• Forum - Contamination, ARN, ADN

[Biologie Moléculaire] Contamination d'ARN par de l'ADN

Je viens de rechercher sur le net des explications sur la contamination ADN que j'obtiens en réalisant mes extractions ARN et je suis tombée sur le forum de futura science où en janvier 2003 yoyo indiquait qu'il y a certaines taq qui peuvent reverse transcrire de l'ARN.  [...] 1/ Tu es encore contaminé par de l'ADN, ce qui explique l'amplification après un traitement RNAse (mais sans traitement DNAse).  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ADN génomique

moi j'utilise le quick yeast DNA PREP et j'ai toujours des problèmes soit contamination par l'ARN soit j'arrive pas à digérer l'ADN.  [...] j'ai un protocole super simple et tres rapide, mais ca ne différencie pas l'ADN de l'ARN. Si tu es géné par une contamination ARN pourquoi ne pas mettre de la RNAse dans ton tube.  [...]

[Biologie Moléculaire] Que devient l'ARNr dans une reaction de RT

Effectivement, je n'ai pas utilisé de RNAse, ma transcriptase reverse a une petite activité RNase H (élimine les ARN des Hybrides ARN.ADN), j'utilise des oligo DT pour que ma RT soit spécifique des ARNm...alors dans mon tube de RT j'ai de l'ARN total, donc quand je depose moin cDNA sur puce, j'ai de L'ARNt, l'ARNr l'ARNm et du cDNA...alors ou sont passés mes ARNr.  [...] Ceci expliquerait peut être vos résultats. lorsque que j'utilise les puces ARN nano et que j'obtiens une smire, c'est généralement une contamination ADN (ou de l'ARN dégradé).  [...]

[Biologie Moléculaire] absence d'hybridation southern : interpretation?

ADN propre pas de degradation ni de contamination avec des ARN.  [...] - typiquement l'absence de signal pourrait indiquer qu'il y a eut un rearrangement chromosomique et que la partie correspondante a ta sonde a disparu. Ou plus simplement une délétion de la région concernée.   [...]

[Biologie Moléculaire] Est-il possible d'effectuer une PCR directement à partir d'ARN ?

Dans le cas d'une RTPCR, à quoi sert le controle positif ARN ( contamination par ADN.  [...] Oui c'est le but du controle positif, on fait une PCR sur le tube avant la RT, ainsi si y a ampli c'est qu'il y a de l'ADN dans ton échantillon.  [...]

qPCR résultats hors gamme standard!!!

De plus, 1 µL d'échantillon (ARN ou ADNc ) représente le contenu de combien de cellules Ton résultat peut indiquer que 1 cellule sur 10, sur 100 ou sur 1000 exprime le gène dans ton tissu (tu travailles avec des RT ).  [...] Cette valeur de Ct me fait penser à une légère contamination par de l'ADN génomique. Comme ton ARN-cible n'est pas présent, tu vois l'amplification de l'ADN génomique résiduel de ta prep.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de migration électrophorèse (produits bloqués dans les puits)

Ici tu as des smear ce qui explique la diversité des tailles des fragments d'ADN obtenus aprés PCR, je doute aussi qu'il y'est de l'ARN dans ton echantillon... si c'est le cas tu devrais peut être faire un traitement avec la RNase et refaire la migration.  [...] 2. Tes smears. des DNAses qui trainent De l'ADN de (très) mauvaise qualité Une contamination par de l'ARN (y'en aurait quand même beaucoup.).  [...]

Plasmide et gène LacZ

La première étape de l'utilisation des plasmides est la détermination des bactéries transformant (qui ont intégré un plasmide non recombinant) et des bactéries transformant recombinant (qui ont intégré des plasmides recombinant, i.e. contenant le gène luc), par rapport aux bactéries non transformant.   [...] Une fois les bactéries sélectionnées, il va falloir purifier les vecteurs, afin que l'ADN soit exempt de toute protéine, de tout ARN ou d'une quelconque contamination chimique. Puis, avant de commencer les expériences proprement dites, on transfecte les plasmides dans les cellules qui nous intéressent.  [...]

Problème RT-PCR sur cDNA

Conclusion, soit tu as une erreur de prédiction de la structure intron/exon de ton gène, soit tu as un epissage alternatif, soit tu as séquencé de l'ADN génomique (contamination de ta prep' d'ARN) -. As-tu fait un traitement à la DNase.  [...] Une autre possibilité c'est que tu amplifies un cDNA issu d'un ARN non mature (dont l'epissage n'est pas fini). Pour conclure, je te conseille de prendre un kit d'extraction qui élimine les ARN nucléaires et qui séléctionne uniquement les ARN cytoplasmique.  [...]

[biologie moléculaire] qualité d'ARN

pour l'extraction d'ARN, le pH de ton phénol chlo doit etre 4.7 (saturation au citrate). Ensuite le ratio 260/230, qui doit être strictemnt supérieur à 2 reflète les contaminations en sels et alcools. Le phénol abborbe plutot à 270 (noyau aromatique).  [...] Sinon j'ai refait un gel d'ARN en déposant 500 ng au lieu de 1µg et en dénaturant 5 min à 68°C. le résultat est moins beau et je n'ai pas diminué le bruit de fond excepté les smears c'est à dire une contamination d'ADN génomique potentielle.  [...]