• Forum - Données, Puces, ADN

[Divers] Analyse statistique de données des puces ADN

Les maths et stats ne sont malheureusement pas parmi les matières que je préfère Je vais quand même devoir analyser des données issues des puces ADN. Mais je me retrouve un peu désarmé face à cette tache où je suis un peu trop nul en maths pour effectuer et interpréter une analyse statistique des microarrays.  [...] Je travaille sur des données issues de puces ADN nylon (marquage radioactif). J'ai 7 puces dont 4 controle et 3 marquées positivement à la maladie d'Epstein Barr (EBV). Et je cherche quels sont les genes différentiellement exprimés entre ces deux conditions.  [...]

[Divers] DIY bioinformatique

Dans la mouvance du DIY (Do it Yourself), existe-t-il un groupe français ou francophone pour le DIY en bio-informatique Je suis en fait à la recherche d'exemples de sujets en bio-informatique qui pourraient être traitables dans le cadre d'activités DIY à la maison (quelques heures de disponibilité par semaine...).   [...] Quels sont les sujets actuels du domaine. traitement de données de séquençage haut débit, de puces à ADN,... Autres.  [...]

[Génétique] gènes et apparence physique. Quel lien?

Ce qui en ressort à l'heure actuelle, c'est que c'est compliqué. On a beaucoup de données et avec l'automatisation des expérimentations par des robots (in situ, puces à ADN, etc...) on en aura encore plus demain. Ce qui nous manque c'est l'interprétation de ces données.  [...] Mais on pourrait imaginer une approche statistique. Si on disposait d'une base de données de couples génome/portrait suffisamment vaste, on pourrait tenter de reconstituer le visage en cherchant les portraits des personnes les plus proches génétiquement de celle dont on a l'ADN.  [...]

[Biologie Moléculaire] analyse puce ADN

j'ai des résultats de puce adn sur une bacteries gram -, et ni moi ni mon équipe avons de l'expertisse sur le sujet. et j'ai enormement de gene qui bouge, pour l'instant je regarde ce qui bouge le plus (en FC). mais j'aimerais avoir une analyse plus global.  [...] L'analyse des puces à ADN est relativement complexe, surtout si l'on ne s'y connait pas du tout. On retrouve par exemple une normalisation des données (essentiel), la détermination d'un seuil, le clustering (le plus souvent), l'annotation des gènes,  [...]

[Biologie Moléculaire] Puces à ADN

Les puces sont fabriqués par des ordinateurs, des sondes simple brin de séquences connu sont fixées sur une puce. ça permet une étude massive du transcriptome(alors qu'un northern peut mettre en évidence un seul transcrit).  [...] Pour compléter Edelweiss, globalement on n'utilisera pas les puces à ADN pour savoir si un traitement est efficace ou non.  [...]

[Biologie Moléculaire] Criblage d'une banque d'ADNc

Et comme l'a précisé MaliciaR, tous les organismes n'étant pas intégralement, correctement,... séquencés, ton blast ne trouvera pas ce qui n'est pas encore présent dans sa banque de données, alors que cela peut être présent dans une banque... de cDNA.  [...] Oui les banques ADNc étaient indispensables il y a quelque années mais maintenant, avec toutes les bases de données disponibles et une simple PCR, je ne sais pas trop si construire des banques ADNc est vraiment utile, mais bon....  [...]

detection de germes pathogènes

En gros, est-ce que tu disposes du matériel pour pouvoir faire des PCR multiplex quantitatives en temps réel.. (ou encore mieux des puces à ADN ) ou bien alors si tu peux n'obtenir que de simples géloses (a couler toi-même bien sur ).  [...] Sinon, les puces à ADN ont un avenir certain en bactério de routine (que ce soit médical ou agroalimentaire). Il suffira simplement d'obtenir des puces sur lesquelles sont fixées des sondes spécifiques du génome de telle ou telle bactérie puis d'effectuer une hybridation à partir d'un extrait d'ADN du prélèvement à analyser.  [...]

[Génétique] puces à ADN

j'introduis l'utilisation des puces à ADN qui permettent de comparer les profils d'expression des ARNm de 2 cultures cellulaires (témoin et soumis à un toxique) mais je ne comprends pas bien la première étape de la formation d'une puce à ADN.  [...] D'où le fait que les puces à ADN vont progressivement être remplacées par le séquençage massif des ARNs (RNA seq), où là tu t'affranchies de ce problème et peut détecter tout (= des choses beaucoup plus faiblement exprimées, et qui jusqu'à présent n'étaient pas annotées).  [...]

[Génétique] Puce à ADN

Par contre, si tu récupères l'ensemble des messagers, que tu les rétrotranscrits en ADNc et que tu les hybrides, là tu auras une information pertinente (sous réserve de pouvoir analyser les données correctement).  [...] Parce que l'ARNm est très fragile contrairement à l'ADN qui lui résiste à toutes les étapes de l'hybridation sur puce + lecture par le scaner, etc.  [...]

[Génétique] Petite question sur la CGH

Et plus exactement la CGH utilisant des puces ADN ( apparemment une lame verre contenant une multitude de petits puits ).  [...] Ce qu'il faut savoir c'est que dans chaque puit, il y a une multitude de sondes fixées. L'ADN témoin et du patient peuvent donc être en compétition.  [...]