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cristal de protéines

c'est le pattern des points de diffraction des rayons sortant du cristal qui détermine la protéine. Si elle est purrifée au maximum, il n'y a presque qu'elle dans le cristal, mais il peut avoir bien sûr des contaminations, dans ce cas le pattern de diffraction est modifié plus ou moins sérieusement.  [...] Les rayons sont dispercés par la mailles (qui est un essembles de protéines semblable qui ont cristallisées) c'est la configuration de la maille qui donne le pattern, pas la protéine en elle même.  [...]

Haute résolution

Il existe deux méthodes pour déterminer la structure des protéines, la résonance magnétique nucléaire ou RMN et la diffraction des rayons X par des cristaux de cette protéine.  [...] Lorsqu'on parle de structure à haute résolution, c'est la seconde méthode qui est utilisée. Selon la qualité du cristal formé par la protéine en question, sa capacité à réfracter les rayons X sera différente. Plus le cristal est bon, plus la résolution sera haute (1 à 2 angströms), ce qui permet de placer exactement les chaines latérales des acides aminés dans l'espace.  [...]

Cristallisation des proteines

Si on est chanceux et doue, il va se former dans certains cas des petits cristaux de proteines (Typiquement, voila ce qui est observe sous le microscope. http.//www.google.fr/searchhl=fr&q=...w=1525&bih=754 ). Cela correspond a un arrangement regulier des proteines a l'interieur du cristal.  [...] ...la diffraction des rayons X. Ici, on envoie un faisceau de rayons X sur le cristal de proteine (cela peut se faire dans un labo, ou de plus en plus souvent, dans de grandes installations. les synchrotrons http.//fr.wikipedia.org/wiki/Synchrotron ). Les rayons X vont interagir avec chaque atome de la proteine et etre diffuses.  [...]

Médecine nucléaire

Le détecteur de la gamma-caméra est un cristal à scintillation couplé à des photo-multiplicateurs (d'où le mot scintigraphie) qui transforme l'énergie des rayons gamma (du technétium par exemple) en lumière visible puis en impulsion électrique.  [...] En réalité, sur le plan physique ce sont tous les deux des rayonnements électromagnétiques. Leur énergie peut différer mais il peut exister des rayons dits X et des rayons dits gamma de même énergie. Il faut connaitre leur provenance pour déterminer leur appellation.  [...]

[Biologie Moléculaire] Combien d'enzymes différentes dans le vivant ?

Dans ce cas, la résolution dépend essentiellement de la qualité des cristaux de protéines obtenus. Un excellent cristal pourra diffracter à 1,5 voire 1 angstrom alors qu'un cristal de mauvaise qualité atteindra péniblement 4, voire 10 angstroms ou pire ne diffractera pas du tout.  [...] Par contre, on n'a aucune résolution temporelle. En microscopie électronique comme en diffraction des rayons X, on travaille sur des protéines figées dans leur conformation la plus stable (ou une des plus stables). En RMN on travaille en solution mais ça ne change rien, le signal obtenu sera la moyenne de tous les signaux de chaque protéine et au final on n'observera que les états les plus stables.  [...]

[Biochimie] Structure des protéines : diffraction aux RX et carte de densité électronique

J'ai un question à poser dns le domaine de l'étude de la structure des protéines. j'ai moyennement saisi le principe de la cristallographie suivie de la diffraction aux Rayons X de cristaux de protéines. À l'issu de cette dernière technique, on est censé obtenir une carte de densité électronique ou l'on peut voir plusieurs tâches obtenus grâce aux RX diffractés.  [...] On obtient d'abord des clichés de diffraction pour différentes orientations du cristal dans le faisceau de rayons X. On mesure l'intensité des tâches de diffractions pour chaque image et on les combinent. Puis, à partir des intensités mesurées et des phases (expérimentales ou issues d'un modèle moléculaire proche) on peut calculer la carte 3D de densité électronique par une transformée de Fourier inverse.  [...]

[Biochimie] PDB et Cristallographie

Tout d'abord, j'ai remarqué que les structures de protéines (dans Protein Data Bank) déterminées par cristallographie n'ont pas d'atome d'hydrogène. Pourquoi Je trouve partout les hydrogènes ne sont pas visible en cristallo mais personne n'explique pourquoi.  [...] Il peut y avoir des zones dans la structure des protéines qui sont très dynamiques. Cela peut engendrer la formation d'un cristal de plusieurs conformères. La base de la résolution cristallographique étant la répétitivité de la même structure, s'il y a des variations à un endroit, la résolution sera donc impossible pour cette zone.  [...]

[Biochimie] Phasage

Le phasage est une étape limitante car il faut créer un cristal de protéine qui contient des atomes lourds (cuivre plomb). Créer un cristal de prot peut être compliquer suivant les protéine en question alors en y intégrant des atomes volumineux la tache en est d'autant plus complexe.  [...] Remplacement isomorphe. On va jouer sur la différence de diffusion entre un cristal de notre protéine seule et un cristal de protéine contenant un atome lourd (riche en électrons car les RX interagissent avec les électrons). Cette atome lourd ne doit pas modifier le cristal (paramètres de maille, groupe espace, repliement de la protéine.  [...]

[Biochimie] cristallographie

Comme la goutte est faite d'un mélange de la solution de protéine et du réservoir, la concentration en agent précipitant y est donc plus faible. Aussi, de l'eau va s'évaporer de la goutte jusqu'à ce que la concentration en agent précipitant dans la goutte soit égale à celle du réservoir.  [...] La goutte va donc progressivement se concentrer, la protéine va franchir sa limite de solubilité et va précipiter, idéalement de manière ordonnée sous la forme d'un cristal.  [...]

Membrane, enveloppe, paroi?

IV) Bain coloration rouge. Met en évidence les bactéries ou le cristal violet et sorti (puisque on a besoin de les vois physiquement, sinon elles restent transparentes.).  [...] Ainsi à la fin du procédé on se retrouve avec des bactéries de couleur violet (ceuxqui ont gardé le cristal violet) et des rouges (ceux qui ont perdu celui-ci).  [...]