• Forum - Données, Séquences, Espèces

[Génétique] complexe d'espèce

Les espèces au sein d'un complexe d'espèces cryptiques divergent souvent dans leur habitat, dans leurs histoires de vie ou dans les systèmes de reconnaissance chimique.  [...] Au sein d'un complexe, il est fréquent que les espèces individuelles ne puissent être séparées qu'en utilisant des données non morphologiques, telles les séquences génétiques, la bioacoustique ou par l'étude des traits d'histoire de vie. Elles peuvent  mais ce n'est pas une obligation  être parapatriques, mais elles sont souvent sympatriques et parfois allopatriques.  [...]

Genes dans l'ADN

Quand on cherche un gène sans presque rien connaître de lui c'est très long et très aléatoire. En revanche pour un gène qui est connu au moins chez des organismes proches, une rapide recherche dans les bases de données publiques permet de déterminer des morceaux de séquences conservés entre les différentes espèces.  [...] Ces séquences peuvent servir à retrouver le gène dans le génome. Le plus rapide c'est d'utiliser une RT-PCR à partir d'un homogénat de tissu qui l'exprime en protéine. On obtient alors un fragment de gène qui peut s'exprimer même chez une bactérie.  [...]

[Biologie Moléculaire] Rechercher des séquences nucléiques parmi plusieurs espèces

Je dois faire un screening et récupérer les séquences nucléotidiques de trois sous-unités d'une enzyme, chez différentes espèces. Je ne me lance pas dans l'océan, je dois compléter une liste qui a déjà été réalisé lors d'un publication vielle de 10 ans donc surement plus à jour.  [...] Je dois faire un screening et récupérer les séquences nucléotidiques de trois sous-unités d'une enzyme, chez différentes espèces.  [...]

Bases de données 3'UTR

Je suis interessé par la création d'une base de de données ne contenant que les régions 3'UTR des ARNms, j'avais pensé récuperer sur ncbi les séquences d'ARNm au format genbank puis faire un parser récupérant au niveau des features les valeurs de 3'UTR.  [...] Le souci est que ce feature est rarement présent (en faisant une recherche je trouve 47836 séquences). COmment puis -je faire pour récupérer un maximum de données tout en étant cohérentes et valides.  [...]

[Microbiologie] ADNr 16S ou ARNr 16S ?

.) possèdent des ARNr. On va ensuite comparer les séquences de ces ARNr dans les différentes espèces, et en simplifié, plus ils se ressemblent d'une espèce à l'autre, plus les espèces sont proche d'un point de vue évolutif. Et donc plus ces séquences divergent, plus les espèces considérées sont loin évolutivement.  [...] J'avais compris que plus les séquences d'ARNr diffèrent plus les espèces sont éloignées les unes des autres. Mais si ces séquences en viennent à se différencier autant, comment sait-on qu'il s'agit d'ARNr et pas d'un autre ARN.  [...]

[Biochimie] Protéines interchangeables

De même, d'un point de vue génomique, certaines séquences sont entièrement conservées entre les individus (et même parfois entre les espèces). Donc oui, il est possible que tu sois porteur du même allèle que ton voisin pour un gène donné. Le diagnostic génétique des maladies monogéniques repose sur ce constat.  [...] Donc, attention, il ne faut pas confondre fonctionnalité et structure. Deux protéines peuvent différer par leur séquence en aminoacides, mais être tolérées et efficaces. Un dernier exemple. en cas d'hémorragie, pour compenser les pertes plasmatiques, on peut injecter au patient une solution d'albumine (à 70¬ le flacon de 100ml ).  [...]

[Génétique] Génome humain proche du rat ou de la souris?

L'homme est beaucoup plus proche du primate, mais l'ethique (ainsi que le prix et la vitesse de reproduction il faut dire) limite fortement leur utilisation. C'est pourquoi on se contente la plupart du temps, de travailler sur ces petits rongeurs.   [...] On n'a pas 90% d'homologie avec une espèce. Il y a tant de % de similitude ou d'identité entre des séquences. L'homologie signifie que les espèces proviennent d'un même ancêtre commun. Donc, on est homologue ou on ne l'est pas, mais on ne l'est pas à un pourcentage donné.  [...]

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

FT. J'en suis pas sur mais celà doit donner des informations sur la séquences primaire tel que le site actif, site de fixation d'un ligand, zone d'épissage alternatif potentiel etc etc...). A vérifier.  [...] BLAST (Basic Local Alignement Sequence Tool, si je ne m'abuse) est un outil d'alignement local de séquences. Càd qu'il te servira si tu souhaites par exemple rechercher une similarité entre ta séquence d'intérêt et toutes les séquences contenues dans une banque de données.  [...]

techniques de genetique

Ensuite tu utilises les banques de données comme par exemple celle du NCBI et tu fais du BLAST pour obtenir les séquences les plus proches chez d'autres organismes.  [...] comparaison de séquences un BLAST contre nr (toutes les banques de données) mais il te faut la séquence protéique de ce que tu veux comparer... enfin tout ça si je ne me trompe pas.  [...]

[Zoologie] classer les animaux selon le nombre de gènes qu'ils possèdent.

l'intérêt c'est de voir le maximum de combinaison épigénétique pour un nombre de gène donné, bien sur si vous regardez seulement le nombre de gènes et pas la qualité du gène on risque de nous retrouver avec des animaux ou des plantes qui ont 23000 gène comme l'Homme, mais pas les mêmes séquences et les mêmes longueur de gène, de ce fait on trouvera que des espèces différentes de l'homme ont des morphologies bizarre qui ne s'explique que par l'épigénétique totalement différente des un des autres.  [...] ..je ne sais pas moi peut être du 23000ième étage on saute directement vers le 23100ième étage...c'est les données biologique et les séquences des gènes et leur mécanisme d'expression ou de non expression complexe qui peut nous dire et nous informer sur quels sont les sauts en terme de nombre de gènes, et les sauts en terme d'expression ou non expression d'un gène donné ou en d'autre termes les sauts épigénétique.  [...]