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[Biochimie] séquençage d'une proteine

D'abord, la technique utilisée dépendra grandement de ce que tu veux faire. S'agit-il de l'identification d'une protéine inconnue que tu as réussi à purifier, d'un mélange complexe de protéines, de l'étude des modifications post-translationelles Bref, il existe beaucoup d'applications à cette technique, et à chaque application, tu choisiras d'appliquer certains paramètres et tu devras faire des choix.  [...] En fait, d'un point de vue général, on veut analyser des peptides les plus pures possible à la MS. Car plus l'échantillon est complexe, plus le signal (spectre) est compliqué et difficile à analyser. Lors de l'analyse de solution complexe (par exemple, une protéome entier), il est indispensable de séparer les protéines le plus possible avant de procéder à l'analyse.  [...]

[Biochimie] electrophorese

je voudrais juste avoir un éclaircissement. la SDS page avec agent réducteur pont disulfure. est effectuer pour connaitre la masse molaire des protéine de mon échantillon, mais comme les protéines ne migrent pas intact à savoir qu'elles sont dénaturées ce sont les chaines polypeptidiques qui migrent selon leurs masses moléculaires.  [...] - soit tu fait migrer un échantillon complexe avec plusieurs protéines dedans auquel cas tu dois avoir des infos sur ta protéine puisque cette électrophorèse ne te permettra pas de savoir quel est son PM.  [...]

[Biochimie] Plusieurs questions sur les chromatographies échangeuses d'ions et d'affinité

A la question Les protéines de l'échantillon P3 ont le même poids moléculaire que les protéines notées C nous avons répondu vrai car l'échantillon P3 proviennent de l'échantillon P2 filtrés sur gel donc par poids moléculaire.  [...] Cependant,à la question Les protéines de l'échantillon P3 ont un Point isoéléctrique différent des protéines C (graphe 3,filtration par affinité) j'ai répondu faux car je me suis dis. les protéines en P3 proviennent indirectement de l'échantillon P1,or en P1,on a certainement trié par gradient de pH sachant que les protéines attérissent toutes dans le même endroit cela implique qu'elles ont le même pI,car si elles avaient un pI différents j'ai réalisé un graphique que vous trouverez dans l'encadré vert qui montre distinctement qu'elles n'ont pas le même pI donc j'ai répondu faux, mais le prof a mis vrai.  [...]

[Biochimie] chaine polypeptidique

Dans une électrophorèse, c'est un peu compliqué, il faut être en condition dénaturante (avec du SDS par exemple) et utiliser du beta-mercaptoéthanol qui est un agent réducteur des ponts dissulfure. Cela va permettre de complètement dissocié la protéine. Cependant, selon ce que vous connaissez, il y a plusieurs démarches.  [...] La cristallographie reste le meilleur moyen de retrouver la structure fine de ta protéine mais la préparation d'échantillon est complexe et non garantie (extraction non dénaturante, cristallisation de la protéine, etc..).  [...]

[Divers] Electrofocalisation

Les protéines vont migrer de toutes manières, jusqu'à que leur charge nette soit nulle. Dans un échantillon de plusieurs protéines, il vaut mieux le placer au centre, de cette manière les protéines migreront rapidement jusqu'à leur pHi respectif. Si tu mets l'échantillon à une extrêmité, alors il se peut que l'une de tes protéines aient à parcourire l'ensemble du gel avant de s'immobiliser... je ne sais pas si tu me suis.  [...] Non, ce n'est pas du tout la raison. Sinon, autant faire un gel deux fois plus petit. On dépose l'échantillon au centre car il y a des protéines chargées positivement et d'autres négativement, et donc il va y avoir des protéines qui vont migrer des deux côtés du gel, comme tu peux voir ici.  [...]

[Biologie Moléculaire] Biochimie: méthode de Western Blot

En fait, doser les protéines avant un Western blot permet de déposer la même quantité de protéines dans chaque et pour chaque échantillon.  [...] Ainsi, si tu as deux échantillons identiques, mais que tu déposes deux quantités différentes de protéines, les deux bandes auront une intensité différente. Ce qui peut fausser les conclusions (genre. mon echantillon 1 a plus de protéines que le 2, donc le 2 produit plus efficacement).  [...]

[Biologie Moléculaire] protocole extraction ARN (pas de kit, ni trizol)

Dans le molecular cloning, il y a un protocole pour des extractions d'ARN a base de thiocyanate de guanidine et phénol. Un genre de trizol maison quoi.   [...] Ca dépend de l'échantillon, si c'est à partir d'une culture de cellules, oui surement, si l'échantillon est complexe, l'utilisation du temps devient utile. Et le nombre de lavages devient important.  [...]

[Biochimie] Coloration Bradford.

Ce qui t'es demandé, c'est de déterminer la masse totale de protéines en général dans ton échantillon, pas de déterminer une masse molaire globale (je suppose que c'est ce que tu as compris).  [...] Donc tu détermines la concentration protéique de tes tubes. En connaissant le volume total d'échantillon, tu le multiplies par la concentration trouvée et tu tombes sur la masse totale de protéines présente dans chacun des tubes.  [...]

séparations de protéines

J'aurais voulu savoir qu'elle est la meilleur technique de séparations de protéines, sachant que je me trouve en présence d'un échantillon où les protéines ont un poids moléculaire assez proche.  [...] Comment séparer des protéines qui ont des PM quasiment identiques Pour ce qui est de leurs charges électrique je ne saurais dire car c'est plus un exercice de réflexion sur le PM.  [...]

[Biologie Moléculaire] Migration SDS page en "sourire"

Je rencontre récemment un problème avec mes migrations SDS page. la migration ne se fait pas de manière droite, mais remonte de chacun des deux cotés, formant un front de migration en sourire, très génant s'il y a des échantillons placés aux extrémités.  [...] 2) Si on laisse des puits inoccupés par un échantillon, les protéines des puits adjacents peuvent mal migrer, c''est ce qu'on appelle 'l'effet de bordure. Ce problème est facilement réglé en mettant simplement du tampon d'échantillon (1 X) dans ces puits inutilisés.  [...]