• Forum - échantillon, Produit, Risque

[Biologie Moléculaire] Nested PCR

Je souhaite réaliser une Nested PCR afin d'identifier un évènement très rare dans mon échantillon. Mes premiers essais montrent une amplification très faible. Y a t'il un problème à réaliser une Nested sans dilution (Ni diluer l'extrait d'ADN, ni le produit de la première PCR) Est-ce que je ne risque pas d'obtenir des produits non voulus.  [...] Normalement vous ne devriez pas avoir de résultat indésirable sauf en cas de contamination ou un problème de programme au niveau de la température d'hybridation.   [...]

les salmonella

Pour ton DM c'est assez facile il suffit que tu réfléchisses sur pourquoi on recherche les salmonelles dans les aliments et que tu en déduisses si on doit en trouver beaucoup ou pas beaucoup et tu trouveras toutes tes réponses.   [...] La même question, je l'ai posé à mon professeur de microbiologie alimentaire, selon ce que j'ai compris c'est que les selmonella sont assez rare dans l'aliment, alors si on prélève un échantillon du produit à analyser on risque de prendre qu'une selmonella, alors on utilise le milieu d'enrichissement pour que cette selmonella se multiplie et on peut donc les décomptés.  [...]

le sida sait il compter ?

A partir d'une étude statistique, portant sur un échantillon de population, montrant que sur 100 personnes fumant un paquet par jour 55 ont eu un cancer avant 60 ans, on ne peut pas tirer la conclusion qu'un individu quelconque a lui-même 55% de risque.  [...] Autant il ne faut pas appliquer un raisonnement déterministe dans un cadre statistique. Je n'ai que 0,0005% de risque d'attraper le SIDA en pratiquant la fellation, c'est jouable., autant il ne faut pas faire le contraire et balancer un échantillon de personnes sur un mur pour étudier la probabilité qu'elles le traversent en le laissant intact.  [...]

pb dépots echantillons d'ARN

Après avoir réaliser une extraction d'ARN de bacteries issue de l'eau avec un kit QIAGEN, je dépose mes échantillons avec du bleu de dépot pour ARN et là se produit une chose pas courante. Au lieu de que mon échantillon se retrouve au fond de mon puit (gel 2,5% agarose et tampon TE 1X tout a fait normal), celui ci se voit revenir à la surface et se dissipe dd'un coup dans mon gel.  [...] En general cela se produit quand on s'est trompé de tampon d'electrophorese, typiquement quand on utilise une solution 10X au lieu d'1X. Sinon il peut rester des traces d'alcool dans l'echantillon ce qui fait remonter l'echantillon a la surface... un grand classique aussi.  [...]

[Biologie Moléculaire] Micro ARN

Extraction chloroforme (Attention en recuperant le surnageant a ne pas vouloir trop en recuperer au risque de contaminer ton echantillon).  [...] -20°C. D'autre part, je lavais ensuite avec de l'éthanol 75° et non 70. Enfin je laissais sécher 15-30 min mais pas plus par peur de mal redissoudre le culot. Je pense refaire des essais en changeant ces petites choses. Je crois également que sur du tissu, les rendements sont meilleurs que sur du plasma.   [...]

[Biologie Moléculaire] RT-qrt-PCR : courbe de fusion et autres contrôles

A quoi sert de vérifier le Tm de l'échantillon Une chute massive signifie un Tm unique donc un seul produit d'amplification.  [...] Le principe, c'est que la vitesse d'amplification du produit (en phase expo) varie dans le même sens que la quantité d'ADNc présent dans l'échantillon. en quoi cela m'indique quel est le problème des dimères de primers et le rôle des différentes dilutions.  [...]

dNTP dUTP et UNG

Mais à priori utilisé des dUTP apporte une certaine sécurité à la manip' en cas de contamination avec des produit de PCR, mais pourquoi.  [...] le concept du truc, c'est que le produit de PCR ne puisse pas servir de matrice dans une autre PCR, assurant que ce qu'on détecte, c'est bien l'ADN de l'échantillon, et pas une contamination par une autre réaction (parce qu'au bout d'une PCR, on a des kilos d'ADN, c'est donc très facile de faire des faux positifs quand le contaminant éventuel est en quantité écrasante par rapport à l'ADN échantillon).  [...]

[Biochimie] Protocole de purification d'une protéine, vos avis

On introduit un volume de tampon phosphate à notre solution de protéine afin que la protéine soit chargée négativement et qu'elle adhère au support de DEAE-cellulose chargée positivement.   [...] Moi je rajouterai juste une RNASe et DNAse à ton échantillon pour me débarassé de l'ADN et l'ARN. Si tu veux garder l'activité beta-gal il ne vaux mieux pas la précipiter sinon ca risque d'etre difficile.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mutagénèse dirigée

Dans ce kit le contrôle positif de la mutagénèse utilise un plasmide Whitescript de 4,5 kb. Après la mutagénèse et la digestion des produits par l'enzyme Dpn1, je fait un gel de 0,8% agarose pour vérifier avant la transformation si ma mutagénèse à marché.  [...] ...Seulement là j'ai un petit soucis parce que dans mon contrôle (plasmide whitescript) et dans mon echantillon, tout ce que je dépose sur mon gel reste dans le puit...(je dépose 5µl de produit de PCR).  [...]

Tabac...

Tout résultat d'étude comporte une certaine incertitude, qui peut se calculer. on peut ainsi donner des fourchettes autour du résultat de l'étude, par exemple dire que telle valeur estimée est située entre telle et telle valeur, avec un risque de X. Plus on prend un grand échantillon, plus on a une bonne estimation de la valeur estimée sur toute une population.  [...] La fameuse étude qui avait un échantillon trop faible n'est heureusement pas isolée, et d'autres études confirment cette augmentation du risque de cancer par tabagisme passif.  [...]