• Forum - Dégradation, Protéine, Substrat

Les UBIQUITINES

Je sollicite votre avis sur la fixation des ubiquitines sur les protéines destinées à être dégradées par le protéasome.  [...] Et pour être plus fonctionnel, je tiens à rapeller que l'ubiquitination n'engendre pas forcément la dégradation de la protéine substrat... Certaine sprotéine sne sont pas dégradées suite à leur ubiquitination et bien souvent cett modif permet une modulation de la signalisation, de la localisation sub cellulaire, etc.  [...]

Dégradation,lysosome et proteasome

Le lysosome et le protéasome sont deux voies de dégradation possible. L'un n'est pas plus utilisé que l'autre, ils diffèrent par la provenance de leur substrat.  [...] Le protéasome est un complexe protéique présent dans le cytosol et responsable de la dégradation de substrat issu du cytosol. Ce substrat à recycler sera reconnu par des protéines appelées Ubiquitines qui sont des étiquettes, en quelque sorte, qui permettent de cibler ce qu'il faut dégrader.  [...]

[Microbiologie] Co-métabolisme

et pourquoi dit on que le cette dégradation ( par co-métabolisme) n'est pas bénéfique pour le microorganisme comme le substrat va être transformé en une autre forme plus simple. ça veut dire que le microorganisme ne va pas l'utiliser dans ce cas pourquoi.  [...] C'est la deuxième idée la bonne. Les deux substrats vont être métabolisés par la même enzyme. Il y a donc compétition entre les deux molécules pour la même enzyme qui est peu spécifique, et a généralement moins d'affinité pour le xénobiotique (cinétique de dégradation plus lente).  [...]

[Biochimie] Dégradation tag et protéase

Es tu sur que sspB est un monomere De plus je ne crois pas que la degradation des tag ssrA se fasse via clpA ou clpX. En fait clpA et clpX sont les adaptateurs pour clpP (protease). Ils permettent de debusquer le substrat et de l'amener a clpP. Dans ton cas normalement sspB devrait jouer le role d'adaptateur (a verifier, j'en etais sur au moment d'ecrire le message, maintenant j'ai un doute).  [...] De plus je ne crois pas que la degradation des tag ssrA se fasse via clpA ou clpX. En fait clpA et clpX sont les adaptateurs pour clpP (protease). Ils permettent de debusquer le substrat et de l'amener a clpP. Dans ton cas normalement sspB devrait jouer le role d'adaptateur (a verifier, j'en etais sur au moment d'ecrire le message, maintenant j'ai un doute).  [...]

[Biochimie] Cycline M

APC-Cdc20 est actif en fin de mitose pour permettre l'anaphase =. dégradation des Sécurine (= séquestre la Séparase), de la cycline B (= cycline M ), etc.  [...] L'APC va ubiquitinyler les protéines afin de les diriger vers la voie de dégradation des protéasomes. en fait il s'agit d'une enzyme E3 du complexe triprotéique d'ubiquitinylation, c'est à dire, l'enzyme qui fixe le substrat à ubiquitinyler - à dégrader - et qui lui accroche l'ubiquitine transportée par l'enzyme E2.  [...]

[Biochimie] Interaction kinase / substrat

Quel type d'interaction prédomine dans la reconnaissance de ce substrat*par la protéine kinase Quels acides aminés de la séquence seraient alors impliqués*.  [...] Le site actif de la protéine kinase contient plusieurs de ces acides aminés. Pour identifier ceux qui sont impliqués dans l'interaction, vous décidez de les muter par un autre acide aminé. Proposez deux acides aminés (avec leur structure) qui ne pourraient plus interagir, mais qui seraient d'un point de vue structural pas trop différent pour ne pas changer la structure de la protéine kinase.  [...]

[Biologie Moléculaire] Gamme et témoin BSA

la BSA est une protéine tout comme l'enzyme utilisée mais qui n'aura pas d'action (et donc aucune activité car elle et incapable d'hydrolyser le substrat).  [...] Il me semble que c'est le bon raisonnement (en tout cas, j'ai le même). Cela peut également permettre de vérifier s'il y a contamination (si jamais il y a dégradation du substrat), donc un des témoins négatifs possible de réaliser.  [...]

[Divers] enzymologie aide

un extret cellulaire contient 200mg de proteine et 20ug de ce extrait catalysent la transformation de 0.95 umol de substrat en 5mn.  [...] la fraction précipité contient 40mg de proteine et 20ug de cette fraction catalysent la transformation de 2.3 umol de substrat en 2 mn.  [...]

Liaisons H et ponts disulfure.

Les liaisons H interviennent un peu partout, autant dans le repliement de la protéine, que dans la reconnaissance du substrat (site de liaison) et le mécanisme réactionnel de catalyse (site catalytique), ces liaisons étant très fréquentes.  [...] Pour les liaisons hydrogènes elle participent aussi à la stabilisation de la protéine mais aussi à la liaison entre l'enzyme et son substrat. Voit plutot les liaisons hydrogène comme une bande Velcro, si on à une liaisons hydrogène ca ne tient pas longtemps, mais si on multiplie les liaisons hydrogène ca devient de plus en plus stable.  [...]

[évolution] Théorie de l'évolution et Régression des organes inutiles

Maintenant cette vision des mutations me semble bien reductrices, diminuer l'affinite d'une proteine pour son substrat peut etre assimiler a une destruction, mais cela peut etre aussi vu comme la possibilite de reagir avec une gamme de substrat plus large.  [...] faire du nouveau avec du vieu n'est pas une idee tres recente, mais c'est ce qui semble s'etre produit quand tu vois que certains bloc sont retrouves dans differentes proteines qui n'ont rien a voir au niveau fonction. C'est un peu comme du lego, tu assembles les briques de couleur differentes dans l'ordre que tu veux, tu obtiens ainsi plusieurs variation d'une structure unique.  [...]