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Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

Et je cherche tous ce qui pourrait me permettre de caracteriser cette sequence pour pouvoir la comparer ensuite que ce soit des criteres connus et evidents tels que la presence de site de restriction ou les pourcentage de nucleotides ou meme n'importe quelles idees.  [...] Si tu souhaites rester au niveau nucleique, ce que tu souhaites fiare s'effectue en general apres l'alignement de sequence. Tu peu rechercher la presence de site de regulations, ou de structures secondaires.  [...]

[Biochimie] Problème en biochimie, 2ème année licence

Le clivage est catalysé par l'enzyme CPSF (cleavage and polyadenylation specificity factor) et se fait 10 à 30 nucléotides en aval de son site de liaison (donc après). Ce site de liaison est souvent la séquence AAUAAA sur l'ARN, soit le signal de polyadénylation.  [...] Non, normalement c'est en aval (après le signal). Pour faire rapide, un facteur CPSF (cleavage and polyadenylation specificity factor) se fixe au niveau du signal AAUAAA, et un autre facteur CSTF (Cleavage stimulatory factor ) se fixe sur le pré-ARNm au niveau d'une séquence (appelons la X) en 3' du signal, donc en aval (à droite).  [...]

[Génétique] méthode RFLP

Le plus simple est donc de prendre une sonde dont la séquence contient le site de restriction de l'enzyme.  [...] Et il faut répéter ceci pour chaque marqueur RFLP analysé. Donc définitivement la solution 1 est celle qui est adoptée (à ma connaissance).   [...]

Primer de PCR

Quand on donne une amorce pcr on donne la sequence nucleotidique, le site de restriction et le clamp.  [...] Sinon, dans une amorce dans laquelle tu rajoutes un site de restriction il y a une partie identique à ta séquence, ton site de restriction que tu dois faire précédé d'un triplet/quadruplet (voir plus) de nucléotiques pour assurer une restriction efficace (un site de restriction en extrêmité 5' d'une amorce, ce n'est pas top pour l'enzyme de restriction).  [...]

[Biologie Moléculaire] Choisir le bon vecteur?

il faut couper le vecteurs par un enzyme de restriction ensuite il faut inserer les meme sites de restriction autour de la sequence d'adn qu'on veut afin qu'on integre la sequence dans le vecteur.  [...] 1- ma sequence d'adn doit etre coupe des 2 bords par la meme enzyme. Or je retrouve pas le meme site de restriction 2 fois dans ma sequence.  [...]

[Biologie Moléculaire] Contamination d'ARN par de l'ADN

Après votre PCR, procédez à une digestion enzymatique de vos produits par l'enzyme de restriction DpnI. L'intérêt est que cette enzyme coupe un site de 4pb (donc très fréquent) uniquement quand celui ci est methylé. Du coup vous coupez le plasmide qui a été méthylé lors de sa production en bactérie mais pas vos produits PCR.  [...] Dans la mesure où tu connais la séquence de ce que tu amplifies, tu peux même choisir l'enzyme pour être sûr qu'il y a un site (ou mieux, plusieurs) dans ta séquence cible.  [...]

[Biochimie] RFLP et application !

Tu as 2 allèles ayant au moins un nucléotide muté dans la séquence et qui se trouve avantageusement dans un site de coupure d'une enzyme de restriction, EcoR I si j'arrive à bien décrypter. Donc dans un cas, l'enzyme peut couper ce site, dans l'autre non.  [...] On distingue les allèles parce que leur séquences sont différente si bien qu'en coupant avec une enzyme qui coupe à certains sites on a toutes les chances d'avoir un nombre variable de coupures, ce qui génèrent des bandes de tailles différentes. Donc hétérozygotes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Insertion d'un gène dans un vecteur...

Bonjour, je dois insérer un gène dans un vecteur pET 44(+) pour le cloner dans un E.Coli. Il doit aussi incorporer une étiquette 6-histidine en C-terminus de la séquence, et aucune autre étiquette. Je ne sais pas comment faire, j'ai trouvé la séquence de mon gène à insérer, mais je ne sais pas comment choisir la bonne enzyme et le bon site d'insertion...help.  [...] c'est un excercice ou un vrai probleme de manip Quel est la finalité de ta manip.   [...]

[Biologie Moléculaire] Polymorphisme génétique

Vous amplifiez une séquence de 300 bases d'ADN humain qui peut contenir un polymorphisme génétique responsable de l'apparition d'un site de restriction en position 50 pour une enzyme E.  [...] Pour cela il faut bien comprendre ce qu'est un site de restriction, et ensuite l'action de l'enzyme E. Après, ce n'est que de la logique.  [...]

[Biologie Moléculaire] vecteur

j ai une serie 6 enzyme de restriction et on me demande comment faut il preparer le plasmide,par que enzyme de restriction parmi les 6(bsrDIBSALASELECORIBAMHI PSTI),et en fait j aimerai savoir comment voit on quand il y a incompatibilite entre les extremite cohesive d un fragment digéré par une enzyme (dans mon cas c est NDei)et un plasmide ouvert.  [...] L'insertion d'une séquence d'ADN bicaténaire dans un plasmide nécessite un traitement préalable par une enzyme de restriction. On choisit une enzyme qui a un site unique dans la séquence plasmidique. Après action de l'enzyme de restiction, le plasmide circulaire est linéarisé.  [...]