, PTB, 14.3.3, SH3, etc... ) sont cités mais leur lien avec les adaptateurs n'est pas expliqué, ni leur rôle d'ailleurs.  [...] Imaginez que vous désirez accrocher un tableau au mur. Si vous voulez que cela tienne, il faudra y mettre un clou, une vis... Et bien la protéine adaptatrice, c'est votre vis, permettant de faire tenir deux éléments ensemble qui en sont nativement incapables.  [...]

Bioinformatique et nettoyage de séquences

j'ai besoin de vos lumières en bioinformatique concernant le nettoyage de séquences Illumina (fichier Fastq). En effet, j'ai une séquence qui devrait être propre malheureusement, il reste plein d'adn parasites (adn ribosomal entre autre, etc...) J'ai déjà fait un cutadapt pour supprimer mes adaptateurs, mais je me demandais quel outil peut-on utiliser pour supprimer les séquences indésirables.  [...] Je connais SortMeRNA pour les ARNr... et comme tu l'as dit Cutadapt pour les adaptateurs.  [...]

référence d'adaptateur secteur pour Biolux NG+site oculaire

Pour l'adaptateur, je n'ai trouvé aucune info sur internet bien qu'ayant cherché plus d'une heure. Pas de manuel en ligne même chez Bresser, que des site de vente, sans références sur l'adaptateur.  [...] soit les informations électriques entrée (230V x HzVAW) et sortie (idem). Je pourrais regarder dans des adaptateurs portables ou matériels portatifs.  [...]